Бактериофа́ги, или фа́ги (от др.-греч. φᾰ́γω — «пожираю»), — вирусы, заражающие бактериальные клетки. Ранее бактериофагами называли и вирусы архей, однако в настоящее время этот термин принято относить исключительно к бактериальным вирусам. Бактериофаги, как и любые иные вирусы, размножаются внутри клетки хозяина. Высвобождение потомства большинства бактериофагов происходит путём лизиса инфицированной бактериальной клетки, однако при размножении бактериофагов некоторых групп, например, нитчатых фагов, выход вирусных частиц происходит без разрушения клетки, которая сохраняет свою жизнеспособность. Вирусная частица или вирион бактериофага состоит из оболочки, как правило белковой, и генетического материала — одноцепочечной или двуцепочечной нуклеиновой кислоты (ДНК или, реже, РНК). Общая численность бактериофагов в большинстве природных местообитаний примерно равна численности бактерий или превышает ее в 2—10 раз, при этом общее количество фаговых частиц в биосфере Земли составляет 1030—1032 частиц. Бактериофаги активно участвуют в круговороте химических веществ и энергии, оказывают заметное влияние на состав, динамику и активность микробных сообществ, влияют на эволюцию микробов, на их взаимодействия между собой и с многоклеточными организмами и даже участвуют в контроле экспрессии собственных генов микроорганизмов. У бактерий существует также большое число генетических элементов и кодируемых ими молекулярных структур, имеющих общее происхождение с бактериофагами, «приспособленных» микробами для тех или иных собственных нужд: дефектные профаги, бактериоцины типов R и F, AFP-профаги (от англ. antifeeding prophage — профаги, препятствующие питанию), системы секреции VI типа (T6SS), сократимые системы, ассоциированные с метаморфозом (MAC), агенты переноса генов (GTA — gene tranfer agents) и другие. Бактериофаги, а также антивирусные (противофаговые) системы бактерий послужили источником большей части инструментария современной генетической инженерии и ряда других технологий.
Фаг λ, фаг лямбда — умеренный бактериофаг, который заражает кишечную палочку.
Парэховирусы — род вирусов из семейства пикорнавирусов (Picornaviridae). Выделен Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV) в 1996, назван в 1997 годах.
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Международный комитет по таксономии вирусов — занимается организацией таксономической классификации вирусов. ICTV была разработана универсальная система таксономии для описания всех существующих вирусов. Члены комитета являются признанными мировыми экспертами в области вирусологии. Комитет организован и управляется Отделением Вирусологии International Union of Microbiological Societies. Разделение видов внутри семейств производится отдельными исследовательскими группами, в которых входят эксперты по данным семействам.
Фаг T4 — один из самых изученных вирусов, бактериофаг, поражающий энтеробактерии, в том числе Escherichia coli. Имеет геномную ДНК порядка 169—170 тысяч пар нуклеотидов, упакованную в икосаэдрическую головку. Вирион также имеет ствол, основание ствола и стволовые отростки — шесть длинных и шесть коротких.
Полиомавирусы — семейство безоболочечных вирусов. Относится к I группе классификации вирусов по Балтимору. В соответствии с ревизией, утверждённой Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV) в 2016 году, включает 4 рода.
Caudovirales — порядок ДНК-содержащих вирусов-бактериофагов, вирионы которых имеют икосаэдрическую форму головки и спиральный хвост.
Вирус Пуумала относится к семейству Hantaviridae порядка Bunyavirales. У человека, заразившегося этим вирусом, может развиться геморрагическая лихорадка с почечным синдромом, также известная как эпидемическая нефропатия. В случае возникновения симптомов геморрагической лихорадки летальность составляет менее 0,5 %.
Миовирусы — нетаксономическая группа бактериофагов класса Caudoviricetes со сходной морфологией. Исторически рассматривалась как семейство. Размножение этих вирусов происходит в клетках бактерий и архей.
Riboviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, которые реплицируются с помощью РНК-зависимых РНК-полимераз и всех вирусов, кодирующих собственную РНК-зависимую ДНК-полимеразу. В состав реалма входят вирусы из нескольких групп классификации вирусов по Балтимору: группа III (дцРНК-вирусы), группа IV (+оцРНК-вирусы), группа V (-оцРНК-вирусы), группа VI и группа VII.
Duplodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, по состоянию на 2023 год включающий единственное царство Heunggongvirae. Выделение данного реалма было предложено в 2019 году.
Фаготерапия — лечение бактериальных инфекций с использованием вирусов, заражающих бактерий, или бактериофагов.
Дезоксирибонуклеаза IV — это вид эндонуклеазы, которая катализирует деградацию нуклеотидов в двухцепочечной ДНК, атакуя 5'-терминальный конец.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Zobellviridae — семейство преимущественно морских бактериофагов с подовирусной морфологией.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
Pseudoviridae — семейство вирусов, включающее три рода.
Metaviridae — это семейство вирусов, которые существуют в виде ретротранспозонов Ty3-gypsy LTR в геноме эукариотического хозяина. Они тесно связаны с ретровирусами: члены семейства Metaviridae имеют много общих геномных элементов с ретровирусами, включая длину, организацию и сами гены. Сюда входят гены, кодирующие обратную транскриптазу, интегразу и капсидные белки. Белки обратной транскриптазы и интегразы необходимы для ретротранспозонной активности вируса. В некоторых случаях вирусоподобные частицы могут образовываться из капсидных белков.
Herelleviridae — семейство вирулентных бактериофагов с миовирусной морфологией.