Се́тунь — река на западе Москвы и в Московской области, правый приток реки Москвы. Общая длина — 38 км. Площадь водосборного бассейна — 190 км². Расход воды — 1,33 м³/с. Отличительной особенностью от многих других московских рек является протекание преимущественно в открытом русле и по сохранившейся долине.
Се́тунька — малая река на западе Москвы, значительный правый приток Сетуни, является вторым водотоком по длине и мощности в Солнцеве.
Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.
Хи́мка — река в Москве и Московской области, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом русле более чем на 90 %. По величине Химка является четвёртым левым притоком Москвы в черте города, уступая Яузе, Сходне и Нищенке.
Я́звенка — водоток в Москве и Московской области, правый приток Городни. На территории города протекает по границе районов Бирюлёво Восточное, Орехово-Борисово Южное и Орехово-Борисово Северное Южного административного округа. Речное русло в некоторых местах искусственно трансформировано, река частично заключена в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом течении более чем на 90%.
Ра́менка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, крупнейший правый приток Сетуни. Частично заключена в подземный коллектор. Часть долины реки от Парка 50-летия Октября до улицы Раменки и от Мичуринского проспекта до устья в 1991 году получила статус особо охраняемой природной территории и была объявлена памятником природы. На берегах реки находились деревни Раменки, Матвеевское, Гладышево и Каменная Плотина, село Воронцово, сельцо Шатилово, а также группы курганов вятичей. Вода Раменки загрязнена хлоридами и нефтепродуктами.
Напру́дная — небольшая река в Мещанском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Неглинной. С 1910 года протекает в подземном коллекторе. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, русло канализировано более чем на 90 %.
Болдов ручей — левый приток реки Сходни, его русло проходит между микрорайонами 11а и 11б Зеленограда. Длина русла 5,5 км, в пределах Зеленограда — 3,9 км. Ручей берёт начало на границе посёлка Чашниково Солнечногорского района Московской области, устье расположено в паре десятков метров юго-западнее перекрёстка Панфиловского проспекта и Филаретовской улицы. В долине Болдова ручья встречаются декоративные травы и рудеральные растения, зачастую растущие рядом со зданиями, на пустошах, в лесополосах, рядом с транспортными коммуникациями и на других вторичных местах произрастания. Орнитофауна здесь представлена такими видами, как завирушка, мухоловка-пеструшка, обыкновенная зеленушка, щегол, соловей и другие, а также обыденные для городской местности виды птиц.
Журавенка — река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. Исток расположен в районе Бирюлёво Восточное Южного административного округа Москвы, устье — в Ленинском районе Московской области на территории городского поселения Видное. Является самым крупным притоком Битцы, в бассейне Журавенки находится 8 водоёмов. Правыми притоками реки являются овраги Никольский, Суслов и Гузеев.
Крыла́тский руче́й — водоток в районе Крылатское Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки на территории ландшафтного заказника «Крылатские холмы». По степени техногенной трансформации относится к III классу — в открытом течении проходит на 10—49 %, речное русло сильно трансформировано. Река протекает в овраге Каменная Клетва, который является самой длинной и крупной по площади овражно-балочной системой «Крылатских холмов».
Румя́нцевский ручей — малая река в районе Солнцево Западного административного округа города Москвы, правый приток Сетуни.
Большой Носков ручей (Носко́вка) — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Его длина составляет 2 км, в открытом русле — 0,4 км. Площадь водосборного бассейна — 2 км². По состоянию на начало 2018 года заключен в подземный коллектор, верховья засыпаны. Название реки происходит от фамилии Носков.
Брёховский овраг — малая река в Юго-Западном административном округе Москвы, правый приток Очаковки. Название происходит от бывшей деревни Брёхово, которая располагалась на берегу ручья до начала 1970 годов. По состоянию на 2018-й верховья реки засыпаны, водоток частично проходит в подземном коллекторе. Длина Брёховского оврага с временным водотоком в верховьях составляла 1,9 км, после заключения в коллектор остался постоянный поверхностный водоток длиной 210—230 метров.
Де́вкин ручей — малая река на севере Москвы, левый приток Алтуфьевской речки в Алтуфьевском лесу. Предположительно, гидроним ручья происходит от слова «девка» (девушка) и связан с местными преданиями. Также ручей мог получить название от фамилии Девкин.
Дани́ловский ручей (Дани́ловка, Худе́ница) — малая река Южного административного округа Москвы в бывшей Даниловской слободе, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от Данилова монастыря, вдоль которого проходил водоток. Гидроним «Худеница» возник по урочищу, которое располагалось на этой территории. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Жуко́вский овраг — ручей в Можайском районе Западного административного округа Москвы, левый приток Сетуни. Своё название получил от усадьбы Жуковка. Козловским ручей назван по соседней улице Козлова. Комсомольским — в честь дирижабля «Комсомольская правда», который собирали на территории оврага в 20-30-е годы XX века.
Заха́рковский овраг — бывшая малая река в районе Южное Тушино Северо-Западного административного округа Москвы, правый приток Химки на южной границе Захарковского сада. По состоянию на начало 2018 года ручей сохранился в виде небольшого залива Химкинского водохранилища напротив Северного речного вокзала. Вдоль Химкинского бульвара заключён в подземный коллектор. Своё название получил от деревни Захарково.
Котляко́вский ручей — малая река в районе Москворечье-Сабурово Южного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Название происходит от деревни Котляково. По состоянию на начало 2018 года ручей заключён в подземный коллектор, его долина засыпана, местность застроена промышленной зоной.
Ону́чин овра́г — малая река в районе Раменки Западного административного округа Москвы, правый приток Раменки. Своё название получила от антропонима Онуча, который происходит от слова «онучи» — портянки.
Троеку́ровский руче́й — малая река в районе Очаково-Матвеевское Западного административного округа Москвы, правый приток Сетуни. Своё название получил от бывшего села Троекурово.
