Лихобо́рка — река в Северном и Северо-Восточном административных округах города Москвы, правый приток реки Яузы.
Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.
Жа́бенка — река в Тимирязевском районе Северного административного округа Москвы, правый приток Лихоборки. Своё название получила от слова «жаба». Речное русло частично заключено в подземный коллектор. Вода Жабенки загрязнена нефтепродуктами и солями тяжёлых металлов. Левым притоком реки является Коптевский ручей, правым — Фермерский ручей.
Я́звенка — водоток в Москве и Московской области, правый приток Городни. На территории города протекает по границе районов Бирюлёво Восточное, Орехово-Борисово Южное и Орехово-Борисово Северное Южного административного округа. Речное русло в некоторых местах искусственно трансформировано, река частично заключена в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом течении более чем на 90%.
Конько́вский руче́й — малая река на юге Москвы, на территории района Коньково и Битцевского леса Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Частично протекает в подземном коллекторе.
Чёрный ручей — малая река в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы, левый приток Серебрянки. Водоток трансформирован и частично убран в подземный коллектор. Название ручья связано с характером воды — грязной, тёмной от торфа.
Золото́й Рожо́к — малая река в районе Лефортово Юго-Восточного административного округа города Москвы, левый приток Яузы. С 1935 года протекает в подземном коллекторе. На правом берегу ручья расположена усадьба Строгановых. От гидронима ручья произошли названия: Золоторожская набережная, Золоторожская улица, Золоторожский Вал, Верхний Золоторожский переулок, Средний Золоторожский переулок и Золоторожский проезд.
Копытовка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы.
Са́ра — ручей в Таганском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, река канализирована более чем на 90%. Ручей с 1912 года протекает в подземном коллекторе.
Владыкинский ручей — нижний левый приток реки Лихоборки. Длина составляет от 2,5 до 3,9 км. Брал начало рядом с перекрёстком улиц 800-летия Москвы и Дубнинской. Долина просматривается к западу от Керамического проезда, вдоль Поморской улицы и к востоку от Алтуфьевского шоссе. Сохранились железнодорожные мосты через ручей на Савёловском направлении между станциями Дегунино и Бескудниково, а также на разобранном ответвлении к Алтуфьевской овощной базе. Участок русла под мостом заболочен, коллектор, по всей видимости, засорен. Ручей пересекал современную улицу Хачатуряна и впадал в реку ниже села Старое Владыкино. Ручей заключён в подземную бетонную конструкцию.
Козеевский ручей — водоток в районе Отрадное Северо-Восточного административного округа Москвы, нижний правый приток Чермянки. Поверхностное течение отсутствует, река протекает в подземном коллекторе.
Спирков вра́жек — небольшая река в Северном административном округе Москвы, левый приток Лихоборки. Протекает по территории Западного Дегунино, Дмитровского и Головинского районов. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — речное русло заключено в подземный коллектор, поверхностный водоток утрачен.
Тепляко́вский овра́г — ручей на юге Москвы, в районе Чертаново Южное Южного административного округа, правый приток Городни. Частично протекает в подземном коллекторе. Поверхностный водоток сохранился в приустьевом участке на протяжении 500 метров, в верхнем и среднем течении засыпан.
Богоя́вленский руче́й — малая река в районе Марфино Северо-восточного административного округа Москвы, нижний правый приток реки Лихоборки. Заключён в подземный коллектор диаметром 1,5 метра.
Дани́ловский ручей (Дани́ловка, Худе́ница) — малая река Южного административного округа Москвы в бывшей Даниловской слободе, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от Данилова монастыря, вдоль которого проходил водоток. Гидроним «Худеница» возник по урочищу, которое располагалось на этой территории. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Завья́ловский ручей — малая река Южного административного округа Москвы, левый приток Битцы. Внутри МКАД заключён в подземный коллектор. Ниже кольцевой автодороги проходит в открытом русле к востоку от Курской железной дороги. Название ручья происходит от фамилии Завьялов.
Лю́берка — река в Юго-Восточном административном округе Москвы и в городе Люберцы, правый приток Пехорки. В середине 1960-х годов по руслу Люберки вне территории Москвы проложили подземный коллектор, а с 2005 года река заключена в коллектор на территории города. В открытом течении сохранилась в Котельниках, где частично запружена. Вероятно, своё название получила по деревне Люберцы. Гидроним Либерица упоминается в документах с 1624 года, на картах XVII века известен как Либерка.
Плинто́вка — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Своё название получила от географического термина «плинтовка», который означает «участок пахотной земли на болоте». Речное русло заключено в подземный коллектор. По сообщению диггеров, вода Плинтовки сильно загрязнена нефтепродуктами. Питание реки осуществляется за счёт её притоков — Лесного и Среднего ручьёв.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
Ю́жный Октя́брьский руче́й — малая река в районе Хорошёво-Мнёвники Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки.
