Пи́рита , ранее также Бриги́товка — река на территории Эстонии. Впадает в Финский залив Балтийского моря. Одна из самых больших рек уезда Харьюмаа.
Пы́лтсамаа — река в центральной части Эстонии.
Кейла — река на северо-западе Эстонии, берущая начало в болоте Лоосалу, находящемся в Рапласком уезде к югу от Юуру, и впадающая в Финский залив в малом посёлке Кейла-Йоа. Длина реки — 111,8 км, площадь водосборного бассейна — 669,3 км². Кейла — самая длинная река Финского залива. Основными притоками являются Атла и Майдла.
Вы́ханду — самая длинная река Эстонии. Река берёт своё начало в окрестностях деревушки Саверна, пересекает озеро Йыкси и впадает в Тёплое озеро недалеко от деревни Выыпсу. Длина реки Выханду составляет 162 километра, а площадь бассейна 1420 км². Выше по течению от озера Вагула река также носит имя Пюхайыги, а вниз по течению — Воо.
Пе́дья — четвёртая по длине река Эстонии. Берёт начало с возвышенности Пандивере, местечке Симуна и впадает в реку Эмайыги. Длина реки 122 км, площадь бассейна 2710 км².
Я́гала — река, протекающая по территории Эстонии, своё начало берёт с западного склона возвышенности Пандивере, впадает в Финский залив.
А́хья — река в Эстонии, является крупнейшим правым притоком реки Эмайыги. Длина реки 103,4 км, площадь бассейна 1074,3 км², высота истока 87 метров. Другое название: Ая (Aya); в верхнем течении: ручей Тиллеоя, река Тилле, в среднем течении: река Таэваскоя.
Ы́хне — река в Эстонии. 3,5 км реки протекает по территории Латвии.
Халлисте — река в юго-западной части Эстонии.
Ку́нда — река в Эстонии. Течёт по территории волостей Винни, Раквере и Виру-Нигула в уезде Ляэне-Вирумаа на северо-востоке страны.
Па́ндивере — одна из четырёх крупнейших возвышенностей в северной и центральной части Эстонии. Расположена на волнистой равнине высотой до 166 м. Названа по одноимённой деревне Пандивере волости Вяйке-Маарья уезда Ляэне-Вирумаа, расположенного в северо-восточной части Эстонии.
Ра́удна — река в Эстонии. Длина реки составляет 62,9 км, площадь бассейна равна, по разным данным, 1140 или 1124,9 или 1122,5 км². Падение — 24 м. Средний расход воды — 9,5 м³/с.
Ку́ллавере — река на востоке Эстонии в уезде Йыгевамаа. Одна из крупнейших рек в районе северо-западного побережья Чудского озера.
Кя́ру — река в Эстонии. Длина — 58,7 км, с ответвлениями — 72,4 км, площадь водосборного бассейна — 315,5 км².
Пе́дели, Пе́деле — река в Эстонии и Латвии.
Пе́эли, Пи́йли, Пе́лльупите, Пи́льупите — река в Эстонии и Латвии.
Ве́лизе — река на западе материковой части Эстонии, течёт по территории волостей Мярьямаа, Рапла и Кехтна в уезде Рапламаа, а также волости Ляэнеранна в уезде Пярнумаа. Левый приток нижнего течения реки Вигала.
Элва — река на юго-востоке Эстонии, течёт по территории уездов Пылвамаа, Валгамаа и Тартумаа. Правый приток верхнего течения Суур-Эмайыги (Эмайыги).
Ка́лли — река на юго-востоке материковой части Эстонии, течёт по территории волости Кастре в уезде Тартумаа. Правый приток нижнего течения Эмайыги.
Пу́ртсе — река на северо-востоке Эстонии, течёт по территории волости Винни в уезде Ляэне-Вирумаа и волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа. Впадает в Финский залив.