Нью-Йоркский метрополитен представляет собой сеть линий с большим количеством развилок и рельсовых соединений. Движение поездов организовано по маршрутам, действует 29 маршрутов поездов. Они перечислены в таблице вместе с линиями, по которым они проходят, и конечными станциями.

5 Lexington Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Бронксе, Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линиям Уайт-Плейнс-роуд, Ай-ар-ти, Дайр-авеню, Ай-ар-ти, Джером-авеню, Ай-ар-ти, Лексингтон-авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, и Ностранд-авеню, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается зелёным цветом, поскольку проходит по линии Лексингтон-авеню.

4 Lexington Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий через Бронкс, Манхэттен и Бруклин. Маршрут проходит по линиям Джером-авеню, Ай-ар-ти, Лексингтон-авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, и Нью-Лотс, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается зелёным цветом, поскольку проходит по линии Лексингтон-авеню.

2 Seventh Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Бронксе, Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линиям Уайт-Плейнс-роуд, Ай-ар-ти, Ленокс-авеню, Ай-ар-ти, Бродвея и Седьмой авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, Ностранд-авеню, Ай-ар-ти, и Нью-Лотс, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается красным цветом, поскольку проходит по линии Бродвея и Седьмой авеню.

42-я улица — Брайант-парк / Пятая авеню — один из многочисленных пересадочных узлов между станциями Нью-Йоркского метро.

«34-я улица — Пенсильванский вокзал» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Бродвея и Седьмой авеню, Ай-ар-ти. На станции останавливаются маршруты: 1 (круглосуточно), 2 (круглосуточно) и 3. Экспресс-пути используются маршрутами 2 и 3. Локальные пути используются маршрутами 1 (круглосуточно) и 2 (ночью). На 2019 год станция занимает 6-е место по пассажиропотоку: 25 967 676 пассажиров в год. Станция соединена с Пенсильванским вокзалом, который в свою очередь обслуживает Long Island Rail Road (LIRR), New Jersey Transit и Amtrak. Также одним кварталом восточнее находится станция системы PATH, соединяющей город Нью-Йорк со штатом Нью-Джерси.

74-я улица — Бродвей / Рузвельт-авеню — один из многочисленных пересадочных узлов Нью-Йоркского метрополитена. Этот пересадочный узел находится на площади, которая образуется при пересечении 74-й улицы, Бродвея и Рузвельт-авеню. Это вторая по загруженности станция метро в Куинсе.

Корт-стрит / Боро-холл — пересадочный узел Нью-Йоркского метро. Главные выходы идут к Корт-стрит, Джоралимон-стрит и Монтегью-стрит.

Атлантик-авеню — Барклайс-центр — пересадочный узел Нью-Йоркского метро. Главные выходы идут к Атлантик-авеню, Пасифик-стрит, Флатбуш-авеню и 4-й авеню.

«Декалб-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линиях Брайтон, Би-эм-ти, и Четвёртой авеню, Би-эм-ти. Находится на пересечении Декалб-авеню и Флатбуш-авеню в центре Бруклина. На станции останавливаются маршруты: B, D (ночью), N (ночью), Q (круглосуточно), R (круглосуточно) и W. По двум крайним путям станции проходят поезда маршрутов: B, D (ночью) и Q (круглосуточно), а по четырём центральным — маршрутов D, N, R и W. Локальные пути в центральной части станции используются маршрутами: N (ночью), R (круглосуточно) и W. Станцию проходят без остановки маршруты D и N.

«Третья авеню — 149-я улица» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Уайт-Плейнс-роуд, Ай-ар-ти. На станции останавливаются маршруты 2 (круглосуточно) и 5. Она представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути.

«Ютика-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Фултон-стрит, Ай-эн-ди. Станция находится в Бруклине, в районе Бедфорд-Стайвесант, на пересечении Ютика-авеню и Фултон-стрит. На станции останавливаются маршруты A (круглосуточно) и C. Экспресс-пути используются маршрутом A. Локальные пути используются маршрутами A (ночью) и C.

«Седьмая авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Брайтон, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Парк-Слоуп, на пересечении Флатбуш-авеню с 7-й авеню. На станции останавливаются маршруты B и Q (круглосуточно).

Франклин-авеню / Ботанический сад — один из пересадочных узлов Нью-Йоркского метро. Он является подземным и находится в Бруклине, в округе Краун-Хайтс, на пересечении Франклин-авеню и Истерн Паркуэй.

«Истерн-Паркуэй — Бруклинский музей» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Проспект Хайтс, на пересечении Вашингтон-авеню и Истерн Парквэй. На станции останавливаются маршруты: 2 (круглосуточно), 3 и 4 (ночью). Экспресс-пути, проходящие под станцией, используются маршрутами 4 и 5.

«Гранд-Арми-Плаза» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Парк-Слоуп, на пересечении Гранд-Арми-Плаза и Флатбуш-авеню. На станции останавливаются маршруты: 2 (круглосуточно), 3 и 4 (ночью). Экспресс-пути, проходящие под станцией, используются маршрутами 4 и 5.

«Берген-стрит» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Парк Слоуп, на пересечении Берген-стрит и Флатбуш-авеню. На станции останавливаются маршруты: 2 (круглосуточно), 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

«Ностранд-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Краун Хайтс, на пересечении Ностранд-авеню и Истерн-паркуэя. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

«Кингстон-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Краун Хайтс, на пересечении Кингстон-авеню и Истерн-паркуэя. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

Линия Нью-Лотс, Ай-ар-ти - линия Нью-Йоркского метро, эксплуатировавшаяся «Межрайонной Транспортной Компанией» (IRT) и ныне входящая в состав Дивизиона A. Линия обеспечивает проезд по Бруклину. Это единственная эстакадная линия IRT в Бруклине. Линия Нью-Лотс начинается восточнее станции Краун-Хайтс — Ютика-авеню в округе Краун-Хайтс и продолжается до станции Нью-Лотс-авеню в округе Нью-Лотс. Обслуживается маршрутами: 2, 3 и 4.