
Усть-Ко́ксинский район или аймак — административно-территориальная единица и муниципальное образование в составе Республики Алтай Российской Федерации. Название района в переводе с южно-алтайского: синяя вода.

Теле́цкое, или Теле́цкое о́зеро — озеро на северо-востоке Алтайских гор. Входит в список Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО в составе комплексного объекта «Золотые горы Алтая». Один из центров туризма и отдыха Алтая. Высота над уровнем моря — 434 м.

Кату́нь — река в Республике Алтай и Алтайском крае России, левая и главная составляющая Оби. Длина реки — 688 км. Площадь бассейна — 60 900 км².

Алтайские горы, или Алта́й — горная система в Азии, на юге Сибири и в Центральной Азии, состоящая из высокогорных и среднегорных хребтов, разделённых глубокими долинами рек и обширными внутригорными и межгорными котловинами. Входит в состав субширотной горной страны «горы Южной Сибири». Вытянут по долготе от 81 до 106° в. д., по широте от 42 до 52° с. ш. Простирается с северо-запада на юго-восток более чем на 2000 км. На севере и северо-западе граничит с Западно-Сибирской равниной, на западе отделён от Казахского мелкосопочника долиной реки Иртыш, на юге — с Джунгарской равниной, на юго-востоке — с пустыней Гоби, на востоке — с Долиной Больших Озёр, на северо-востоке — с горами Южной Тувы и Западным Саяном.

Мульта́ — горная река в России, протекает по территории Усть-Коксинского района Республики Алтай. Протекает через Мультинские озёра — Верхнее, Среднее и Нижнее, и впадает в Катунь. Длина реки — 39 км. Начало берёт из Верхнего Мультинского озера на территории Катунского заповедника. Вода холодная, прозрачная, зеленоватого оттенка. Питание преобладает снеговое и ледниковое.

Аргу́т — река в центральной части Алтая, правый приток Катуни.

Тальме́нь — морено-подпрудное озеро ледникового происхождения в долине реки Озёрной на западе Катунского хребта. Самое крупное озеро в бассейне верхней Катуни. Памятник природы. Находится на юго-востоке Усть-Коксинского района в Республике Алтай.

Кучерла́ (от алтайского Каджур-лы или Кудюрлу, то есть с солонцами) — река в Республике Алтай, правый приток Катуни. Длина — 50 км, площадь бассейна — 635 км².
Джулукуль (Джулу-Куль) — высокогорное озеро на востоке Республики Алтай РФ. Находится на территории Алтайского заповедника, в Улаганском районе Республики Алтай. Находится северо-западнее, неподалёку от озера Хиндиктиг-Холь. Второе по величине озеро республики Алтай. Площадь поверхности — 29,5 км².

Мульти́нские озёра — группа горных озёр на северном склоне Катунского хребта в Алтайских горах. Озёра расположены в Центральном Алтае на отметках 1710 и 1740 м. Расположены на территории Усть-Коксинского района Республики Алтай России. Находятся в крупном речном бассейне реки Мульта, в 20 км от села Мульта. Памятник природы регионального значения.

Ни́жнее Мульти́нское — нижнее из Мультинских озёр. Расположено на территории Усть-Коксинского района Республики Алтай.

Сре́днее Мульти́нское — одно из Мультинских озёр в Республике Алтай. Расположено на реке Мульта между озёрами Верхнее Мультинское и Нижнее Мультинское, от которого отделено плотиной из нагромождений валунов. Часть памятника природы «Мультинские озера».
Поперечное — горное озеро в северной части Катунского заповедника. Одно из Мультинских озёр. Его длина — 1860 м, ширина — 360 м, длина береговой линии — 4040 м, площадь — 41,1 га, максимальная глубина — 22,6 м. Озеро находится на высоте 1885 м, из него вытекает река Поперечная — левый приток Мульты. Это озеро питают карово-долинные ледники.
Коксу (тюрк. голубая вода) — река в Алтайских горах, левый приток реки Аргут. Средний уклон — 22 м/км, длина — 52 км, расход в устье (среднегодовой) — 15 м³/с, площадь водосбора — 1840 км².

Юстыт — река в Кош-Агачском районе Республики Алтай. Левый приток реки Чуя. Длина — 103 км.

Аккол — река в России, протекает по Республике Алтай. Устье реки находится на 21 км по левому берегу реки Чаган. Длина реки составляет 17 км.

Акчан — горная река в России, правый приток Катуни, протекает по Усть-Коксинскому району Республики Алтай. Берёт начало из озера на высоте 2134 метра над уровнем моря. Устье реки находится в 458 км от устья Катуни по правому берегу, ниже села Замульта. Длина реки составляет 25 км. Питание преобладает снеговое и ледниковое.
Адай — высокогорное озеро на территории Кокоринского сельского поселения Кош-Агачского района в юго-восточной части Республики Алтай.
Тихая — река в Казахстане и России, протекает по Катон-Карагайскому району Восточно-Казахстанской области и Усть-Коксинскому району Республики Алтай. Длина реки — 43 км.

Сарыачик — река, левый приток Кубадру, протекает по территории Улаганского района Республики Алтай в России. Длина реки — 17 км.