Особо охраняемые природные территории (ООПТ) — участки земли, водной поверхности и воздушного пространства над ними, где располагаются природные комплексы и объекты, которые имеют особое природоохранное, научное, культурное, эстетическое, рекреационное и оздоровительное значение, которые изъяты решениями органов государственной власти полностью или частично из хозяйственного использования и для которых установлен режим особой охраны.
Кук-Карау́к, Кукраук — водопад на одноимённой реке в Башкортостане. Объявлен памятником природы с 1965 года, находится на территории заказника Ишимбайский. В 2014 реорганизован в состав заказника.
Зигановка — пещера, памятник природы в Ишимбайском районе Башкортостана между урочищем Киндерли и рекой Бриш, в долине русла пересыхающей речки Конгуба. Имеются ископаемые остатки фауны (пресмыкающихся) позднего голоцена.
Калим-Ускан — скала, расположенная в Ишимбайском районе Башкортостана Российской Федерации, в 4,5 км к юго – юго-востоку от села Макарово. Место туризма.
Список охраняемых природных территорий Ишимбайского района включает все существующие и планируемые охраняемые природные территории (ОПТ) по Ишимбайскому району Республики Башкортостан.
Ыласын (Соколиная), официально Еласын — пещера в Ишимбайском районе. Памятник природы (1985). Площадь охраняемой зоны 100 га. Предмет охраны: — известняковая пещера с окружающими её типичными широколиственными лесами западного макросклона Южного Урала.
«Ишимбайский» — государственный природный зоологический заказник республиканского значения.
Гадельша — водопад на Южном Урале, расположенный в пределах Республики Башкортостан (Россия). Находится в верховьях реки Худолаз, которая протекает в отрогах горного хребта Ирендык. Общая высота водопада превышает 15 м, по этому показателю Гадельша признан самым высоким водопадом Башкортостана.
На начало 2012 года на территории Башкортостана существуют 229 ООПТ следующих категорий: государственные природные заповедники (3), национальный парк (1), природные парки (4), природный парк местного значения (1), государственные природные заказники (29), памятники природы (182), ботанический сад (1), лечебно-оздоровительные местности и курорты (7).
Белое, Аккуль — озеро в Гафурийском районе Башкортостана, на территории заказника «Белоозёрский». Памятник природы.
Татыш — озеро в Башкортостане, в Илишевском районе, на левом берегу реки Белой в окрестностях ст. Старый Татыш.
Шингаккуль — озеро в Чишминском районе республики Башкортостан, расположено в 2 км к северо-востоку от железнодорожной станции Шингак-Куль на территории заказника «Шингак-Куль».
«Башкирский Урал» — комплексный биосферный заповедник, предложенный правительством России в качестве кандидата на занесение в список всемирного наследия ЮНЕСКО в Республике Башкортостан на западном макросклоне Южного Урала. В России это 41-й биорезерват. В настоящее время не создан.
Селтерби-Уртаташ — урочище в Ишимбайском районе Башкортостана.
Кызылташ — урочище в Ишимбайском районе Башкортостана, памятник природы (1985).
Олимпия — пещера в Ишимбайском районе Республики Башкортостан, памятник природы (1985). Находится на западном макросклоне Южного Урала, на восточном склоне горы Будалашбаш, на правом берегу реки Хажиновская Шида, в 5 км к от деревни Хазиново. Третья на Южном Урале по глубине пещера после Кутукских пещер.
А́рский Ка́мень — урочище, комплексный памятник природы Республики Башкортостан (1956), памятник природы (1965).
Куперлинский карстовый мост — редкая форма рельефа в виде природного каменного моста, расположенная в Уральских горах на территории национального парка «Башкирия». В период с 17 августа 1965 года по 19 марта 2014 года Куперлинский карстовый мост имел статус геологического (геоморфологического) памятника природы регионального значения. Входит в состав Национального парка Башкирия.
Каменные ворота — каменная арка, находящееся в урочище Ласынташ, в правом скалистом борту долины реки Ай, в 1,5 км от села Лаклы Салаватского района Республики Башкортостан. В этом месте река Ай прорезает в массиве Капкаташ скалистый каньон. Каменная арка представляют собой пласт известняков вертикального падения. Каменная арка образовалась в результате разрушения карстовой пещеры. Массив состоит из известняков верхнекаменноугольного периода легко растворимых карбонатных пород. В известняковой скале толщиной около 2 м сохранился остаток пещерного прохода шириной более 4 м и высотой 4,2 м.
Кызыл-Яр баш. Ҡыҙылъяр мәмерйәһе) — карстовая пещера им. Г. А. Максимовича, на территории Белорецкого района Республики Башкортостан, Россия. Геологический памятник природы Республики Башкортостан, имеющий научное значение (1965), самая большая на Южном Урале, и самая протяженная переточная пещера в Башкортостане.
