Жа́бенка — река в Тимирязевском районе Северного административного округа Москвы, правый приток Лихоборки. Своё название получила от слова «жаба». Речное русло частично заключено в подземный коллектор. Вода Жабенки загрязнена нефтепродуктами и солями тяжёлых металлов. Левым притоком реки является Коптевский ручей, правым — Фермерский ручей.
Конько́вский руче́й — малая река на юге Москвы, на территории района Коньково и Битцевского леса Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Частично протекает в подземном коллекторе.
Чёрный ручей — малая река в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы, левый приток Серебрянки. Водоток трансформирован и частично убран в подземный коллектор. Название ручья связано с характером воды — грязной, тёмной от торфа.
Золото́й Рожо́к — малая река в районе Лефортово Юго-Восточного административного округа города Москвы, левый приток Яузы. С 1935 года протекает в подземном коллекторе. На правом берегу ручья расположена усадьба Строгановых. От гидронима ручья произошли названия: Золоторожская набережная, Золоторожская улица, Золоторожский Вал, Верхний Золоторожский переулок, Средний Золоторожский переулок и Золоторожский проезд.
Большой Садо́вый пруд (Академи́ческий) — один из крупнейших водоёмов Москвы, площадью 19 га. Расположен в Тимирязевском районе Северного административного округа, между Большой академической улицей и парком Сельскохозяйственной академии имени К. А. Тимирязева.
Са́ра — ручей в Таганском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, река канализирована более чем на 90%. Ручей с 1912 года протекает в подземном коллекторе.
Нижний Богоро́дский ручей — малая река в районе Богородское Восточного административного округа города Москвы, левый приток реки Яузы. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Длина реки с временным водотоком в верховьях составляет 1,7 км, площадь водосборного бассейна — 1,5 км².
Буты́рский ручей — малая река в Северо-Восточном административном округе Москвы, верхний правый приток реки Неглинной. Своё название получил от одноимённой территории. Длина ручья составляла не более одного километра. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор, его верховья полностью засыпаны.
Е́льницкий руче́й — ручей в Восточном административном округе Москвы, правый приток реки Сосенки. Своё название получил в конце XX века по бывшей Ельницкой пустоши. По состоянию на начало 2018 года нижняя часть русла заключена в подземный коллектор.
Дани́ловский ручей (Дани́ловка, Худе́ница) — малая река Южного административного округа Москвы в бывшей Даниловской слободе, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от Данилова монастыря, вдоль которого проходил водоток. Гидроним «Худеница» возник по урочищу, которое располагалось на этой территории. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Завья́ловский ручей — малая река Южного административного округа Москвы, левый приток Битцы. Внутри МКАД заключён в подземный коллектор. Ниже кольцевой автодороги проходит в открытом русле к востоку от Курской железной дороги. Название ручья происходит от фамилии Завьялов.
Заха́рковский овраг — бывшая малая река в районе Южное Тушино Северо-Западного административного округа Москвы, правый приток Химки на южной границе Захарковского сада. По состоянию на начало 2018 года ручей сохранился в виде небольшого залива Химкинского водохранилища напротив Северного речного вокзала. Вдоль Химкинского бульвара заключён в подземный коллектор. Своё название получил от деревни Захарково.
Котляко́вский ручей — малая река в районе Москворечье-Сабурово Южного административного округа Москвы, левый приток Чертановки. Название происходит от деревни Котляково. По состоянию на начало 2018 года ручей заключён в подземный коллектор, его долина засыпана, местность застроена промышленной зоной.
Лео́новский ручей — малая река в районах Свиблово и Ростокино Северо-Восточного административного округа Москвы, левый приток Яузы. Длина реки составляет 2,6 км. Первый гидроним произошёл от села и усадьбы Леоново, второй — от урочища Высково. Леоновским ручьём ошибочно называли реку Будайку и слив с Капустянского пруда. По состоянию на начало 2018 года почти целиком заключён в подземный коллектор.
Малый Носков ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Большого Носкова ручья. Своё название получил от гидронима принимающей реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Сре́дний ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, верхний левый приток Плинтовки. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Название отражает положение реки по отношению к Лесному ручью — второму притоку Плинтовки.
Плинто́вка — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Своё название получила от географического термина «плинтовка», который означает «участок пахотной земли на болоте». Речное русло заключено в подземный коллектор. По сообщению диггеров, вода Плинтовки сильно загрязнена нефтепродуктами. Питание реки осуществляется за счёт её притоков — Лесного и Среднего ручьёв.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
Ю́жный Октя́брьский руче́й — малая река в районе Хорошёво-Мнёвники Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки.
Хохло́вка — малая река в Нижегородском районе Юго-Восточного административного округа Москвы, правый приток Нищенки. Своё название получила от деревни Хохловки и исторической местности Калитники. По состоянию на начало 2018 года речное русло убрано в подземный коллектор.
