Нью-Йоркский метрополитен представляет собой сеть линий с большим количеством развилок и рельсовых соединений. Движение поездов организовано по маршрутам, действует 29 маршрутов поездов. Они перечислены в таблице вместе с линиями, по которым они проходят, и конечными станциями.

6 Lexington Avenue Local — два маршрута Нью-Йоркского метрополитена, проходящие в Бронксе и Манхэттене: обычный и его вариант. Маршруты проходят по линиям Пелем, Ай-ар-ти, и Лексингтон-авеню, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. они обозначаются зелёным цветом, поскольку проходят по линии Лексингтон-авеню.

5 Lexington Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Бронксе, Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линиям Уайт-Плейнс-роуд, Ай-ар-ти, Дайр-авеню, Ай-ар-ти, Джером-авеню, Ай-ар-ти, Лексингтон-авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, и Ностранд-авеню, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается зелёным цветом, поскольку проходит по линии Лексингтон-авеню.

4 Lexington Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий через Бронкс, Манхэттен и Бруклин. Маршрут проходит по линиям Джером-авеню, Ай-ар-ти, Лексингтон-авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, и Нью-Лотс, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается зелёным цветом, поскольку проходит по линии Лексингтон-авеню.

3 Seventh Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линиям Ленокс-авеню, Ай-ар-ти, Бродвея и Седьмой авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, и Нью-Лотс, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается красным цветом, поскольку проходит по линии Бродвея и Седьмой авеню.

2 Seventh Avenue Express — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Бронксе, Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линиям Уайт-Плейнс-роуд, Ай-ар-ти, Ленокс-авеню, Ай-ар-ти, Бродвея и Седьмой авеню, Ай-ар-ти, Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти, Ностранд-авеню, Ай-ар-ти, и Нью-Лотс, Ай-ар-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается красным цветом, поскольку проходит по линии Бродвея и Седьмой авеню.

Корт-стрит / Боро-холл — пересадочный узел Нью-Йоркского метро. Главные выходы идут к Корт-стрит, Джоралимон-стрит и Монтегью-стрит.

Атлантик-авеню — Барклайс-центр — пересадочный узел Нью-Йоркского метро. Главные выходы идут к Атлантик-авеню, Пасифик-стрит, Флатбуш-авеню и 4-й авеню.

Франклин-авеню / Ботанический сад — один из пересадочных узлов Нью-Йоркского метро. Он является подземным и находится в Бруклине, в округе Краун-Хайтс, на пересечении Франклин-авеню и Истерн Паркуэй.

«Берген-стрит» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Парк Слоуп, на пересечении Берген-стрит и Флатбуш-авеню. На станции останавливаются маршруты: 2 (круглосуточно), 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

«Ностранд-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Краун Хайтс, на пересечении Ностранд-авеню и Истерн-паркуэя. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

«Кингстон-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Краун Хайтс, на пересечении Кингстон-авеню и Истерн-паркуэя. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4 (ночью). Станцию проходят без остановки маршруты 4 и 5.

«Краун-Хайтс — Ютика-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Истерн-Паркуэй, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Краун Хайтс, на пересечении Ютика-авеню и Истерн-Паркуэя. На станции останавливаются маршруты: 2, 3, 4 (круглосуточно) и 5. Станция является южной конечной для маршрутов 4 и 5. Экспресс-пути используются маршрутами 4 и 5. Локальные пути используются маршрутами: 2, 3 и 4 (ночью).

«Саттер-авеню — Ратленд-роуд» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Браунсвилль, на пересечении Саттер-авеню, Ротланд-род и Ист 98-й улицы и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Саратога-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, на пересечении Саратога-авеню и Ливония-авеню, и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Рокавей-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, на пересечении Рокавей-авеню и Ливония-авеню, и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Джуниус-стрит» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Ист-Нью-Йорк, на пересечении Джуниус-стрит и Ливония-авеню и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Пенсилвейния-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится на пересечении Пенсильвания-авеню и Ливония-авеню в округе Ист Нью-Йорк, Бруклин и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Ван-Сиклен-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Станция находится на пересечении Ван Сиклен-авеню и Ливония-авеню в округе Ист Нью-Йорк, Бруклин и представлена двумя боковыми платформами, обслуживающими два пути. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4.

«Нью-Лотс-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Нью-Лотс, Ай-ар-ти. Находится на пересечении Нью-Лотс-авеню и Ливония-авеню в округе Ист-Нью-Йорк, в Бруклине. На станции останавливаются маршруты: 2, 3 и 4. Станция является южной конечной для всех маршрутов.