
На́рва — река на границе Эстонии и Ленинградской области Российской Федерации. В литературе также встречаются названия Алуксе и Бек, последнее было употребимо во времена шведского владычества в XVII веке и упоминается у Олеария. На реке расположены города — российский Ивангород и эстонские Нарва и Нарва-Йыэсуу. Берега реки в настоящее время соединяют три моста. По фарватеру реки с 1991 года проходит российско-эстонская граница. Регион вдоль берегов реки носит название Принаровье.

Ло́кса — городской муниципалитет в уезде Харьюмаа, Эстония.

Казари — река на территории западной Эстонии. Впадает в залив Матсалуский залив Балтийского моря.

Кейла — река на северо-западе Эстонии, берущая начало в болоте Лоосалу, находящемся в Рапласком уезде к югу от Юуру, и впадающая в Финский залив в малом посёлке Кейла-Йоа. Длина реки — 111,8 км, площадь водосборного бассейна — 669,3 км². Кейла — самая длинная река Финского залива. Основными притоками являются Атла и Майдла.

Ха́рку — озеро в Эстонии; находится на западе Таллина, в районе Хааберсти, в 3 км от моря. Площадь озера — 1,638 км², глубина до 2,5 метра. Высота над уровнем моря — 0,9 метра.

Пра́нгли (эст. Prangli, рус. Большой Врангельсгольмъ — остров в Финском заливе. Остров входит в состав волости Виймси уезда Харьюмаа, Эстония.

Пе́дья — четвёртая по длине река Эстонии. Берёт начало с возвышенности Пандивере, местечке Симуна и впадает в реку Эмайыги. Длина реки 122 км, площадь бассейна 2710 км².

На́вести — река на юго-западе Эстонии; является наиболее полноводным и длинным притоком реки Пярну.

А́хья — река в Эстонии, является крупнейшим правым притоком реки Эмайыги. Длина реки 103,4 км, площадь бассейна 1074,3 км², высота истока 87 метров. Другое название: Ая (Aya); в верхнем течении: ручей Тиллеоя, река Тилле, в среднем течении: река Таэваскоя.

Ы́хне — река в Эстонии. 3,5 км реки протекает по территории Латвии.

Халлисте — река в юго-западной части Эстонии.

Я́нийыги — река в Эстонии. Правый приток среднего течения Ягалы. Течёт по территории уездов Ляэне-Вирумаа, Ярвамаа и Харьюмаа на севере страны.

Пю́хаярв или Пю́хаярве — озеро в юго-восточной части Эстонии, на территории волости Отепя в уезде Валгамаа. Располагается в курортной местности Пюхаярве у города Отепя к юго-западу от Тарту. Считается одним из красивейших озёр страны.

Ма́арду — озеро в Эстонии, в уезде Харьюмаа, на юге города Маарду. Озеро и жилой район в его окрестностях составляют одну из шести частей города Маарду.

Му́стйыги или Мустъйыги — река в Эстонии, правый приток среднего течения реки Гауя. Самый крупный приток Гауи на территории Эстонии.
Муллуту-Суурлахт (Mullutu-Suurlaht) — четвёртое по величине озеро в Эстонии, расположенное на острове Сааремаа, в двух километрах к западу от города Курессааре (Kuressaare). Озеро занимает площадь около 1440 га, в глубину достигает 2,1 м. По солёности озеро является солоноватым водоёмом. Муллуту-Суурлахт состоит из двух частей:
- Суурлахт — восточная часть
- Муллуту — западная часть

Ку́ллавере — река на востоке Эстонии в уезде Йыгевамаа. Одна из крупнейших рек в районе северо-западного побережья Чудского озера.

Вя́йке-Ма́арья — посёлок в волости Вяйке-Маарья уезда Ляэне-Вирумаа, Эстония. Является административным центром одноимённой волости.

О́йу — деревня в волости Вильянди уезда Вильяндимаа, Эстония.

Пе́дели, Пе́деле — река в Эстонии и Латвии.