
Городня́ — река на юге Москвы, второй по длине и расходу воды правый приток Москвы-реки в черте города. Образует Царицынские, Борисовские и ряд более мелких прудов.

Ра́менка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, крупнейший правый приток Сетуни. Частично заключена в подземный коллектор. Часть долины реки от Парка 50-летия Октября до улицы Раменки и от Мичуринского проспекта до устья в 1991 году получила статус особо охраняемой природной территории и была объявлена памятником природы. На берегах реки находились деревни Раменки, Матвеевское, Гладышево и Каменная Плотина, село Воронцово, сельцо Шатилово, а также группы курганов вятичей. Вода Раменки загрязнена хлоридами и нефтепродуктами.

Вавило́н — ручей в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Низовья засыпаны, верховья убраны в подземный коллектор.

Бары́шиха — река на северо-западе города Москвы и в Московской области, в том числе на территории Митино, СЗАО города Москвы; левый приток Москвы-реки. Длина 3 км, постоянное течение на протяжении 1,6 км.

Кровя́нка — водоток в Гагаринском и Донском районах Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чуры. Речное русло в 1955—1961 годах было частично заключено в подземный коллектор.

Алту́фьевская речка (Самотёка) — водоток в северной части Москвы, правый приток реки Чермянки. Длина примерно 5 км. Берёт начало из пруда рядом с селом Алтуфьево, проходит практически сразу же под Алтуфьевским шоссе и вдоль Алтуфьевского кладбища, затем вдоль северной границы Алтуфьевского лесопарка, ниже Мелиховской улицы заключена в бетонную конструкцию.
Большой Носков ручей (Носко́вка) — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Его длина составляет 2 км, в открытом русле — 0,4 км. Площадь водосборного бассейна — 2 км². По состоянию на начало 2018 года заключен в подземный коллектор, верховья засыпаны. Название реки происходит от фамилии Носков.
Богоя́вленский руче́й — малая река в районе Марфино Северо-восточного административного округа Москвы, нижний правый приток реки Лихоборки. Заключён в подземный коллектор диаметром 1,5 метра.
Заха́рковский овраг — бывшая малая река в районе Южное Тушино Северо-Западного административного округа Москвы, правый приток Химки на южной границе Захарковского сада. По состоянию на начало 2018 года ручей сохранился в виде небольшого залива Химкинского водохранилища напротив Северного речного вокзала. Вдоль Химкинского бульвара заключён в подземный коллектор. Своё название получил от деревни Захарково.
Зениборовский овраг — ручей в районах Чертаново Южное и Северное Бутово Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Битцы у Верхнего Качаловского пруда. Большая часть реки убрана в коллектор, долина полностью засыпана. В открытом русле ручей сохранился только на территории Битцевского леса. Точное происхождение названия не установлено. Гидроним, вероятно, имеет антропонимическое происхождение. На старых картах овраг подписан неразборчиво, возможно его называли Зепиборовским.
Комаро́вская речка — малая река на юге Москвы, в районах Ясенево и Северное Бутово Юго-Западного административного округа, левый приток реки Битцы.
Ко́птевский ручей — малая река в районах Коптево и Тимирязевский Северного административного округа Москвы, левый приток Жабенки. Устье расположено в Петровско-Разумовском заказнике. Название происходит от деревни Коптево. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор, низовья сохранились в виде залива Большого Садового пруда.
Ка́менные За́разы — малая река в районе Крылатское Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки на территории ландшафтного заказника Крылатские холмы. Гидроним ручья происходит от географического термина «заразы» или «зарасы» — заросли. Так называли балки с крутыми склонами, леса с оврагами и заросшие обрывы. В этом рельефе содержится прочный песчаник, поэтому его назвали «каменным». Кладбищенским, Поповым и Поповским овраг называют по расположенным рядом кладбищу и церкви.
Миха́йловский овраг — малая река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. Верховья реки засыпаны, речное русло южнее МКАД трансформировано и заключено в подземный коллектор. На территории Аннинского лесопарка сохранился в открытом течении на протяжении 350 метров. Название антропонимическое.

Ону́чин овра́г — малая река в районе Раменки Западного административного округа Москвы, правый приток Раменки. Своё название получила от антропонима Онуча, который происходит от слова «онучи» — портянки.
Песо́чный ручей (Прото́к) — ручей в районе Арбат Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. «Песочным» водоток назвали по характеру почвы, а «протоком» обычно наименовали сухие речные русла. С конца XIX века ручей заключён в подземный коллектор, а его долина полностью засыпана.
Петря́ев овраг — малая река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. На территории города заключена в подземный коллектор. Своё название получила от фамилии Петряев или от личного имени Петряй.
Путя́евский ручей — малая река в районе Сокольники Восточного административного округа Москвы, правый приток Яузы. На реке расположен каскад из шести прудов, который способствует очищению загрязнённой воды ручья. Название антропонимическое.
Я́сный овра́г — малая река в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Речное русло заключено в подземный коллектор. Происхождение названия не установлено.

Ю́жный Октя́брьский руче́й — малая река в районе Хорошёво-Мнёвники Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки.