Напру́дная — небольшая река в Мещанском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Неглинной. С 1910 года протекает в подземном коллекторе. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, русло канализировано более чем на 90 %.
Ка́пля (Ка́пелька) — ручей в Мещанском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Напрудной. Водоток проходит в подземном коллекторе.
Ра́стань — ручей в районе Нагатино-Садовники Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Водосборный бассейн застроен, река протекает в подземном коллекторе.
Нижний Богоро́дский ручей — малая река в районе Богородское Восточного административного округа города Москвы, левый приток реки Яузы. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Длина реки с временным водотоком в верховьях составляет 1,7 км, площадь водосборного бассейна — 1,5 км².
Буда́нка — бывшая река в центральной части Москвы, малый правый приток Москвы-реки. По состоянию на начало 2018 года под руслом Буданки расположены подземные коллекторы. Название реки происходит от фамилии Буданов и от слова «буд» — «строить, постройка».
Бояко́в овра́г (Буяков овраг) — ручей в Южном административном округе Москвы, правый приток реки Городни. Своё название получил от фамилии Буяков.
Богоя́вленский руче́й — малая река в районе Марфино Северо-восточного административного округа Москвы, нижний правый приток реки Лихоборки. Заключён в подземный коллектор диаметром 1,5 метра.
Брёховский овраг — малая река в Юго-Западном административном округе Москвы, правый приток Очаковки. Название происходит от бывшей деревни Брёхово, которая располагалась на берегу ручья до начала 1970 годов. По состоянию на 2018-й верховья реки засыпаны, водоток частично проходит в подземном коллекторе. Длина Брёховского оврага с временным водотоком в верховьях составляла 1,9 км, после заключения в коллектор остался постоянный поверхностный водоток длиной 210—230 метров.
Голья́новский ручей — река в Центральном административном округе Москвы, левый приток Яузы. Своё название получил от Гольяновской улицы, гидроним не имеет прямого отношения к Гольяновскому пруду и одноимённому району. Полностью заключен в подземный коллектор.
Е́льницкий руче́й — ручей в Восточном административном округе Москвы, правый приток реки Сосенки. Своё название получил в конце XX века по бывшей Ельницкой пустоши. По состоянию на начало 2018 года нижняя часть русла заключена в подземный коллектор.
Заха́рковский овраг — бывшая малая река в районе Южное Тушино Северо-Западного административного округа Москвы, правый приток Химки на южной границе Захарковского сада. По состоянию на начало 2018 года ручей сохранился в виде небольшого залива Химкинского водохранилища напротив Северного речного вокзала. Вдоль Химкинского бульвара заключён в подземный коллектор. Своё название получил от деревни Захарково.
Кероси́новый ручей — ручей в Северо-Западном административном округе Москвы, левый приток Москвы-реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор. Точное происхождение названия неизвестно.
Ко́птевский ручей — малая река в районах Коптево и Тимирязевский Северного административного округа Москвы, левый приток Жабенки. Устье расположено в Петровско-Разумовском заказнике. Название происходит от деревни Коптево. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор, низовья сохранились в виде залива Большого Садового пруда.
Котляко́вский ручей — малая река в районе Москворечье-Сабурово Южного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Название происходит от деревни Котляково. По состоянию на начало 2018 года ручей заключён в подземный коллектор, его долина засыпана, местность застроена промышленной зоной.
Лео́новский ручей — малая река в районах Свиблово и Ростокино Северо-Восточного административного округа Москвы, левый приток Яузы. Длина реки составляет 2,6 км. Первый гидроним произошёл от села и усадьбы Леоново, второй — от урочища Высково. Леоновским ручьём ошибочно называли реку Будайку и слив с Капустянского пруда. По состоянию на начало 2018 года почти целиком заключён в подземный коллектор.
Малый Носков ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Большого Носкова ручья. Своё название получил от гидронима принимающей реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Сре́дний ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, верхний левый приток Плинтовки. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Название отражает положение реки по отношению к Лесному ручью — второму притоку Плинтовки.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
Я́сный овра́г — малая река в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Речное русло заключено в подземный коллектор. Происхождение названия не установлено.
Хохло́вка — малая река в Нижегородском районе Юго-Восточного административного округа Москвы, правый приток Нищенки. Своё название получила от деревни Хохловки и исторической местности Калитники. По состоянию на начало 2018 года речное русло убрано в подземный коллектор.