SNRNP200

Малый ядерный рибонуклеопротеин 200kDa (U5)
Малый ядерный рибонуклеопротеин 200kDa (U5)
	PDB rendering based on 2q0z.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 2Q0Z, 4F91, 4F92, 4F93, 4KIT
Идентификаторы
Символ	SNRNP200 ; ASCC3L1; BRR2; HELIC2; RP33; U5-200KD
Внешние ID	OMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: Ген SNRNP200
номер EC	3.6.4.13
Функция	• ATP-dependent RNA helicase activity; • protein binding; • ATP binding; • ATP-dependent helicase activity; • identical protein binding; • poly(A) RNA binding;
Компонент клетки	• nucleus; • nucleoplasm; • spliceosomal complex; • U5 snRNP; • nucleolus; • membrane; • catalytic step 2 spliceosome;
Биологический процесс	• cis assembly of pre-catalytic spliceosome; • mRNA splicing, via spliceosome; • osteoblast differentiation; • ATP catabolic process; • RNA splicing; • gene expression;
	Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи

Хеликаза малого ядерного рибонуклеопротеина 200 кДа (U5) — фермент, который в организме человека кодируется геном SNRNP200^[1]^[2]^[3]^[4]^[5].

Сплайсинг пре-мРНК катализируется сплайсосомой, комплексом специализированных РНК и белковых субъединиц, который удаляет интроны из сегмента пре-мРНК. Сплайсосома состоит из малых ядерных белков РНК (мяРНП) U1, U2, U4, U5 и U6, вместе с примерно 80-ю консервативными белками. snRNP U5 содержит девять специфических белков. Этот ген кодирует один из snRNP-специфических белков U5, который, предположительно, принадлежит к DEXH-боксу семейства РНК хеликаз. Это основной компонент U4/U6-U5 мяРНП и, предположительно, катализирует АТФ-зависимое раскручивание U4/U6 РНК. Мутации в этом гене вызывают аутосомно-доминантный пигментный ретинит типа 33. Альтернативные варианты транскриптов сплайсинга, кодирующих различные изоформы были найдены, но в полный мере природа этих вариантов осталась неопределённой^[5].

Примечания

↑ Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Res^[англ.] : journal. — 1999. — April (vol. 5, no. 5). — P. 277—286. — doi:10.1093/dnares/5.5.277. — PMID 9872452.
↑ Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane W.S., Hartmann E., Luhrmann R. The HeLa 200 kDa U5 snRNP-specific protein and its homologue in Saccharomyces cerevisiae are members of the DEXH-box protein family of putative RNA helicases (англ.) // EMBO J : journal. — 1996. — October (vol. 15, no. 15). — P. 4001—4015. — PMID 8670905. — PMC 452120.
↑ Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. The Human U5-220kD Protein (hPrp8) Forms a Stable RNA-Free Complex with Several U5-Specific Proteins, Including an RNA Unwindase, a Homologue of Ribosomal Elongation Factor EF-2, and a Novel WD-40 Protein (англ.) // Mol Cell Biol : journal. — 1998. — November (vol. 18, no. 11). — P. 6756—6766. — PMID 9774689. — PMC 109259.
↑ Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — May (vol. 95, no. 8). — P. 4188—4192. — doi:10.1073/pnas.95.8.4188. — PMID 9539711. — PMC 22463.
↑ ¹ ² Entrez Gene: ASCC3L1 activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 (неопр.).

Литература

Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., et al. Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones (англ.) // DNA Res.^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 9, no. 3. — P. 99—106. — doi:10.1093/dnares/9.3.99. — PMID 12168954.
Laggerbauer B., Lauber J., Lührmann R. Identification of an RNA-dependent ATPase activity in mammalian U5 snRNPs (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 1996. — Vol. 24, no. 5. — P. 868—875. — doi:10.1093/nar/24.5.868. — PMID 8600454. — PMC 145735.
Meister G., Hannus S., Plöttner O., et al. SMNrp is an essential pre-mRNA splicing factor required for the formation of the mature spliceosome (англ.) // EMBO J. : journal. — 2001. — Vol. 20, no. 9. — P. 2304—2314. — doi:10.1093/emboj/20.9.2304. — PMID 11331595. — PMC 125440.
Andersen J.S., Lyon C.E., Fox A.H., et al. Directed proteomic analysis of the human nucleolus (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 1. — P. 1—11. — doi:10.1016/S0960-9822(01)00650-9. — PMID 11790298.
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.R., et al. Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis (англ.) // RNA : journal. — 2002. — Vol. 8, no. 4. — P. 426—439. — doi:10.1017/S1355838202021088. — PMID 11991638. — PMC 1370266.
Peng R., Dye B.T., Pérez I., et al. PSF and p54nrb bind a conserved stem in U5 snRNA (неопр.) // RNA. — 2002. — Т. 8, № 10. — С. 1334—1347. — doi:10.1017/S1355838202022070. — PMID 12403470. — PMC 1370341.
Nakayama M., Kikuno R., Ohara O. Protein–Protein Interactions Between Large Proteins: Two-Hybrid Screening Using a Functionally Classified Library Composed of Long cDNAs (англ.) // Genome Res. : journal. — 2003. — Vol. 12, no. 11. — P. 1773—1784. — doi:10.1101/gr.406902. — PMID 12421765. — PMC 187542.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Will C.L., Schneider C., Hossbach M., et al. The human 18S U11/U12 snRNP contains a set of novel proteins not found in the U2-dependent spliceosome (англ.) // RNA : journal. — 2004. — Vol. 10, no. 6. — P. 929—941. — doi:10.1261/rna.7320604. — PMID 15146077. — PMC 1370585.
Vertegaal A.C., Ogg S.C., Jaffray E., et al. A proteomic study of SUMO-2 target proteins (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 32. — P. 33791—33798. — doi:10.1074/jbc.M404201200. — PMID 15175327.
Beausoleil S.A., Jedrychowski M., Schwartz D., et al. Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2004. — Vol. 101, no. 33. — P. 12130—12135. — doi:10.1073/pnas.0404720101. — PMID 15302935. — PMC 514446.
Jin J., Smith F.D., Stark C., et al. Proteomic, functional, and domain-based analysis of in vivo 14-3-3 binding proteins involved in cytoskeletal regulation and cellular organization (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 16. — P. 1436—1450. — doi:10.1016/j.cub.2004.07.051. — PMID 15324660.
Gerhard D.S., Wagner L., Feingold E.A., et al. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
Andersen J.S., Lam Y.W., Leung A.K., et al. Nucleolar proteome dynamics (англ.) // Nature. — 2005. — Vol. 433, no. 7021. — P. 77—83. — doi:10.1038/nature03207. — PMID 15635413.

[pmid9872452-1] Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Res^[англ.] : journal. — 1999. — April (vol. 5, no. 5). — P. 277—286. — doi:10.1093/dnares/5.5.277. — PMID 9872452.

[pmid8670905-2] Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane W.S., Hartmann E., Luhrmann R. The HeLa 200 kDa U5 snRNP-specific protein and its homologue in Saccharomyces cerevisiae are members of the DEXH-box protein family of putative RNA helicases (англ.) // EMBO J : journal. — 1996. — October (vol. 15, no. 15). — P. 4001—4015. — PMID 8670905. — PMC 452120.

[pmid9774689-3] Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. The Human U5-220kD Protein (hPrp8) Forms a Stable RNA-Free Complex with Several U5-Specific Proteins, Including an RNA Unwindase, a Homologue of Ribosomal Elongation Factor EF-2, and a Novel WD-40 Protein (англ.) // Mol Cell Biol : journal. — 1998. — November (vol. 18, no. 11). — P. 6756—6766. — PMID 9774689. — PMC 109259.

[pmid9539711-4] Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — May (vol. 95, no. 8). — P. 4188—4192. — doi:10.1073/pnas.95.8.4188. — PMID 9539711. — PMC 22463.

[entrez-5] ¹ ² Entrez Gene: ASCC3L1 activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 (неопр.).

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

SNRNP200

Примечания

Литература

Похожие исследовательские статьи