Пресмыка́ющиеся, или репти́лии (лат. Reptilia), — традиционно выделяемый класс преимущественно наземных позвоночных животных из клады амниот, включающий современных черепах, крокодилов, клювоголовых и чешуйчатых. Пресмыкающиеся являются парафилетической группой, так как дали начало птицам, но не включают их самих. В качестве монофилетической альтернативы класса выделяется клада завропсид, или рептилий в пересмотренном составе, в которую включают представителей традиционного класса пресмыкающихся и птиц.
Клювоголо́вые, или хоботного́ловые, или ящерога́ды (лат. Rhynchocephalia), — один из четырёх современных отрядов пресмыкающихся. Представители отряда обладают рядом архаичных признаков, в частности, развитым теменным глазом. Современные представители — гаттерии, населяющие Северный остров Новой Зеландии и близлежащие небольшие острова. До недавнего времени выделяли два вида ныне живущих гаттерий, однако в последние годы их самостоятельность поставлена под сомнение.
Амниоты — клада четвероногих, характеризующаяся наличием зародышевых оболочек. Первые амниоты возникли в каменноугольном периоде, около 320 млн лет назад. Группа входит в состав надкласса четвероногих (Tetrapoda) и подразделяется на две дочерние клады: завропсиды и синапсиды.
Гекконообразные, или гекконы (лат. Gekkota) — подотряд пресмыкающихся отряда чешуйчатых.
Игуанообра́зные (лат. Iguania) — подотряд чешуйчатых пресмыкающихся, к которому относятся в том числе семейства игуановых (Iguanidae), агамовых (Agamidae) и хамелеонов (Chamaeleonidae).
Сцинкообразные (лат. Scincomorpha) — инфраотряд чешуйчатых пресмыкающихся подотряда Scinciformata. Относящиеся к этому инфраотряду виды распространены по всему миру в умеренных, тропических и субтропических регионах.
Архоза́вры (лат. Archosauria, от др.-греч. ἄρχω — правлю, начинаю и σαῦρος — ящерица) — клада диапсид, представленная в настоящее время крокодилами и птицами, а из вымерших организмов также: нептичьими динозаврами, птерозаврами и другими.
Завропси́ды, или ящерообра́зные (лат. Sauropsida), или репти́лии (лат. Reptilia), — клада амниот, объединяющая представителей традиционного класса пресмыкающихся и произошедших от них птиц. Все современные таксоны завропсид относятся к кроновой группе заврий (Sauria), давшей большое таксономическое и морфологическое разнообразие. В этой группе выделяется три основных эволюционных ветви : лепидозавры, архозавры и черепахи (Testudines).
Батрахоза́вры (лат. Batrachosauria, буквально — лягушкоящеры) — надотряд четвероногих, обитавших с верхнего девона по нижнюю пермь. Этот подкласс объединяет позвоночных, близких к амниотам и являющихся их предками. Батрахозавры — сестринская группа лабиринтодонтов. Череп ангуститабулярный. Позвонки эмболомерные, постепенно приближаются к гастроцентральным.
Плакодо́нты (лат. Placodontia, буквально: плоские зубы) — отряд вымерших водных пресмыкающихся из надотряда завроптеригий, живших во времена триасового периода, чьи ископаемые остатки находят на территории Евразии и Африки. Имели перепончатые лапы и длинный плоский хвост.
Крокодиломорфы (лат. Crocodylomorpha) — надотряд пресмыкающихся, включающий современных и ископаемых крокодилов и близкие к ним группы.
Диа́псиды (лат. Diapsida) — подкласс пресмыкающихся или завропсид, сформировавшийся около 300 миллионов лет назад и существующий до наших дней. Следует учитывать, что в современных системах классификации птицы также относятся к диапсидам. Ныне в мире насчитывается более 22 000 видов диапсид, включая птиц.
Синаптоза́вры (лат. Synaptosauria, от др.-греч. συν- — приставка со значением совместности действия, соучастия и σαῦρος — ящер) — ранее выделявшийся подкласс вымерших пресмыкающихся. Синонимичный термин — эвриапсиды.
Варанообразные (лат. Varanoidea) — надсемейство пресмыкающихся из отряда чешуйчатых.
Ана́псиды (лат. Anapsida) — полифилетическая группа пресмыкающихся, череп большинства из которых не имеет височных окон. Ранее считались одним из подклассов пресмыкающихся наряду с диапсидами; в современных системах классификации более не выделяются, поскольку состоят из искусственно сгруппированных вместе ветвей ранних пресмыкающихся и черепах. Помимо черепах, к анапсидам относили следующие ветви стволовых рептилий (завропсид): капториниды (Captorhinidae), парарептилии (Parareptilia) и Protorothyrididae.
Лепидозавроморфы (лат. Lepidosauromorpha, в ФилоКоде — Pan-Lepidosauria), — инфракласс пресмыкающихся подкласса диапсид. Включает в себя один современный надотряд — лепидозавров. Вымершие лепидозавроморфы, возможно, включают плезиозавров.
Завроптеригии, или зауроптеригии (лат. Sauropterygia), — клада вымерших пресмыкающихся из подкласса диапсид, которой разные систематики присваивают ранг от подкласса до отряда включительно. Включает в себя отряды Placodontia, Nothosauroidea и Plesiosauria.
Клинозубые (лат. Sphenodontidae) — семейство пресмыкающихся из отряда клювоголовых включает единственный современный вид — гаттерию, обитающий в Новой Зеландии. Они были весьма экологически разнообразной группой: от наземных плотоядных и насекомоядных (Sphenodon) до водных травоядных (Ankylosphenodon) и дурофагов (Oenosaurus).
Тестудинаты (лат. Testudinata) — внеранговая клада пресмыкающихся с настоящим черепашьим панцирем. В группу включают как современных черепах (Testudines), так и множество их вымерших родственников, имевших панцири (стем-черепах). Несмотря на то, что группу впервые в систематику ввёл Яков Клейн (Klein) в 1760 году, современное определение ей дали Уолтер Джойс (Joyce) и его коллеги в 2004 году: название Testudinata относится к кладе, происходящей от первого представителя Pantestudines с полным черепашьим панцирем, который гомологичен панцирю у Chelonia mydas (Linneus, 1758). В состав тестудинат обычно не включают примитивную стем-черепаху Odontochelys, у которой был только пластрон. Признаки присутствия самых ранних представителей датируют ранним и средним триасом в виде окаменевших цепочек следов. Филогенетическое исследование 2019 года восстановило Angolachelonia и Testudines как сестринские таксоны в составе тестудинат.
