Бакте́рии — домен прокариотических микроорганизмов. Бактерии обычно достигают нескольких микрометров в длину, их клетки могут иметь разнообразную форму: от шарообразной до палочковидной и спиралевидной. Бактерии — одна из первых форм жизни на Земле и встречаются почти во всех земных местообитаниях. Они населяют почву, пресные и морские водоёмы, кислые горячие источники, радиоактивные отходы и глубинные слои земной коры. Бактерии часто являются симбионтами и паразитами растений и животных. Большинство бактерий к настоящему времени не описано, и представители лишь половины отделов бактерий могут быть выращены в лаборатории. Бактерии изучает наука бактериология — раздел микробиологии.
Архе́и — домен живых организмов. Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра, а также каких-либо мембранных органелл.
Страменопилы, страминопилы, или гетероконтные, разножгутиковые организмы — большая группа одноклеточных, колониальных и многоклеточных эукариотических организмов. Для фотосинтезирующих представителей характерно наличие хлорофиллов a, c1, c2, c3, а также фукоксантина или вашериоксантина. Длинный жгутик в норме покрыт трёхчастными мастигонемами (ретронемами).
Униконты, или одножгутиковые (лат. Unikonta), — монофилетический надцарственный таксон, предложенный Томасом Кавалье-Смитом. Подразделяется на заднежгутиковых (Opisthokonta) и амёбозоев (Amoebozoa). Unikonta вместе с сестринским таксоном Bikonta составляют домен эукариот.
Гломеромице́ты — класс грибов, выделяемый в монотипный подотдел Glomeromycotina в составе отдела Mucoromycota, содержит около 230 видов; ранее его представителей рассматривали в составе отдела зигомицетов. Древнейшие ископаемые остатки, достоверно принадлежащие гломеромицетам, имеют возраст 460 млн лет.
Экскаваты — большая группа протистов. К данной группе принадлежит множество разнообразных видов: свободно живущих, симбиотических и паразитических, в том числе некоторые важные виды паразитов человека.
Центрохелидные солнечники (лат. Centrohelida) — обширная группа эукариот, включающая подвижные и неподвижные формы, найденные в пресноводной и морской среде. Ранее их относили к солнечникам.
Neomura — клада, состоящая из двух доменов: Archaea и Eukaryota.
Циане́ллы — пластиды глаукофитовых водорослей. Окрашены в сине-зелёный цвет, так как зелёный хлорофилл a маскируется пигментами фикоцианином и аллофикоцианином, расположенными на поверхности тилакоидов. Особое название используется для них потому, что они обладают уникальным признаком: имеют тонкую клеточную стенку из пептидогликана (муреина) между наружной и внутренней мембраной. По большинству других признаков цианеллы напоминают типичные цианобактерии, хотя содержат сильно редуцированный геном.
Collodictyon (лат.) — род одноклеточных эукариот, родство которого с остальными протистами долгое время не удавалось установить. Систематическое положение рода дискуссионно, но чаще его вместе с несколькими родственными протистами выделяют в отдельную ветвь эукариот.
Заднежгутиковые, или опистоконты (лат. Opisthokonta), — обширная группа эукариот, включающая царства грибов и животных, а также родственные им эукариотические микроорганизмы, которых ранее относили к расформированному царству протистов. Все генетические и ультраструктурные исследования подтвердили монофилию данного таксона.
Глаукофи́товые во́доросли, или глаукофи́ты, или глаукоцистофи́ты — небольшой древний отдел одноклеточных водорослей, включающий восемь родов и 21 вид. Глаукофиты особенно интересны своими уникальными хлоропластами (цианеллами), довольно примитивно устроенными по сравнению с хлоропластами других водорослей: они содержат слой муреина между мембранами и характеризуются множеством других свойств, присущих цианобактериям. Согласно современным представлениям, глаукофитовые водоросли обособились в отдельную группу у самого основания Archaeplastida.
Охрофи́товые во́доросли, или охрофи́ты , — клада одноклеточных, колониальных и многоклеточных водорослей, относящихся к страменопилам (Stramenopiles), или гетероконтам (Heterokonta). Классифицируются как отдел Ochrophyta или Heterokontophyta, либо как подотдел Ochrophytina в составе отдела Gyrista.
Sar, или SAR, также Harosa, — обширная клада эукариот, включающая страменопил, альвеолят и ризарий. Одноклеточные, многоклеточные и колониальные организмы; как автотрофы, так и гетеротрофы, очень различны по местообитанию и образу жизни. Описано более 60 тысяч видов.
Под эволюцией фотосинтеза понимают исторический путь происхождения и последующего развития фотосинтеза или последовательное становление и изменение процесса преобразования солнечной энергии в химическую для синтеза сахаров из углекислого газа, с выделением кислорода в качестве побочного продукта.
Церкозои — тип протистов. Не имеют общих морфологических особенностей на микроскопическом уровне, поэтому определение осуществляется при помощи молекулярной филогении на основе рРНК, строения актина или полиубиквитина.
Retaria (лат.) — тип ризарий, объединяющий фораминифер и радиолярий. Существует спорное мнение о принадлежности к нему и Endomyxa.
Полинто́ны — крупные ДНК-транспозоны, содержащие гены, гомологичные вирусным белкам; часто встречаются в эукариотических геномах. Эти наиболее крупные и сложно устроенные ДНК-транспозоны были открыты в середине 2000-х годов. Один полинтон может кодировать до 10 различных белков. Название этих мобильных элементов образовано от двух ключевых белков, которые они кодируют: ДНК-полимераза (POLymerase) и интеграза (INTegrase) ретровирусного типа.
Archelosauria (лат.) — клада рептилий, включающая в себя черепах, архозавров и их ближайших вымерших родственников, но не лепидозавров. Большинство филогенетических анализов, основанных на молекулярных данных, подтверждают родство между черепахами и архозаврами. С другой стороны, архелозавры не были подтверждены большинством морфологических анализов, которые вместо этого обнаружили, что черепахи либо являются потомками парарептилий, рано расходящихся диапсидов, не входящих в заврий, или близкие родственники лепидозавров, не входящие в Ankylopoda.
Diaphoretickes (лат.) — обширная клада эукариот. Группа включает архепластид (Archaeplastida), страменопил (Stramenopiles), альвеолят (Alveolata) и ризарий (Rhizaria), а также ряд других эукариот. Страменопилы, альвеоляты и ризарии объединяются в кладу Sar, получившую своё имя по первым буквам названий включённых в неё таксонов.
