Полимера́зная цепна́я реа́кция (ПЦР) — метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты в биологическом материале (пробе).
РНК-полимераза — фермент, осуществляющий синтез молекул РНК. В узком смысле, РНК-полимеразой обычно называют ДНК-зависимые РНК-полимеразы, осуществляющие синтез молекул РНК на матрице ДНК, то есть осуществляющие транскрипцию. Ферменты класса РНК-полимераз очень важны для функционирования клетки, поэтому они имеются во всех организмах и во многих вирусах. Химически РНК-полимеразы являются нуклеотидил-трансферазами, полимеризующими рибонуклеотиды на 3'-конце цепи РНК.
Амплификация, в молекулярной биологии — процесс образования дополнительных копий участков хромосомной ДНК, как правило, содержащих определённые гены либо сегменты структурного гетерохроматина. Амплификация может быть ответом клеток на селективное воздействие. Амплификация — один из механизмов активации онкогенов в процессе развития опухоли, например, онкогена N-myc при развитии нейробластомы. Также амплификация — накопление копий определенной нуклеотидной последовательности во время ПЦР — полимеразной цепной реакции.
ДНК-полимераза — фермент, участвующий в репликации ДНК. Ферменты этого класса катализируют полимеризацию дезоксирибонуклеотидов вдоль цепочки нуклеотидов ДНК, которую фермент «читает» и использует в качестве шаблона. Тип нового нуклеотида определяется по принципу комплементарности с шаблоном, с которого ведётся считывание. Собираемая молекула комплементарна шаблонной моноспирали и идентична второму компоненту двойной спирали.
Thermus aquaticus (лат.) — грамотрицательная палочковидная экстремально термофильная бактерия рода Thermus. Обитает в горячих источниках Йеллоустонского национального парка и других подобных регионах, гейзерах при температурах выше 55 °C. Впервые открыта Томасом Броком и Хадсоном Фризом в районе Больших Фонтанов Йеллоустонского национального парка. Термостабильные ферменты используются как инструменты в молекулярно-генетических исследованиях.
Deinococcus-Thermus (лат.) — малочисленный тип бактерий, единственный класс которого, Deinococci, включает два порядка: Deinococcales, куда входит один из самых радиорезистентных организмов в мире Deinococcus radiodurans, и Thermales, куда входит Thermus aquaticus, известный своей Taq-полимеразой, использующейся в ПЦР, и другими термостабильными ферментами.
Полимеразная цепная реакция в реальном времени — лабораторный метод, основанный на методе полимеразной цепной реакции, позволяющий определять не только присутствие целевой нуклеотидной последовательности в образце, но и измерять количество её копий. Количество амплифицированной ДНК измеряется после каждого цикла амплификации с помощью флуоресцентных меток: зондов или интеркаляторов. Оценка может быть количественной и относительной.
Фрагмент Кленова — это большой белковый фрагмент, образующийся при ферментативном расщеплении ДНК-полимеразы I из Escherichia coli протеазой субтилизином (subtilisin). Впервые фрагмент Кленова был описан в 1970 году, и имел 5’ → 3’-полимеразную активность в сочетании с 3’ → 5’-экзонуклеазной активностью (корректорной), но не имел 5' → 3'-экзонуклеазной активности.
Белки́ скользя́щего зажима, или скользя́щий зажи́м — белки, которые выполняют функцию усилителя процессивности при репликации ДНК.
Пиросеквени́рование — это метод секвенирования ДНК, основанный на принципе «секвенирование путём синтеза». При включении нуклеотида происходит детекция высвобождающихся пирофосфатов. Технология была разработана Полом Ниреном и его студентом Мустафой Ронаги англ. Mostafa Ronaghi) в Королевском технологическом институте (Стокгольм) в 1996 году.
Виртуальная полимеразная цепная реакция — математический метод компьютерного анализа теоретической полимеразной цепной реакции, использующий данные о нуклеотидных последовательностях праймеров для предсказания потенциальной амплификации фрагментов исследуемого генома, хромосомы, или любого другого участка ДНК.
Полимера́за — фермент, главной биологической функцией которого является синтез полимеров нуклеиновых кислот. ДНК-полимераза и РНК-полимераза синтезируют молекулы ДНК и РНК соответственно, в основном, путём комплементарного копирования родительских цепей ДНК или РНК.
Холофермент ДНК-полимеразы III — главный ферментативный комплекс, задействованный в репликации ДНК у прокариот. Он был открыт Томасом Корнбергом и Малькольмом Гефтером в 1970 году. Комплекс обладает высокой процессивностью. У кишечной палочки E. coli он функционирует вместе с четырьмя другими ДНК-полимеразами, IV, V). Кроме полимеразной, холофермент может также корректировать возникающие при репликации ДНК ошибки за счёт 3'→5'-экзонуклеазной активности. Он входит в состав крупного ферментативного комплекса, осуществляющего репликацию ДНК — реплисомы.
Thermus thermophilus (лат.) — вид грамотрицательных бактерий, представители которого широко используются в биотехнологии как модельный организм для генной инженерии, структурной геномики и системной биологии, а также в молекулярной биологии для определения структуры таких многих важных биомолекул, таких как рибосомы или комплекс I. Эта бактерия — экстремальный термофил с оптимальной температурой для роста в 65 °C. Thermus thermophilus был впервые выделен Таиро Осимой и Кацутомо Имахори из геотермального источника в городе Изу, Япония. Позже было обнаружено, что этот организм играет важную роль в разложении органических веществ во время термогенной фазы образования компоста. Вид подразделяют на несколько штаммов, из которых HB8 и HB27 наиболее часто используются для работы в лаборатории. Анализ генома этих штаммов был независимо сделан в 2004 году.
ДНК-полимераза альфа или ДНК-полимераза α — эукариотический ферментативный комплекс, который участвует в репликации ДНК. ДНК-полимераза α является частью комплекса из четырёх субъединиц, две из которых представляют собой собственно полимеразу, а две — эукариотическую праймазу.
Вложенная полимеразная цепная реакция — двухстадийная вариация ПЦР, используемая для снижения количества неспецифичных продуктов реакции. На первой стадии амплифицируется участок, включающий в себя целевой фрагмент ДНК и фланкирующие его последовательности, к которым отжигается первая пара праймеров. На второй стадии добавляются праймеры, комплементарные концам целевого фрагмента. Так как продукт первого этапа содержит в себе целевой фрагмент, данная вариация ПЦР называется вложенной.
Сайт-направленный мутагенез является методом молекулярной биологии, который используется, чтобы создать конкретные и преднамеренные изменения в последовательности ДНК, гена и продуктов генов. Используется для исследования структуры и биологической активности ДНК, РНК и белков, а также для белковой инженерии.
Дезоксирибонуклеаза IV — это вид эндонуклеазы, которая катализирует деградацию нуклеотидов в двухцепочечной ДНК, атакуя 5'-терминальный конец.
Гелика́з-зави́симая амплифика́ция, также Гелика́за-зави́симая изотерми́ческая амплифика́ция, — это метод амплификации ДНК in vitro, который осуществляется при постоянной температуре.
Лигазная цепная реакция представляет собой метод амплификации ДНК, он отличается от PCR тем, что в нем используется термостабильная лигаза для соединения двух зондов или других молекул вместе, которые затем могут быть амплифицированы с помощью стандартной циклической полимеразной цепной реакции (ПЦР). Каждый цикл приводит к удвоению молекулы нуклеиновой кислоты-мишени. Ключевым преимуществом ЛЦР является большая специфичность по сравнению с ПЦР. Таким образом, для правильной работы ЛЦР требуются два совершенно разных фермента: лигаза для соединения молекул зонда вместе и термостабильная полимераза для амплификации тех молекул, которые участвуют в успешном лигировании. Зонды, участвующие в лигировании, сконструированы таким образом, что 5'-конец одного зонда непосредственно примыкает к 3'-концу другого зонда, тем самым обеспечивая необходимые субстраты групп 3'-ОН и 5'-PO4 для лигазы.
Информация в Викиданных ?