
Краси́тели — химические соединения, обладающие способностью интенсивно поглощать и преобразовывать энергию электромагнитного излучения в видимой и в ближних ультрафиолетовой и инфракрасной областях спектра и применяемые для придания этой способности другим телам. Термин «краситель» своим происхождением обязан А. Е. Порай-Кошицу и было введено им в научную терминологию в 1908 году.
Патологи́ческая анато́мия — научно-прикладная дисциплина, изучающая патологические процессы и болезни с помощью научного, главным образом микроскопического, исследования изменений, возникающих в клетках и тканях организма, органах и системах органов.

Окрашивание по Романовскому — Гимзе — цитологический метод окрашивания микроорганизмов, клеточных структур и тканей различных видов для изучения методом световой микроскопии. Предложена в 1904 году Густавом Гимзой. В авторской версии название красителя — «Giemsasche Lösung für die Romanowsky Färbung». Окрашивает ацидофильные образования в различные оттенки красного цвета, базофильные — в цвета от пурпурного до синего.

Метод Грама — метод окраски микроорганизмов для исследования, позволяющий дифференцировать бактерии по биохимическим свойствам их клеточной стенки. Предложен в 1884 году датским врачом Гансом Кристианом Грамом.

Ализари́н (1,2-дигидроксиантрахинон) — органическое соединение, производное антрахинона с химической формулой C14H8O4. Красный порошок, почти нерастворимый в воде, природный антрахиноновый краситель, содержащийся в виде гликозида в корнях марены красильной (лат. Rubia tinctorium). С древности применялся как протравный краситель по ткани, но утратил промышленное значение в середине XX века, в настоящее время используется только для получения производных ализариновых красителей. Также находит применение в аналитической химии как индикатор.
Базофилия — химическое сродство к основаниям, в том числе, к осно́вным красителям. Базофилией в гистологии называют способность клеточных структур окрашиваться основными (щелочными) красителями, обусловленная кислотными свойствами окрашивающихся компонентов клетки, главным образом нуклеиновых кислот. Повышение базофилии клетки обычно свидетельствует о происходящем в ней интенсивном белковом синтезе. Базофилия свойственна растущим, регенерирующим, опухолевым тканям. Используется для различения клеток крови, анализа клеток передней доли гипофиза, островковой ткани поджелудочной железы и.т.д.

Метиленовый синий — краситель. Представляет собой тёмно-зеленые кристаллы с бронзовым блеском.
Лейкопоэз ; лейко- + греч. poiesis выработка, образование; син.: лейкогенез, лейкоцитопоэз) — образование лейкоцитов; обычно протекает в кроветворной ткани костного мозга.
Трипановый синий (4,4′-бис(1-гидрокси-8-амино-3,6-дисульфонафталиназо)-3,3′-диметилбифенила динатриевая соль) — органическое соединение с химической формулой C34H24N6Na4O14S4, прямой азокраситель, используемый для селективного окрашивания клеток и тканей. Синие или голубые кристаллы, плохо растворимые в воде и спирте. Впервые был синтезирован Паулем Эрлихом в 1904 году.

Мя́коть, или ко́нтекст — внутренний слой плодового тела гриба, состоящая из переплетения гифов и желевидного соединительного вещества между ними. Если это вещество рыхлое, то мякоть гриба мягкая, если плотное — упругая или даже хрящевидная.

Окраска гематоксилином и эозином — один из самых распространённых методов окраски в гистологии. Широко используется в медицинской диагностике, в частности в онкологии для окраски удаленной или полученной при биопсии ткани.

Химические цветовые реакции — изменение цвета различных макро- и микроскопических структур грибов под действием некоторых химических реактивов. Химический метод исследования используется при идентификации образцов грибов для различения таксономических групп. Таксономическим признаком может служить как положительный или отрицательный результат исследования, так и вариации в изменении окраски при положительных реакциях, поскольку один и тот же реактив может давать разное окрашивание у разных видов грибов.
В списке даны определения терминов, используемых в микологии.

Окраска по Ван Гизону — метод окраски микропрепаратов в гистологии, предназначенный для изучения структуры соединительной ткани. Красителем служит смесь кислого фуксина и пикриновой кислоты, причем первый компонент окрашивает коллагеновые волокна в ярко-красный цвет, а второй придает прочим структурам ткани жёлтую окраску. Окраска разработана американским психоневрологом и патологом Айрой Ван Гизоном в 1889 году.
Пециломикоз — глубокий системный микоз, при котором в патологический процесс могут вовлекаться кровь, сосуды мелкого и среднего калибра, интерстиций, лимфатические узлы, кожа, слизистая оболочка, внутренние органы и нервная система. К настоящему времени остаётся мало изученным заболеванием, так как частота выделения грибов рода Paecilomyces от больных по общепринятой методике не превышает 1-1,5 % [1]. Как новая нозологическая единица микоза введена Baker [2] в 1971 г. на основании имеющихся сообщений о поражении человека и животных грибами рода Paecilomyces. Повсеместное распространение грибов рода Paecilomyces в почве различных географических зон определяет массовую инфицированность ими населения земного шара. Однако использование рутинных методов выделения грибов из патологического материала от больных затрудняло освещение данного вопроса. На основании выявления диморфизма и особенностей паразитирования тканевых форм грибов рода Paecilomyces А. М. Ахунова в 1991 году разработала новый способ их выделения от больных, повысивший частоту выделения до 44 % [3]. Грибы рода Paecilomyces обладают диморфизмом и являются возбудителем нового вида врождённой хронической персистирующей инфекции крови, контролируемой механизмами неспецифической защиты и специфического иммунитета, состоятельность которых обусловливает фазы носительства или активации пециломикозной инфекции в крови. Клинические проявления пециломикоза полиморфны, что определено генерализованным распространением грибной инфекции, а также типами иммунных реакций, реализующихся в процессе сопротивления организма человека возбудителю. Внутриклеточный цикл паразитирования тканевых форм грибов рода Paecilomyces не позволяет достичь их полной элиминации из организма хозяина. Это значит, что даже после проведённого, полного курса лечения системными антимикотиками сохраняется возможность рецидива инфекции. Среди факторов, подавляющих состоятельность иммунного контроля и провоцирующих активацию пециломикозной инфекции с развитием клинически выраженного пециломикоза в виде бронхиальной астмы, доминируют острые и хронические вирусные инфекции, стрессовые воздействия, сезонные и возрастные колебания иммунной системы [4].
Мезенхима́льные диспротеино́зы — дисметаболические (дистрофические) процессы, характеризующиеся преимущественным нарушением белкового обмена и первично развивающиеся в строме органов.
Паренхимато́зные дистрофи́и — нарушения метаболизма в паренхиме органов.
В пульпе зуба развиваются воспалительные изменения (пульпит) и различные реактивные процессы. Воспалительное поражение периапикального десмодонта в отечественной медицине традиционного обозначается как апикальный периодонтит. К заболеваниям пародонта относятся гингивит, пародонтит, пародонтоз, прогрессирующий пародонтолиз и пародонтомы. Инфекционные процессы в пульпе зуба и тканях пародонта нередко являются источником так называемой одонтогенной инфекции.
Краси́льные расте́ния — растения, содержащие в своих органах и тканях красящие вещества, используемые для производства красок. Пигменты могут быть заключёнными в пластидах или растворёнными в клеточном соке и находятся в органах и тканях.

Окрашивание — гистологический метод, используемый для усиления контраста в микроскопических препаратах. Методы окрашивания используются в гистологии, цитологии, а также в таких областях медицины, как гистопатология, гематология и цитопатология.