Каменка — посёлок в Ступинском районе Московской области России. Входит в состав Аксиньинского сельского поселения.
Медведево — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Леонтьевского сельского поселения. В деревне на 2015 год 2 улицы: Охотничья и Охотничий тупик.
Лапино — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Семёновского сельского поселения. На 2016 год в Лапино 3 улицы. Впервые в исторических документах селение упоминается в 1709 году, в 1896 году в деревне был сооружён кирпичный часовенный столб, до наших дней не сохранившийся.
Хочёма — деревня в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Хочёме две улицы — Шатровая и Красногорская, а также одно садоводческое товарищество. Впервые в исторических документах упоминается в 1577 году, как сельцо Хочемы на речке Хочеме.
Кабужское — деревня в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Кабужском одна улица — Соколиная. Впервые в исторических документах упоминается в 1577 году.
Каменка — село в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Каменке три улицы и одно садоводческое товарищество. Село связано автобусным сообщением с райцентром Ступино.
Кондрево — село в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Кондреве две улицы и два переулка. Село связано автобусным сообщением с соседними населёнными пунктами. Впервые в исторических документах упоминается в 1577 году как Кондырева. В селе в конце XVIII века была построена церковь Воскресения Словущего с Тихвинским и Корсунским приделами, уничтоженная в середине XX века.
Ольхово — деревня в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Ольхове одна улица — Раздольная и три садоводческих товарищества.
Сенькино — деревня в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Ступино. На 2016 год в Сенькине одна улица — Комаревская и переулок Хочёмка. В начале XIX века в тогда ещё сельце Сенькино располагалась имение декабриста Михаила Лунина.
Савино — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Ступино. На 2016 год в Савино 1 улица — Жилевская и 5 садовых товарищества, деревня связана автобусным сообщением со Ступино и соседними населёнными пунктами.

Березнецово — село в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год в Березнецово 8 улиц, 1 переулок и 1 проезд. Село связано автобусным сообщением с посёлками Малино, Михнево и соседними населёнными пунктами. Впервые в исторических документах упоминается в 1577 году, как сельцо Борзецово. Название Березнецово — с 1960-х годов. В селе с 1696 года существовала каменная церковь Рождества Христова, вновь построенная из кирпича в русском стиле в 1860—1887 годах. В настоящее время заброшена, в аварийном состоянии.
Глебово — деревня в Ступинском районе Московской области в составе городского поселения Малино. В Глебово 3 улицы — Красная, Родниковая и Центральная. В 1902 году в деревне была построена деревянная часовня, приписанная к церкви в Хонятино, до наших дней не сохранившаяся.
Девяткино — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год в Девяткино 6 улиц. До 2002 года Девяткино называлось деревней отделения совхоза 9-го Профсъезда.
Кошелевка — село в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино.
Николо-Тители — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год Николо-Тители, фактически, дачный посёлок: при 4 жителях в деревне 3 улицы, переулок и 20 садовых товариществ.
Пестриково — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год в Пестриково 1 улица — Зелёная, впервые в исторических документах деревня упоминается в XVI веке.

Хонятино — село в Ступинском районе Московской области России в составе городского поселения Малино.

Четряково — село в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год Четряково, фактически, дачный посёлок — при 7 жителях в деревне 2 улицы — Церковная и Центральная и 5 садовых товариществ.
Щапово — деревня в Ступинском районе Московской области в составе Городского поселения Малино. На 2016 год в Щапово 3 улицы — Московская, Нефедьевская и Харинская. Щапово связано автобусным сообщением с соседними населёнными пунктами и Москвой.
Березнецовский сельский округ — упразднённая административно-территориальная единица, существовавшая на территории Ступинского района Московской области в 1994—2006 годах.