
Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.

Городня́ — река на юге Москвы, второй по длине и расходу воды правый приток Москвы-реки в черте города. Образует Царицынские, Борисовские и ряд более мелких прудов.

Конько́вский руче́й — малая река на юге Москвы, на территории района Коньково и Битцевского леса Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Частично протекает в подземном коллекторе.
Ольша́нка — ручей в районах Лианозово и Бибирево Северно-Восточного административного округа Москвы, правый приток Чермянки. Водоток практически на всём протяжении заключён в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации река относится к III классу — в открытом течении проходит на 10—49%, русло сильно трансформировано.

Ра́менка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, крупнейший правый приток Сетуни. Частично заключена в подземный коллектор. Часть долины реки от Парка 50-летия Октября до улицы Раменки и от Мичуринского проспекта до устья в 1991 году получила статус особо охраняемой природной территории и была объявлена памятником природы. На берегах реки находились деревни Раменки, Матвеевское, Гладышево и Каменная Плотина, село Воронцово, сельцо Шатилово, а также группы курганов вятичей. Вода Раменки загрязнена хлоридами и нефтепродуктами.

Чёрный ручей — малая река в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы, левый приток Серебрянки. Водоток трансформирован и частично убран в подземный коллектор. Название ручья связано с характером воды — грязной, тёмной от торфа.

Чечёра — малая река на юге Москвы, в районе Южное Бутово Юго-Западного административного округа и поселении Воскресенское Новомосковского административного округа, левый приток реки Цыганки.

Андре́евские зара́зы — правый приток Москвы-реки, расположенный на территории Нескучного сада в 380 м ниже по течению от Андреевского монастыря.

Верхний Коломенский пруд — один из двух прудов по левому берегу Коломенского ручья в низовьях Голосова оврага, на территории музея-заповедника Коломенское, район Нагатинский затон, ЮАО, город Москва.

Нижний Коломенский пруд — один из двух прудов по левому берегу Коломенского ручья в низовьях Голосова оврага, на территории музея-заповедника Коломенское, район Нагатинский затон, ЮАО, город Москва.

Алту́фьевская речка (Самотёка) — водоток в северной части Москвы, правый приток реки Чермянки. Длина примерно 5 км. Берёт начало из пруда рядом с селом Алтуфьево, проходит практически сразу же под Алтуфьевским шоссе и вдоль Алтуфьевского кладбища, затем вдоль северной границы Алтуфьевского лесопарка, ниже Мелиховской улицы заключена в бетонную конструкцию.

Грачёвка — река в России, в городском округе Химки Московской области и Москве, правый приток Химки. Частично протекает в открытом русле. Длина около 6 км. Нижние 1,7 км затоплены Химкинским водохранилищем, образуя Бутаковский залив. На территории Москвы 1,3 км.
Тепляко́вский овра́г — ручей на юге Москвы, в районе Чертаново Южное Южного административного округа, правый приток Городни. Частично протекает в подземном коллекторе. Поверхностный водоток сохранился в приустьевом участке на протяжении 500 метров, в верхнем и среднем течении засыпан.
Богоя́вленский руче́й — малая река в районе Марфино Северо-восточного административного округа Москвы, нижний правый приток реки Лихоборки. Заключён в подземный коллектор диаметром 1,5 метра.
Колоту́шкин овраг — малая река в районе Нагатинский Затон Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от дома Колотушкиных в деревне Дьяково. Второй гидроним образован от антропонима «Петруха».
Комаро́вская речка — малая река на юге Москвы, в районах Ясенево и Северное Бутово Юго-Западного административного округа, левый приток реки Битцы.
Лео́новский ручей — малая река в районах Свиблово и Ростокино Северо-Восточного административного округа Москвы, левый приток Яузы. Длина реки составляет 2,6 км. Первый гидроним произошёл от села и усадьбы Леоново, второй — от урочища Высково. Леоновским ручьём ошибочно называли реку Будайку и слив с Капустянского пруда. По состоянию на начало 2018 года почти целиком заключён в подземный коллектор.
Малый Носков ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Большого Носкова ручья. Своё название получил от гидронима принимающей реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.

Ю́жный Октя́брьский руче́й — малая река в районе Хорошёво-Мнёвники Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки.
Садно́вский овра́г — малая река на юге Москвы, в районе Северное Бутово Юго-Западного административного округа, правый приток Битцы.