
Биосфе́ра — оболочка Земли, заселённая живыми организмами, находящаяся под их воздействием и занятая продуктами их жизнедеятельности, а также совокупность её свойств как планеты, где создаются условия для развития биологических систем; глобальная экосистема Земли.

Кора́лловые ри́фы — известковые органогенные геологические структуры, образованные колониальными коралловыми полипами и некоторыми видами водорослей, умеющими извлекать известь из морской воды («биогермы»). Образуются на мелководье в тропических морях. В начале 1980-х годов общая площадь коралловых рифов составляла около 600 тысяч км², к 2000 году она сократилась примерно до 250 тысяч км². Основные массивы рифов расположены в морях Юго-Восточной Азии, около 14 % в Атлантике, 17 % в Индийском океане, 18 % в Тихом и 6 % в Красном море. При глобальном потеплении на 2 °C практически все рифы будут утрачены.

Во́доросли — гетерогенная экологическая группа преимущественно фотоавтотрофных одноклеточных, колониальных или многоклеточных организмов, обитающих, как правило, в водной среде, в систематическом отношении представляющая собой совокупность многих отделов. Вступая в симбиоз с грибами, водоросли в ходе эволюции образовали совершенно новые организмы — лишайники. Наука о водорослях называется альгологией, её изучение является одним из самых важных этапов при подготовке специалистов в области марикультуры, рыбоводства и морской экологии.

Планкто́н — разнородные, в основном мелкие организмы, свободно дрейфующие в толще воды и не способные, в отличие от нектона, сопротивляться течению. Такими организмами могут быть бактерии (бактериопланктон), диатомовые и некоторые другие водоросли (фитопланктон), простейшие, некоторые кишечнополостные, моллюски, ракообразные, икринки и мальки рыб, личинки различных беспозвоночных животных (зоопланктон). Планктон непосредственно или через промежуточные звенья пищевой цепи является пищей для большинства остальных водных животных.

Пруд, или ставо́к — искусственный водоём для хранения воды с целью водоснабжения, орошения, разведения рыбы и водоплавающей птицы, а также для санитарных, противопожарных и спортивных потребностей. В российском законодательстве прудами считаются искусственные водоёмы площадью не более 1 км².

Фотоси́нтез — сложный химический процесс преобразования энергии видимого света в энергию химических связей органических веществ при участии фотосинтетических пигментов.

Эвтрофикация — насыщение водоёмов биогенными элементами, сопровождающееся ростом биологической продуктивности водных бассейнов. Эвтрофикация может быть результатом как естественных изменений в водоёме, так и антропогенных воздействий. Основные химические элементы, способствующие эвтрофикации, — фосфор и азот. В некоторых случаях используется термин «гипертрофизация».

Лимноло́гия или озерове́дение — раздел гидрологии, наука о физических, химических и биологических аспектах озёр и других пресных водоёмов, в том числе и водохранилищ. Лимнология, например, изучает пигментацию воды, биологическое разнообразие представленных видов, изменение химического состава воды. Начало лимнологии положил Франсуа-Альфонс Форель своими исследованиями Женевского озера.

Литора́ль в океанологии, литора́льная зона или прили́вно-отли́вная зо́на — участок берега, который затопляется морской водой во время прилива и осушается во время отлива. Располагается между самым высоким уровнем воды в прилив и самым низким в отлив.
Батиаль, батиальная зона — экологическая глубоководная зона дна Мирового океана, расположенная между прибрежной сублиторалью и абиссалью — глубоководной зоной ложа океана. Находится главным образом в пределах материкового склона и в свою очередь принадлежит к афотической зоне океана.

Фототрофы — это организмы, которые используют свет для получения энергии. Они используют энергию света для поддержания различных метаболических процессов. Существует распространенное заблуждение, что фототрофы должны обязательно фотосинтезировать. Многие, хотя далеко не все, действительно фотосинтезируют: они используют энергию света, чтобы преобразовывать углекислый газ в органический материал, который служит для построения их тела, или в качестве источника для последующих катаболических процессов. Однако некоторые фототрофы не фотосинтезируют и потребляют исключительно готовые органические вещества. Все фототрофы используют либо электрон-транспортную цепь, либо прямой перенос протонов через мембрану, как это делают галобактерии, чтобы создать электрохимический градиент, который используется АТФ-синтазой для синтеза АТФ.

Определение жизнепригодности системы красного карлика помогает в поиске внеземной жизни, так как красные карлики составляют большинство звёзд Галактики. В то время как относительно малое количество излучаемой энергии, небольшой размер и близость к звезде обитаемой зоны, и следовательно высокая вероятность попадания планеты в приливный захват даже в обитаемой зоне, и высокая изменчивость звезды являются значительными препятствиями для возникновения и поддержания жизни, однако распространённость и долговечность красных карликов являются положительными факторами.

Афотическая зона — глубинная водная толща водоёма, характеризующаяся полным отсутствием солнечного света и практически полным отсутствием фотосинтеза. Одна из трёх экологических зон, выделяемых в водоёмах зависимости от степени освещённости солнечным светом и наличия фотосинтеза. Нередко эту зону также называют «ночной зоной». Характерна для открытого океана, но может присутствовать и в глубоководных континентальных водоёмах, например в озере Байкал.

Эвфотическая зона, или фотическая зона, — освещаемая солнцем верхняя толща воды водоёма, в которой, благодаря фотосинтетической жизнедеятельности фитопланктона и высших растений происходит фотосинтез. Одна из трёх экологических зон, выделяемых в водоёмах в зависимости от степени освещённости солнечным светом и наличия фотосинтеза. Нижняя граница эвфотической зоны проходит на глубине, на которую проникает 0,1-1 % солнечного света, и где освещённость составляет 400 лк. Подстилает эвфотическую зону средняя по толщине промежуточная дисфотическая зона, за которой следует самая большая афотическая зона.
Сублитораль, или эпибенталь, — прибрежная экологическая зона дна Мирового океана, лежащая в границах материкового шельфа между линией наибольшего сизигийного отлива и внешней границей шельфа. Термин «сублитораль» образован двумя латинскими словами — приставкой sub- — под- и словом litoralis — береговой.
Водная экосистема — экосистема в водной среде. В водных экосистемах обитают скопления организмов, зависящих друг от друга и от их среды обитания. Водные экосистемы делятся на два основных типа — морские и пресноводные экосистемы.
Экосистема озера включает биотические (живые) растения, животных и микроорганизмы, а также абиотические (неживые) физические и химические взаимодействия.

Речная экосистема — экосистема, работающая в природной среде и включающая в себя биотические взаимодействия среди растений, животных и микроорганизмов, а также абиотические физические и химические взаимодействия.

Пелагические рыбы — рыбы, обитающие в пелагической зоне океанов или озёр, в отличие от донных, которые живут на дне или у дна, и рифовых, связанных с прибрежной зоной.

Глубоководные рыбы — рыбы, которые населяют склон и ложе океана, а также толщу воды от нижней границы эпипелагиали до абиссали. Количество видов глубоководных рыб достигает 2000, на глубине свыше 6000 м обитает не более 10—15 видов. По типу питания глубоководные рыбы делятся на планктонофагов, бентофагов и хищников. Кроме того, их можно в целом разделить на 2 группы: истинно глубоководных, имеющих специфические органы и шельфоглубоководных, не имеющих подобных адаптаций и населяющих материковый склон. Наибольшее биоразнообразие наблюдается у рыб, обитающих в верхних слоях батиали. В крупных озёрах, за исключением Байкала, глубоководные рыбы отсутствуют.