Происхождение рептилий — один из важных вопросов в теории эволюции, процесс, в результате которого появились первые животные, относящиеся к классу Пресмыкающиеся.
Эдафозавры (лат. Edaphosauridae) — семейство растительноядных пеликозавров. Обитали в Северной Америке и Европе в конце каменноугольного — начале пермского периодов. Одни из первых крупных доминирующих растительноядных. Голова маленькая, зубы колышковидные, равного размера. Нёбо и внутренняя сторона нижней челюсти покрыты дополнительными зубами. Есть глубокая нижняя вырезка скуловой дуги. Возможно, имелись мягкие щёки, позволявшие удерживать пищу во рту. Конечности короткие, тело массивное, широкая грудная клетка. У всех эдафозавров был «парус», образованный остистыми отростками спинных позвонков. На отростках имелись поперечные выросты, верхушки нескольких передних отростков часто расширены. Вероятно, как и у сфенакодонтов, «парус» служил для терморегуляции, поперечные отростки могли увеличивать его площадь. Кости «паруса» были полыми. Нельзя также исключить, что у основания «паруса» могли откладываться запасы жира.
Варанопсеиды, или варанопиды — семейство хищных пеликозавров, известных из отложений с позднего карбона до средней перми. Последние из пеликозавров и единственная группа примитивных синапсид, обнаруженная в Южной Африке.
Казеиды (лат. Caseidae) — семейство растительноядных пеликозавров, существовавших в течение всего пермского периода. Появились в конце нижнепермской эпохи, дожили до середины перми.
Темноспонди́льные, или расчленённопозвонковые (лат. Temnospondyli, от др.-греч. τέμνειν — резать и σπόνδυλος — позвонок) — в высшей степени разнообразная группа вымерших животных, включающая от маленьких до гигантских примитивных земноводных. Название группы отсылает к тому, что каждый позвонок темноспондильных разделён на несколько частей.
Хаптодусы — подсемейство хищных пеликозавров семейства Sphenacodontidae. Наиболее примитивные из сфенакодонтов. Известны из позднего карбона — ранней перми Северной Америки и Европы. Животные средних размеров. Череп высокий, короткий, зубы мощные. «Паруса» нет. По образу жизни напоминали современных хищных ящериц, обитали в тропических лесах. Обычно выделяют лишь один род хаптодус (Haptodus). Тем не менее, иногда род разделяют на 4 рода (подрода):
Педе́рпес — примитивное четвероногое («земноводное») начала раннекаменноугольной эпохи. Единственное четвероногое этой эпохи, известное по достаточно полному скелету. Педерпес заполняет так называемый «провал Ромера» — промежуток примерно в 20 миллионов лет между поздним девоном и появлением настоящих четвероногих в раннем карбоне.
Капториниды (лат. Captorhinidae) — семейство примитивных пресмыкающихся верхнего палеозоя. Традиционно относились к так называемым анапсидным рептилиям, лишённым височных окон. По последним исследованиям, стоят ближе к диапсидным рептилиям, чем к другим анапсидам. С капторинидами сближают также древнейших известных амниот — семейство Protorothyrididae, самые известные представители которых: гилономус и палеотирис. По последним данным, проторотиридиды находятся в основании ствола диапсид.
Лимносце́лисы — род вымерших четвероногих из семейства лимносцелид (Limnoscelidae). Жили во времена каменноугольного — пермского периодов на территории современных США.
Мосховайтсия — род тероцефалов, живших во времена пермского периода на территории современных Владимирской и Нижегородской областей (Россия). Один из родов семейства вайтсиид (Whaitsiidae), либо единственный род в семействе мосховайтсиид (Moschowhaitsiidae). Входит в состав так называемой вязниковской фауны Восточной Европы.
Бафетиды (лат. Baphetidae) — семейство примитивных стегоцефалов, живших в каменноугольном периоде. Одни из первых ископаемых «земноводных», ставших известными науке — впервые описаны У. Даусоном в 1850 году. В то же время, это одни из самых древних последевонских стегоцефалов. Известны практически только по ископаемым черепам. Черепа обычно низкие, по структуре костей близки к примитивным темноспондилам. Желобки боковой линии обычно присутствуют. Орбита расширена вниз и вперёд, образуя подобие «замочной скважины», расширение превосходит орбиту по размерам. Есть довольно значительно развитая «ушная» вырезка. Нёбо закрытое, как у антракозавров, строение таблитчатых костей сходно с таковым у темноспондилов. Есть шов между щекой и крышей черепа, слуховая капсула доходит до таблитчатой кости. Зубы лабиринтодонтные. Развиты крупные клыки на нёбе, краевые зубы также крупные, двухрядные на нижней челюсти. Нижняя челюсть высокая, выше чем верхняя челюсть. По-видимому, рыбоядные хищники, постоянноводные. Назначение расширения глазницы неясно. Высказываются следующие предположения: в «окне» могло быть крепление мышц, какие-либо железы, электрические органы.
Диссорофиды — семейство темноспондилов позднего карбона — перми. Наиболее наземные из всех темноспондилов. Скелет массивный, тело короткое, конечности длинные, сильные. Голова огромная относительно размеров тела. Череп высокий и широкий, огромные глазницы, крупное теменное отверстие. Огромные ушные вырезки, судя по строению окружающей кости, содержали барабанную перепонку. Затылочный мыщелок парный. Челюстное сочленение на уровне затылочного. Скульптура черепа гребнистая. Края орбит и теменного отверстия окружены костными валиками, что предполагает толстую кожу. У большинства известен дермальный панцирь на спине из парных рядов костных пластин, приросших к остистым отросткам позвонков, у какопса пластины лежали в два слоя. Кожа, по-видимому, мягкая, следов чешуи не выявлено. Хвост короткий. Вероятно, прибрежные амфибиотические и полуназемные хищники. Есть свидетельства, что крупные диссорофиды могли питаться и падалью.
Офиакодонты — группа примитивных хищных пеликозавров. Древнейшие из пеликозавров, фрагментарные остатки известны уже с середины каменноугольного периода. Единственное семейство — Ophiacodontidae. Отличаются длинным, у многих — относительно высоким черепом, у поздних форм череп очень крупный относительно размеров тела. Зубы многочисленные, некрупные, «клыки» выражены слабо. Отогнутой пластинки угловой кости нет. Плечевой пояс массивный, кости запястья и плюсны слабо окостеневшие, у поздних представителей когти могли отсутствовать. Некоторые виды, вероятно, были рыбоядными водными хищниками, более примитивные представители могли охотиться на суше на крупных насекомых и мелких позвоночных.
Архерия — род антракозавров из семейства Archeriidae. Жили во времена позднего карбона — ранней перми на территории современных США.
Сеймуриаморфы (лат. Seymouriamorpha) — клада примитивных четвероногих из верхнего палеозоя, которой придают ранг от надсемейства до отряда. Потомки антракозавров, первоначально считались примитивными рептилиями, потом — амфибиями. Иногда включаются в обширную сборную группу (подкласс) парарептилий, но чаще относят к кладе рептилиоморф. По морфологии промежуточны между амфибиями и рептилиями.
Гефиростегиды (лат. Gephyrostegidae) — семейство вымерших рептилиоморф из монотипического отряда или подотряда гефиростегов (Gephyrostegida), живших во времена каменноугольного периода на территории современных Германии, Чехии и США. В отличие от других рептилиоморф, лишены зубов на поперечных отростках птеригоидов.
Соленодонзавр — род вымерших примитивных четвероногих-рептилиоморф, живших во времена верхнего каменноугольного периода на территории современной Чехии. К роду относят единственный вид — Solenodonsaurus janenschi.
Затрахидиды или затрахеиды — семейство темноспондилов из ранней перми.
Евгенеодонтообразные (лат. Eugeneodontiformes) — отряд вымерших, преимущественно верхнепалеозойских, хрящевых рыб из подкласса цельноголовых. Близки к общим предкам химер и акул, иногда считаются «настоящими» акулами и сближаются с кладоселяхиями.
Диадектоморфы (лат. Diadectomorpha) — отряд крупных рептилиоморф из карбона и нижней перми Еврамерики и верхней перми Азии, очень близкий к родоначальникам амниот. Включают крупные плотоядные и еще более крупные травоядные формы, некоторые — полуводные, другие — полностью наземные. Диадектоморфы, видимо, возникли в верхнем миссисипии, но широкое распространение получили после коллапса каменноугольных лесов и процветали во времена верхнего пенсильвания и нижней перми. Несмотря на широкое распространение и видовое разнообразие диадектоморфы не были доминантами. Часто их описывают по фрагментарным останкам. В Еврамерике полностью вымирают на границе нижней и средней перми, из средней перми Татарстана известен один образец, который, возможно, относится к диадектам. Позднейший из найденных образцов Alveusdectes fenestratus происходит из верхней перми Цзиюань (Китай).
