Аэро́бы — организмы, которые нуждаются в свободном молекулярном кислороде для процессов синтеза энергии, в отличие от анаэробов. К аэробам относятся подавляющее большинство животных, все растения, а также значительная часть микроорганизмов.
Анаэробы — организмы, получающие энергию при отсутствии доступа кислорода путём субстратного фосфорилирования, конечные продукты неполного окисления субстрата при этом могут быть окислены с получением большего количества энергии в виде АТФ.
Анаэробное дыхание — это биохимический процесс окисления органических субстратов или молекулярного водорода с использованием в дыхательной ЭТЦ в качестве конечного акцептора электронов вместо O2 других окислителей неорганической или органической природы. Как и в случае аэробного дыхания, выделяющаяся в ходе реакции свободная энергия запасается в виде трансмембранного протонного потенциала, использующегося АТФ-синтазой для синтеза АТФ.
В бактериологии грамположительные бактерии — это бактерии, которые дают положительный результат в тесте на окрашивание по Граму, который традиционно используется для быстрой классификации бактерий на две широкие категории в соответствии с их типом клеточной стенки. Исключением является тип Deinococcus-Thermus.
Факультативные анаэробы — организмы, энергетические циклы которых при отсутствии кислорода проходят по анаэробному пути (брожение), а при наличии кислорода способные получать энергию за счёт дыхания. Примерами таких организмов этой группы являются энтеробактерии. Около 80—90 % бактерий, развивающихся в приливно-отливной зоне эстуариев относят к факультативных аэробам.
Стафилоко́кки — род бактерий семейства Staphylococcaceae.
Синегно́йная па́лочка — вид грамотрицательных аэробных подвижных палочковидных бактерий. Обитает в воде, почве, условно патогенна для человека, возбудитель внутрибольничных инфекций у человека. Лечение затруднительно ввиду высокой устойчивости к антибиотикам.
Протеобактерии — наиболее многочисленная группа бактерий — 1534 вида или примерно треть от всех известных видов бактерий.
Chloroflexus aurantiacus (лат.) — вид экстремально-термофильных фотосинтетических бактерий рода Chloroflexus, принадлежит к так называемым зелёным несерным бактериям. Обитает в горячих источниках. Впервые описана Б. К. Пирсон и Р. У. Кастенхольцем в 1974 году.
Клиндамици́н — полусинтетический антибиотик группы линкозамидов, аналог линкомицина, практически вытеснивший его в большинстве стран благодаря улучшенному фармакологическому профилю. Обладает достаточно узким спектром антимикробной активности: в основном эффективен против неспорообразующих анаэробов и грамположительных кокков, а также умеренно активен в отношении некоторых протозойных инфекций. Может применяться как системно, так и местно.
Ацидофилы — тип экстремофилов, организмы, обитающие в условиях высокой кислотности. Некоторые жгутиковые и коловратки могут развиваться в массовых количествах в сфагновых болотах при рН воды до 3,8 и при этом не встречаются в нейтральных и щелочных водоёмах. Типичными ацидофилами являются десмидиевые водоросли, обитающие преимущественно в болотах.
Облига́тные (стро́гие) анаэро́бы — организмы, живущие и растущие только при отсутствии молекулярного кислорода в среде, он для них губителен.
Gardnerella vaginalis (лат.), рус. Гарднерелла вагиналис, прежнее название Haemophilus vaginalis — вид грамвариабельных бактерий из рода гарднерелл (Gardnerella) семейства Bifidobacteriaceae.
Аэротаксис — это движение микроорганизмов, одноклеточных, подвижных клеток многоклеточных организмов к источнику раздражения или от него. Источником раздражения в данном случае является кислород. Аэротаксис является частным случаем хемотаксиса.
Облига́тные аэро́бы, или аэрофи́лы, — аэробные организмы, нуждающиеся в кислороде для дыхания. Помимо клеточного дыхания, эти организмы используют кислород для окисления органических соединений, например, сахаров и жиров, с целью получения энергии. В процессе дыхания кислород используется или конечный акцептор электронов.
Микробиота кишечника — микроорганизмы, которые живут в желудочно-кишечном тракте в симбиозе с носителем.
Тенерикуты — тип чрезвычайно маленьких бактерий, который содержит один общепризнанный класс — Mollicutes (микоплазмы). От других бактерий его представители отличаются отсутствием клеточной стенки, в связи с чем при окрашивании по Граму они проявляют себя как грамотрицательные бактерии. От внешней среды они отделены только клеточной мембраной. Другой их особенностью является ярко выраженный полиморфизм.
Clostridia — класс бактерий из типа фирмикутов, облигатные анаэробы, преимущественно грамположительные спорообразующие бактерии.
Нанаэробы — организмы, которые не способны расти в присутствии микромолярных концентраций кислорода, однако могут расти и извлекать выгоду при наличии еще более низких наномолярных концентраций кислорода. Как и другие анаэробы, нанаэробы не нуждаются в кислороде для роста, т.е. нанаэробы являются факультативными анаэробами. Преимущество роста при наличии следовых количеств кислорода требует наличия особой кислородной дыхательной цепи, которая как правило характерна для микроорганизмов с микроаэрофильным дыханием. Недавние исследования показывают, что дыхание в сверхнизких концентрациях кислорода является очень древним процессом, который предшествовал возникновению кислородного фотосинтеза.
Колонна Виноградского — это простое устройство для разведения различных микроорганизмов. Изобретённое в 1880-х годах Сергеем Николаевичем Виноградским, устройство представляет собой стеклянную колонну со смесью ила и воды, смешанной с источниками углерода, такими как газеты или яичная скорлупа и источников серы, таких как гипс или яичный желток. Инкубация колонны под солнечным светом в течение нескольких месяцев приводит к аэробному/анаэробному градиенту, а также градиенту сульфида. Эти два градиента способствуют росту различных микроорганизмов, таких бактерий как Клостридия, Десульфовибрио, Хлоробиум, Хроматиум, Пурпурная бактерия и Beggiatoa, а также множество других видов бактерий, цианобактерий и водорослей.
