Аммонификáция — процесс разложения азотсодержащих органических соединений в результате их ферментативного гидролиза под действием аммонифицирующих микроорганизмов с образованием токсичных для человека конечных продуктов — аммиака, сероводорода, а также первичных и вторичных аминов при неполной минерализации продуктов разложения:
Броже́ние — биохимический процесс, основанный на окислительно-восстановительных превращениях органических соединений в анаэробных условиях. В ходе брожения происходит образование АТФ за счёт субстратного фосфорилирования. При брожении субстрат окисляется не полностью, поэтому брожение энергетически малоэффективно в сравнении с дыханием, в ходе которого АТФ образуется не за счёт субстратного фосфорилирования, а за счёт окислительного фосфорилирования. Таким образом, основной биологический смысл брожения заключается не в получении энергии, а в окислении НАДН и обеспечении гликолитических процессов окисленной формой (НАД+) этого кофермента в условиях отсутствия кислорода.
Азотфикса́ция, или азотофиксация, — фиксация молекулярного атмосферного азота, диазотрофия. Процесс восстановления молекулы азота и включения её в состав своей биомассы прокариотными микроорганизмами. Важнейший источник азота в биологическом круговороте. В наземных экосистемах азотфиксаторы локализуются в основном в почве.
Денитрификация — сумма микробиологических процессов восстановления нитратов до нитритов и далее до газообразных оксидов и молекулярного азота. В результате их азот возвращается в атмосферу и становится недоступным большинству организмов. Осуществляется только прокариотами в анаэробных условиях и связана с получением ими энергии.
Анаэробы — организмы, получающие энергию при отсутствии доступа кислорода путём субстратного фосфорилирования, конечные продукты неполного окисления субстрата при этом могут быть окислены с получением большего количества энергии в виде АТФ.
Метанотрофные бактерии — группа метилотрофов, способная использовать метан в качестве единственного источника как углерода, так и энергии. К ним относятся бактерии родов Methylomonas, Methylotrophus и др. Филогенетически подразделяются на два класса, по наличию мембран-связанной и цитоплазматической метанмонооксигеназы. Фиксация формальдегида идет по рибулозомонофосфатному или сериновому пути. Возможна также фиксация экзогенного CO2.
Клеточное, или тканевое дыхание — совокупность биохимических реакций, протекающих в клетках живых организмов, в ходе которых происходит окисление углеводов, липидов и аминокислот до углекислого газа и воды, а также образование энергии. Высвобожденная энергия запасается в химических связях макроэргических соединений и может быть использована по мере необходимости. Входит в группу процессов катаболизма. О физиологических процессах транспортировки к клеткам многоклеточных организмов кислорода и удалению от них углекислого газа см. статью Дыхание.
Анаэробное дыхание — это биохимический процесс окисления органических субстратов или молекулярного водорода с использованием в дыхательной ЭТЦ в качестве конечного акцептора электронов вместо O2 других окислителей неорганической или органической природы. Как и в случае аэробного дыхания, выделяющаяся в ходе реакции свободная энергия запасается в виде трансмембранного протонного потенциала, использующегося АТФ-синтазой для синтеза АТФ.
Кислородная катастрофа — глобальное изменение состава атмосферы Земли, произошедшее в самом начале протерозоя в период сидерий около 2,45 млрд лет назад. Результатом кислородной катастрофы стало появление в составе атмосферы свободного кислорода и изменение общего характера атмосферы с восстановительного на окислительный. Предположение о кислородной катастрофе было сделано на основе резкого изменения характера осадконакопления.
Анаэробное окисление метана — процесс окисления метана до углекислого газа, производимый некультивируемыми археями групп ANME-1, ANME-2 и ANME-3, близкими к Methanosarcinales при отсутствии в среде молекулярного кислорода. Биохимия и распространённость процесса в природе изучены пока недостаточно.
Очистка сточных вод — комплекс мероприятий по удалению загрязнений, содержащихся в бытовых и промышленных сточных водах перед выпуском их в водоёмы. Очистка сточных вод осуществляется на специальных очистных сооружениях.
Метронидазо́л — противопротозойный и противомикробный препарат. Метронидазол входит в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов.
Candidatus Brocadia anammoxidans (лат.) — вид анаэробных хемолитоавтотрофных кокковидных бактерий рода Candidatus Brocadia, впервые выделен из сооружений по очистке сточных вод в Делфте, Нидерланды, также были обнаружены в Чёрном море.
Водородные бактерии — автотрофные аэробные и анаэробные бактерии, получающие энергию для роста путём окисления молекулярного водорода (H2) и способные использовать углекислый газ (CO2) в качестве единственного источника органического углерода.
Микрофлора (микробиота)— совокупность разных типов микроорганизмов, населяющих какую-либо среду обитания. Микробиота водоёмов, воздуха, горных пород, почвы очень разнообразна, микробиота рубца жвачных, поровых растворов разных видов почв и т. п. более специфична и включает микроорганизмы, находящиеся в тесных пищевых связях.
Цитохром P450 — общее название ферментов семейства P450. Входят в класс гемопротеинов, относятся к цитохромам типа b. Цитохром P450, связанный с монооксидом углерода, имеет максимум поглощения света при длине волны 450 нм, что определило его название.
Глицеральдегид — моносахарид из группы триоз с эмпирической формулой 
Acetobacteraceae (лат., возможное русское название — уксуснокислые бактерии) — семейство бактерий из типа протеобактерий, которые получают энергию, окисляя этанол до уксусной кислоты (являются строго облигатными аэробами). Поэтому они часто развиваются вслед за дрожжами, используя продукт спиртового брожения как субстрат для роста. Это грамотрицательные аэробные палочковидные бактерии, слабоподвижные за счёт перитрихиально или полярно расположенных жгутиков или неподвижные. Довольно требовательны к субстратам для роста. Почти все виды нуждаются в отдельных витаминах, в первую очередь в пантотеновой кислоте, однако есть формы, способные к синтезу всех факторов роста. Не стоит путать их с родом Acetobacterium, которые являются анаэробными гомоацетогенными факультативными автотрофами (ацетогенами) и могут восстанавливать CO2 до уксусной кислоты (см. статью Acetobacterium woodii). Для производства уксуса применяются в основном представители двух родов — Gluconobacter и Acetobacter.
Асфальтиты — твёрдые битумы с температурой плавления (размягчения) выше 100 °C. На 70—96% состоят из асфальтенов, имеют плотность 1—1,2 г/см3. Образуются при анаэробном окислении нефти и её дальнейшего изменения под воздействием растворенного в воде кислорода. Накапливаются пластами у выходов нефти. Применяются при производстве изоляционных покрытий и клея.
Карбоксидобактерии — группа аэробных хемолитоавтотрофных бактерий, получающих энергию при окислении угарного газа (СО), объединяемых на основании физиологических особенностей. Не являются таксономической группой. Включают α, β, и γ-протеобактерии, фирмикутов, и актинобактерий. Большинство известных карбоксидобактерий являются грамотрицательными бактериями.