Ви́рус — неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри клеток. Вирусы поражают все типы организмов, от растений и животных до бактерий и архей. Обнаружены также вирусы, способные реплицироваться только в присутствии других вирусов (вирусы-сателлиты).
Гепати́т D, Вирусный гепати́т D — заболевание, вызываемое вирусом гепатита дельта.
Вирус Норуолк, или вирус Норфолк , — вид РНК-содержащих вирусов из семейства калицивирусов (Caliciviridae), единственный в роде норовирусов (Norovirus). Примерно в 90 % случаев этот вирус является причиной эпидемий желудочно-кишечных заболеваний небактериальной природы во всём мире, а в США отвечает за возникновение 50 % случаев заболевания гастроэнтеритом. Вирусам Норуолк могут быть подвержены люди всех возрастов. Вирусы передаются при прямом контакте с больным и гораздо реже — фекально-оральным способом через заражённую еду либо воду. Часто норовирусную инфекцию называют кишечным, или желудочным гриппом.
Аденоассоциированный вирус — малый вирус, инфицирующий клетки человека и некоторых других приматов. Аденоассоциированный вирус, по-видимому, не вызывает заболевания у человека и, соответственно, вызывает слабый иммунный ответ.
Вирус Марбург — вид семейства филовирусов, относящийся к монотипному роду Marburgvirus. Вызывает геморрагическую лихорадку Марбург. Первоначально этот вирус был обнаружен в Центральной и Восточной Африке в виде инфекции у человекообразных и нечеловекообразных приматов.
Респираторно-синцитиальный вирус человека — вид вирусов, вызывающий инфекции дыхательных путей. Является основной причиной инфекций нижних дыхательных путей у новорождённых и детей. Лечение ограничено поддерживающей терапией, возможно применение кислородной маски.
Phytomyxea (лат.) — класс протистов из группы ризарий, все представители — облигатные внутриклеточные паразиты. В качестве хозяев разных видов выступают высшие растения, бурые и диатомовые водоросли, а также оомицеты. Насчитывают около 40 видов, подразделяемых на два отряда — Plasmodiophorida и Phagomyxida. Ранее в Phytomyxea также включали род Haptoglossa, представители которого паразитируют на почвенных нематодах и коловратках, однако позднее была доказана их принадлежность к оомицетам.
Ризома́ния свёклы — болезнь свёклы, вызываемая вирусом некротического пожелтения жилок, основным переносчиком которого служит одноклеточное паразитическое простейшее из отряда плазмодиофоровых — Polymyxa betae. Патоген имеет высокую жизнеспособность, которая сохраняется в течение многих лет. Также источником заражения может быть повилика, паразитическое растение из семейства вьюнковых.
Pithovirus (лат.) — род вирусов, включающий два вида: Pithovirus sibericum и Pithovirus massiliensis; они оба поражают амёб Acanthamoeba. Pithovirus sibericum был описан в 2014 году и является самым крупным известным на данный момент вирусом. Он был выделен из образца многолетней мерзлоты из Сибири, возраст которого оценивается в 30 тыс. лет. Pithovirus massiliensis был найден в 2016 году в образце сточных вод.
Benyvirus (лат.) — род патогенных для растений вирусов из монотипного семейства Benyviridae, которое не включают в какой-либо из известных порядков вирусов.
Эндоге́нные ви́русные элеме́нты — последовательности ДНК вирусного происхождения в геноме невирусных организмов, которые присутствуют в клетках зародышевой линии и передаются по наследству. Иногда эндогенные вирусные элементы представлены полными вирусными геномами (провирусами), в других случаях они являются фрагментами вирусных геномов. Провирусы могут сохранять потенциальную способность вызывать инфекцию, опосредуя образование новых вирусных частиц. При удвоении клеточного генома численность таких провирусов может увеличиваться. Вирусы, не относящиеся к числу ретровирусов, редко обнаруживаются в геномах клеток зародышевой линии и обычно выявляются в виде фрагментов вирусных геномов. Фрагменты вирусных геномов не могут вызывать инфекцию, однако они часто экспрессируют РНК и белки, иногда даже клеточные рецепторы.
Cedratvirus (лат.) — род гигантских вирусов из семейства Pithoviridae, имеющий вирионы яйцевидной формы. Cedratvirus отличается от других вирусов наличием двуслойных покровов.
Замило́н — вирофаг, поражающий амёбу Acanthamoeba polyphaga. Был выделен в 2013 году в Тунисе из образца почвы вместе с вирусом Mont1. Слово «замилон» в переводе с араб. — «сосед». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) выделяет этот вирус в отдельный вид рода Sputnikvirus семейства Lavidaviridae. В 2015 году в Северной Америке был описан близкий к Замилону вирофаг, получивший название «Замилон 2».
РНК-содержащие вирусы — вирусы, геном которых представлен рибонуклеиновой кислотой. Обычно она одноцепочечная (оцРНК), но может быть и двуцепочечной (дцРНК). Наиболее серьёзными заболеваниями человека, вызываемыми РНК-вирусами, являются геморрагическая лихорадка Эбола, ТОРС, COVID-19, бешенство, простуда, грипп, гепатит C, гепатит E, лихорадка Западного Нила, полиомиелит и корь.
Riboviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, которые реплицируются с помощью РНК-зависимых РНК-полимераз и всех вирусов, кодирующих собственную РНК-зависимую ДНК-полимеразу. В состав реалма входят вирусы из нескольких групп классификации вирусов по Балтимору: группа III (дцРНК-вирусы), группа IV (+оцРНК-вирусы), группа V (-оцРНК-вирусы), группа VI и группа VII.
Duplodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, по состоянию на 2023 год включающий единственное царство Heunggongvirae. Выделение данного реалма было предложено в 2019 году.
Varidnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Общей чертой, объединяющей представителей реалма, является присутствие структурного мотива (укладки), известного как вертикальный jelly roll, в составе мажорного капсидного белка. Молекулы мажорного капсидного белка формируют псевдогексамерные капсомеры. Также вирусы из реалма Varidnaviria обладают такими белками, как минорный капсидный белок с мотивом вертикальный jelly roll, АТФазой, упаковывающей вирусный ДНК-геном в капсид, и собственной ДНК-полимеразой, реплицирующий вирусные геномы.
Anelloviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих вирусов неясного систематического положения. Представители семейства инфицируют позвоночных и имеют капсид без оболочки с икосаэдрическим типом симметрии. Геном представлен одноцепочечной молекулой ДНК отрицательной полярности длиной от 2 до 4 тысяч нуклеотидов, замкнутой в кольцо. Репликация происходит по механизму катящегося кольца с участием ДНК-полимеразы клетки-хозяина. В семейство входит примерно 200 видов вирусов.
В вирусологии реалм — это высший таксономический ранг, созданный для вирусов Международным комитетом по таксономии вирусов, который курирует работу над таксономией вирусов. Примерно соответствует рангу домена клеточных организмов. По состоянию на 2023 год признаны шесть реалмов вирусов, они объединены специфическими высококонсервативными признаками:
- Adnaviria, который содержит архейные нитчатые вирусы с геномами двухцепочечной ДНК A-формы, кодирующей уникальный альфа-спиральный главный капсидный белок;
- Duplodnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, кодирующие главный капсидный белок HK97-fold;
- Monodnaviria, который содержит все вирусы с одноцепочечной ДНК (оцДНК), кодирующие эндонуклеазу суперсемейства HUH, и её потомков;
- Riboviria, в который включены все РНК-содержащие вирусы, кодирующие РНК-зависимую РНК-полимеразу, и все вирусы, кодирующие обратную транскриптазу;
- Ribozyviria, который содержит дельта-подобные вирусы гепатита с кольцевыми геномами negative-sense ssRNA;
- Varidnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, которые кодируют основной капсидный белок с вертикальным желеобразным рулетом.
Orthornavirae — царство вирусов, геномы которых состоят из рибонуклеиновой кислоты (РНК) и кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp). RdRp используется для транскрипции генома вирусной РНК в информационную РНК (мРНК) и для репликации генома. Вирусы этого царства также имеют ряд общих характеристик, связанных с эволюцией, включая высокую скорость генетических мутаций, рекомбинаций и реассортации.
