Проти́сты — парафилетическая группа, к которой относят все эукариотические организмы, не входящие в состав животных, грибов и растений. Название введено Эрнстом Геккелем в 1866 году, однако в современном понимании его впервые использовал в 1969 году Роберт Уиттекер, автор «системы пяти царств». Традиционно протистов подразделяют на простейших (Protozoa), водоросли (Algae) и грибоподобные организмы; все эти группы имеют полифилетическую природу и не используются в качестве таксонов.
Эвгленовые — класс протистов, объединяющий около 1000 одноклеточных, реже колониальных видов. Эвгленовые обитают в пресных водоёмах по всему миру. Небольшое число представителей приурочены исключительно к солоноватым и морским водам — роды Eutreptia, Eutreptiella, Klebsina, отдельные виды других родов, где они встречаются в планктоне, зарослях прибрежных водорослей и интерстициали песчаных пляжей.
Са́ркома́стигофо́ры, или Саркожгутиконосцы — от греч. sarcodes — мясистый — полифилетическая группа в некоторых старых системах рассматривалась в качестве типа свободноживущих и паразитических простейших, которые передвигаются с помощью особых вре́менных выростов цитоплазмы (псевдоподий) или бичевидных выростов (жгутиков). Насчитывают около 18000 видов.
Трипаносомы — род паразитических одноклеточных организмов из семейства трипаносоматид, которые паразитируют на различных хозяевах и вызывают многие заболевания как у людей, так и у животных. Естественным резервуаром трипаносом в основном являются млекопитающие, переносчиком — насекомые. Муха цеце является переносчиком Trypanosoma brucei — возбудителя сонной болезни. Триатомовые клопы являются переносчиками Trypanosoma cruzi — возбудителя болезни Шагаса.
Лейшма́нии — род паразитических протистов, вызывающих лейшманиозы. Переносчиками лейшманий являются москиты из рода Phlebotomus в Старом Свете, и из рода Lutzomyia в Новом Свете. Естественным резервуаром разных видов служат позвоночные животные, относящиеся к шести отрядам млекопитающих и ящерицам; впрочем, на основании изоферментного анализа паразитов ящериц было предложено выделить в отдельный род отряда трипаносоматид — Sauroleishmania. Лейшмании в основном поражают грызунов, собак и людей, но также отмечены случаи поражения у даманов, кошек и лошадей. В Новом Свете инфекция встречается у опоссумов, ленивцев и броненосцев; зарегистрированы случаи лейшманиоза у кенгуру в. По оценкам ВОЗ от начала 1990-х, лейшманиозами больны около 12 миллионов человек в 88 странах.
Myxozoa (лат.) — класс или подтип паразитических беспозвоночных из типа стрекающих (Cnidaria). В качестве хозяев представителей выступают морские и пресноводные рыбы и малощетинковые черви; один вид — Buddenbrockia plumatellae — паразитирует на пресноводных мшанках из класса Phylactolaemata. Многие виды паразитируют в промысловых рыбах и могут наносить серьёзный урон хозяйству. Известно около 1200 представителей.
Солнечники — группа протистов, которой долгое время придавали статус таксона, однако позднее с помощью электронной микроскопии и молекулярной филогенетики было показано, что такие организмы возникали в эволюции эукариот многократно. Характерной чертой солнечников является наличие лучевидных псевдоподий — аксоподий. Благодаря аксоподиям клетка имеет очертания, напоминающие солнечный диск с лучами, что и отражено в названии. Аксоподии служат солнечникам для питания, а часто и для передвижения. В отличие от радиолярий — другой группы протистов с аксоподиями, солнечники никогда не имеют внутриклеточного минерального скелета и центральной капсулы
Трипаносомати́ды (лат. Trypanosomatidae) — семейство одноклеточных протистов из монотипического отряда Trypanosomatida класса кинетопластид, несущих единственный жгутик. Все представители семейства являются паразитами, в первую очередь — паразитами насекомых. Цикл жизни некоторых родов включает вторичного хозяина — растение или позвоночное животное. Несколько видов — возбудители болезней человека.
Жгутиковые — жизненная форма протистов. Используют жгутики для локомоции или создания токов воды, приносящих пищу. Среди жгутиконосцев много как свободноживущих форм, так и паразитов и симбионтов животных. Среди них есть одноклеточные моноэнергидные и полиэнергидные формы, а также колониальные и многоклеточные (Volvox) формы. В целом для жгутиконосцев характерна тенденция к мелким размерам клеток и осмотрофному питанию, хотя среди них встречаются также очень крупные фаготрофные формы.
Апикомпле́ксы (лат. Apicomplexa), или споровики́ (лат. Sporozoa), — тип простейших из группы альвеолят. Все представители типа являются облигатными паразитами позвоночных и беспозвоночных животных. Общность плана строения апикомплекс наиболее отчётливо проявляется на стадии зоита и выражается в наличии специфического комплекса органелл — апикального комплекса. Покровы представлены характерной для альвеолят пелликулой. В жизненном цикле большинства представителей типа обнаружен половой процесс. У многих апикомплекс по крайней мере часть жизненного цикла проходит внутри клеток хозяев.
Микроспори́дии — клада родственных грибам простейших, все представители которой являются облигатными внутриклеточными паразитами эукариотических организмов. Описано около 1300 видов в 160 родах, что является малой частью реального разнообразия данной группы, так как огромное количество потенциальных хозяев не было исследовано на предмет заражения микроспоридиями. Данные патогены широко распространены среди животных практически всех систематических групп, от простейших до высших позвоночных, включая человека. Наиболее многочисленны и разнообразны микроспоридии ракообразных и насекомых.
Bodo (лат.) — род протистов из класса кинетопластид (Kinetoplastea). В отличие от большинства остальных представителей этой группы ведут свободный образ жизни, населяя водоёмы. Насчитывают около 20 видов.
Phytomyxea (лат.) — класс протистов из группы ризарий, все представители — облигатные внутриклеточные паразиты. В качестве хозяев разных видов выступают высшие растения, бурые и диатомовые водоросли, а также оомицеты. Насчитывают около 40 видов, подразделяемых на два отряда — Plasmodiophorida и Phagomyxida. Ранее в Phytomyxea также включали род Haptoglossa, представители которого паразитируют на почвенных нематодах и коловратках, однако позднее была доказана их принадлежность к оомицетам.
Известко́вые гу́бки (лат. Calcarea) — класс беспозвоночных из типа губок (Porifera). По состоянию на 2015 год описано около 680 видов, объединённых в 77 родов, 24 семейства и 5 отрядов. В составе класса выделяют два монофилетических подкласса: Calcinea и Calcaronea.
Опали́ны (лат. Opalinea) — класс эукариотических одноклеточных организмов, имеющих крупные клетки, множество жгутиков и от 2 до нескольких сотен ядер. Включает 4 рода: Opalina, Cepedea, Protoopalina, Zelleriella и Protozelleriella. Опалины обитают исключительно в кишечнике земноводных и некоторых других животных.
Ихтиоспориды, или мезомицетозои, — класс родственных животным протистов из клады заднежгутиковых. Описано более 40 видов, все они находятся в симбиотических отношениях с животными.
Криптомице́ты, или розелли́ды, — тип родственных грибам протистов из группы опистоконт. Все представители — облигатные внутриклеточные паразиты или паразитоиды эукариотических организмов. По состоянию на 2015 год таксон включает 3 описанных рода: Rozella, Paramicrosporidium и Nucleophaga. Кроме того к криптомицетам относят большое количество последовательностей генов рибосомальных РНК, полученных с помощью методов метагеномики.
Катаблефари́ды — отряд родственных криптомонадам гетеротрофных протистов. Встречаются морские и пресноводные формы. По состоянию на 2015 год описаны 10 видов в составе 5 родов.
Парабаза́лии — группа гетеротрофных протистов из крупной клады Excavata, которой разные систематики присваивают ранг от класса до типа включительно. Характеризуются наличием особой структуры — парабазального аппарата, представленного аппаратом Гольджи, ассоциированным с поперечно исчерченными филаментами. Все представители, за редким исключением, имеют от 4 до десятков тысяч жгутиков. Помимо этого, для организмов данной группы характерно наличие в клетке мощного цитоскелетного образования — аксостиля, а также редукция митохондрий до специализированных органелл — гидрогеносом. Тип деления ядра — закрытый внеядерный плевромитоз.
Calcaronea (лат.) — подкласс известковых губок, содержащий три отряда и 14 семейств. Исключительно морские обитатели. Известны с кембрийского периода — первые ископаемые остатки найдены в слоях, датированных 516 млн лет назад.
