
Индейские языки Южной Америки отличаются необыкновенной генетической дробностью, сравнимой только с папуасскими языками. Согласно наиболее авторитетной классификации Кауфмана (1994) и Кэмпбелла (1997) выделяются следующие семьи, изоляты и неклассифицированные языки, распределённые по предложенным Кауфманом геолингвистическим областям.
Юракаре — генетически изолированный язык боливийских индейцев-юракаре.
Араванские языки — семья южноамериканских индейских языков, распространённых на западе Бразилии и в Перу. Насчитывает, по разным подсчётам, от 6 до 10 языков. Иногда включается в состав гипотетической макро-аравакской семьи.
Чокоа́нские языки — небольшая семья южноамериканских индейских языков, распространённых в Колумбии и Панаме. Общее число говорящих ок. 66 тыс. чел..
Барбакоа́нские языки — небольшая семья южноамериканских индейских языков, распространённых в Колумбии и Эквадоре. Общее число говорящих ок. 30 тыс. чел..
Пано-таканские языки, или языки пано-такана — семья индейских языков Южной Америки. Распространена в Перу, западной Бразилии, Боливии и на севере Парагвая.
Яномамские языки — небольшая языковая семья, распространённая на северо-западе Бразилии и на юге Венесуэлы. Носители — народы яномамо.
Сапарские языки — малочисленная семья южноамериканских языков, распространённых в Перу и Эквадоре. Общее число носителей — менее 700 человек.
Терренс Кауфман, англ. Terrence Kaufman — американский лингвист, специализировавшийся в бесписьменных языках, языковых контактах и индейских языках. Профессор антропологии в Питсбургском университете.

Хивар(оан)ские языки, или языки хиваро (хибаро), — небольшая языковая семья, распространённая на севере Перу и востоке Эквадора.
Язык юкуде или маку — вымерший изолированный язык, распространённый на границе Венесуэлы и Бразилии в регионе Рораима вдоль реки Урарикоэра. Ранее носители обитали в районе между реками Падамо и Кунукунума.

Макуанские языки, надахупские языки, или языки маку — малочисленная семья индейских языков, распространённая в Бразилии, Колумбии и Венесуэле. Название Makú — уничижительное, на языке лингва-жерал означает «раб, низкий человек».

Языки аймара или языки хаки — наряду с языками кечуа, одна из двух доминирующих языковых семей в Андах.
Шипибо-конибо — один из наиболее распространённых паноанских языков. Количество носителей приблизительно 8000 человек из 26 000 членов союза племён шипибо-конибо. В шипибо выделяют 4 наречия:
- конибо
- шитибо (шетебо) с диалектами сетебо, сетибо, шитибо и маноита
- малибо (писквибо)
- шипибо

Андоке — один из индейских языков Колумбии. Распространён на юге страны, в штате Амасонас. Число носителей разнится от источника к источнику, по данным справочника Ethnologue, оно составляет около 370 человек, 50 из которых — монолингвы. Данные переписи 2000 года сообщают о 610 носителях. Более 80 % свободно владеют испанским.
Язык ваорани — изолированный язык, на котором говорят представители народности ваорани, живущие в амазонской сельве в междуречье Напо и Курарая. Незначительное число говорящих, возможно, проживает в Перу.

Паноанские языки — языковая семья, на языках которой разговаривают в Перу, западной Бразилии и северной Боливии. Оно является ветвью более крупной пано-таканской надсемьи.
Кашибо — язык, на котором говорит народ кашибо на реках Агуайтия, Сан-Алехандро, Сунгаро в Перу. Относится к паноанской языковой семье. Делится на марискальский, синчи-роканский и кашибо диалекты. Кашибо является официально признанным языком.

Эмбера́ — диалектный континуум, на котором говорят 100 000 человек народа эмбера на северо-западе Колумбии и юго-востоке Панамы.

Кечумара́ — гипотетическая южноамериканская языковая макросемья, объединяющая языки аймара и кечуанские языки. Предложена американским лингвистом Терренсом Кауфманом, его соавтор Лайл Кэмпбелл поддерживает гипотезу, хотя считает её ещё недостаточно доказанной. Против гипотезы выступает специалист по языкам кечуа Виллем Аделаар, который считает сходство языков результатом взаимных заимствований в результате долгого контакта.