Чудско́е о́зеро — крупное пресноводное озеро, является северной составляющей Чудско-Псковского озёрного комплекса.
Псковское озеро — крупное пресноводное озеро, является южной составляющей так называемого Чудско-Псковского озёрного комплекса.
На́рва — река на границе Эстонии и Ленинградской области Российской Федерации. В литературе также встречаются названия Алуксе и Бек, последнее было употребимо во времена шведского владычества в XVII веке и упоминается у Олеария. На реке расположены города — российский Ивангород и эстонские Нарва и Нарва-Йыэсуу. Берега реки в настоящее время соединяют три моста. По фарватеру реки с 1991 года проходит российско-эстонская граница. Регион вдоль берегов реки носит название Принаровье.
Ю́лемисте — озеро в Таллине, расположено на территории микрорайона Юлемистеярве в южной части района Кесклинн. На озере есть один остров площадью 1,1 га.
Са́аремаа — самый большой остров Эстонии и Моонзундского архипелага. Площадь — 2673 км² при населении менее 34 тыс. человек. Входит в сеть программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера». Его полуостров Сырве является западной границей Рижского залива. Четвёртый по величине остров Балтийского моря после островов Зеландия, Фюн и Готланд.
Хи́йумаа — второй по величине остров Эстонии общей площадью 989 км². Остров в разные периоды своей истории был также известен как Да́го (Dago), Да́гден (Dagden), Дагё (Dagö), Хи́омаа (Hiomaa) и Хи́ума (Hiuma).
Ру́хну — небольшой остров в Рижском заливе Балтийского моря. Принадлежит Эстонии, относится к одноимённой волости уезда Сааремаа.
Ма́тсалуский национа́льный парк, Национа́льный парк Ма́тсалу — национальный парк в западной части Эстонии, в нижнем течении реки Казари, прибрежной полосе Матсалуского залива Балтийского моря и на 50 островах Моонзундского архипелага.
А́эгна — остров в Финском заливе, территория Эстонии. Административно подчинён городскому муниципалитету Таллин, как микрорайон входит в состав района Кесклинн. Является единственным островом, включённым в границы Таллина.
Пийрисар — крупнейший остров в пресноводном Чудском озере и второй по величине в Псковско-Чудском бассейне после острова Колпина. Принадлежит Эстонии, административно подчиняется уезду Тартумаа в составе волости Пийриссааре.
Воози — пролив между островом Вормси и материковой частью Эстонии — полуостровом Ноароотси. Административно находится на территории волостей Вормси и Ноароотси уезда Ляэнемаа. Является одним из двух проливов, соединяющих Вяйнамери с Балтийским морем. Площадь пролива составляет 20,63 км² при средней ширине 2,5-3 км и длине около 5 км, глубина его достигает 7 метров. В проливе находится несколько небольших островков, крупнейшим из которых является Сеасаар.
На́йссаар, ранее На́рген — остров в Финском заливе к северо-западу от Таллина, в 8,5 км от материка. Принадлежит Эстонии. Его территория относится к волости Виймси уезда Харьюмаа.
Пра́нгли (эст. Prangli, рус. Большой Врангельсгольмъ — остров в Финском заливе. Остров входит в состав волости Виймси уезда Харьюмаа, Эстония.
Пи́йрисса́аре — бывшая волость в Эстонии, располагалась на острове Пийрисаар в Чудском озере и относится к уезду Тартумаа. Волость Пийриссааре была самой малочисленной в Эстонии, что объясняется её географическим положением.
А́брука — эстонский остров в Рижском заливе, в 4 км к югу от острова Сааремаа, на котором расположена одноимённая деревня.
Та́ллинский зали́в — часть Финского залива между полуостровами Суурупи и Виймси и островами Найссаар и Аэгна. На южном побережье залива расположена столица Эстонии — город Таллин.
Ли́у — деревня в муниципалитете Пярну уезда Пярнумаа, Эстония.
Са́аремаа — деревня в волости Выру уезда Вырумаа, Эстония.
Ху́сбю, ранее Хо́сбе, Хёвсбю, Хо́сби, Гу́сбю — деревня в волости Вормси уезда Ляэнемаа, Эстония.
О́строва — деревня в волости Сетомаа уезда Вырумаа, Эстония. Исторически относится к нулку Коолина.
