
Окрашивание по Романовскому — Гимзе — цитологический метод окрашивания микроорганизмов, клеточных структур и тканей различных видов для изучения методом световой микроскопии. Предложена в 1904 году Густавом Гимзой. В авторской версии название красителя — «Giemsasche Lösung für die Romanowsky Färbung». Окрашивает ацидофильные образования в различные оттенки красного цвета, базофильные — в цвета от пурпурного до синего.

Метод Грама — метод окраски микроорганизмов для исследования, позволяющий дифференцировать бактерии по биохимическим свойствам их клеточной стенки. Предложен в 1884 году датским врачом Гансом Кристианом Грамом.
Микробиологический анализ почв — анализ почв, проводимый с целью определения наличия в почве бактерий, их видов и численности.
Окраска микроорганизмов — комплекс методов и приёмов для исследования внешнего и внутреннего строения микроорганизмов, метод микробиологической техники, позволяющий различать виды микроорганизмов. Метод широко используют в прикладной бактериологии для определения формы, размеров, строения, локализации, взаимного расположения микробов, структуры их органелл. Без окраски микробы, кроме некоторых грибов, в световой микроскоп практически не видны, вследствие их малой контрастности. После обработки мембраны и/или органеллы микробов приобретают контрастирующую с фоном окраску.
Метахромазия — свойство клеток и тканей окрашиваться в цвет, отличающийся от цвета самого красителя, а также свойство изменённых клеток и тканей окрашиваться в иной цвет по сравнению с нормальными клетками и тканями. Предполагают, что метахромазия обусловлена полимеризацией молекул красителя под влиянием свободных отрицательных зарядов клеток или ткани. Отмечается при патологии соединительной ткани, опухолевом росте, некробиотических изменениях и в ряде других случаев.

Метод окраски по Цилю — Нильсену — метод окраски микроорганизмов для выявления кислотоустойчивых микобактерий, актиномицетов и других кислотоустойчивых микроорганизмов. Кислотоустойчивость микроорганизмов обусловлена наличием в их клетках липидов, воска и оксикислот. Такие микроорганизмы плохо окрашиваются разведёнными растворами красителей. Для облегчения проникновения красителя в клетки микроорганизмов нанесённый на препарат карболовый фуксин Циля подогревают над пламенем горелки. Окрашенные микроорганизмы не обесцвечиваются слабыми растворами минеральных кислот и спирта.

Тони́рование, вирирование, окрашивание — процесс химической обработки чёрно-белого позитива, приводящий к изменению окраски (тона) последнего. Наиболее часто проводят тонирование в оттенки сепии, синего и красных цветов. Возможно также получение желтых, зеленых, фиолетовых оттенков, а также окрашивание в смешанные тона.

Ка́псула бакте́рий — поверхностная структура бактериальных клеток, залегающая поверх клеточной стенки или внешней мембраны и состоящая из экзополисахаридов. Капсулы имеются у некоторых архей, например, у представителей родов Methanosarcina и Staphylothermus. Структурной основой капсулы служат линейные или разветвлённые полигликаны и полипептиды, состоящие из одинаковых или разных мономеров. Фибриллы капсульных полимеров довольно гибки, ориентируются под прямым углом к поверхности клетки и сильно гидратированы, так что до 99 % капсулы составляет вода, из-за чего капсулы сложно визуализировать с помощью электронной микроскопии. Поверхность колоний бактерий, имеющих капсулу, выглядит гладкой, влажной и блестящей. Функции капсулы различаются у непатогенных и патогенных бактерий.

Гематоксилин — органическое соединение, природный краситель, получаемый из эфирного экстракта кампешевого дерева. Применяется в виде различных растворов для окрашивания гистологических препаратов. При окраске гематоксилином клеточные ядра приобретают тёмно-синий цвет.

Окраска гематоксилином и эозином — один из самых распространённых методов окраски в гистологии. Широко используется в медицинской диагностике, в частности в онкологии для окраски удаленной или полученной при биопсии ткани.
Метод Марцелли применяется для окраски эндоспор бактерий.

Rickettsia rickettsii — вид бактерий из рода Риккетсии класса альфа-протеобактерий, возбудитель пятнистой лихорадки Скалистых гор. Впервые описана в 1909 году Ховардом Тейлором Риккетсом. Первое подробное описание патогенного агента, вызываемого этим видом бактерий сделал Симеон Бёрт Вольбах в 1919 году.

Химические цветовые реакции — изменение цвета различных макро- и микроскопических структур грибов под действием некоторых химических реактивов. Химический метод исследования используется при идентификации образцов грибов для различения таксономических групп. Таксономическим признаком может служить как положительный или отрицательный результат исследования, так и вариации в изменении окраски при положительных реакциях, поскольку один и тот же реактив может давать разное окрашивание у разных видов грибов.

Бациллы — класс бактерий типа фирмикут. Включает два порядка, Bacillales и Lactobacillales, среди представителей которых имеется несколько известных болезнетворных микроорганизмов, например, Bacillus anthracis.

Ацетоба́ктер (лат. Acetobacter) — род бактерий из семейства Acetobacteraceae класса альфа-протобактерий, характеризующийся умением окислять этанол до уксусной кислоты, ацетат и лактат — до CO2 и H2O.

Эндоспо́ры — покоящиеся формы бактерий, которые образуются в результате скоординированной дифференцировки двух дочерних клеток, образовавшихся при удвоении генома исходной бактерии, причём одна из них проникает внутрь цитоплазмы другой дочерней клетки, которая становится внешней. Далее внешняя дочерняя клетка погибает программируемой гибелью, а внутренняя клетка (преспора) становится собственно эндоспорой и входит в состояние максимального физиологического покоя, при котором все физиологические процессы внутри споры останавливаются (гиперанабиоза). Она становится чрезвычайно резистентной к неблагоприятным условиям окружающей среды и может сохранять жизнеспособность в течение длительного времени.

Рифампицин — антибиотик, противотуберкулёзное средство. Активен в отношении микобактерий туберкулёза и лепры. К действию рифампицина чувствительны многие штаммы неспорообразующих анаэробов, в т. ч. бактероиды, кишечные палочки, протеи, возбудители болезни легионеров, бруцеллеза, трахомы, орнитоза, риккетсиозов. Рифампицин действует на грамположительные, в том числе множественно-устойчивые, стрептококки, грамположительные споровые палочки. Оказывает действие и на грамотрицательные кокки, но в отношении грамотрицательных бактерий менее активен.
Споры бактерий — тельца круглой или овальной формы, которые образуются внутри некоторых бактерий в определенные стадии их существования или при ухудшении условий окружающей среды. Споры бактерий устойчивы к различным физическим и химическим воздействиям и сохраняются в течение многих лет, не утрачивая свойства прорастать в вегетативную форму, что имеет значение в эпидемиологии ряда заболеваний. Известен случай, когда удалось оживить бактериальные споры возрастом около 30 миллионов лет.
Эндоспо́рий — слой спородермы, внутренняя, бесцветная, в большинстве случаев тонкая оболочка спор, состоящая из клетчатки и окрашивающаяся в синий цвет при употреблении хлор-цинк-йода. При прорастании спор экзоспорий прорывается в определённых местах и эндоспорий вытягивается наружу в виде удлиняющейся ростковой трубки.

Окрашивание — гистологический метод, используемый для усиления контраста в микроскопических препаратах. Методы окрашивания используются в гистологии, цитологии, а также в таких областях медицины, как гистопатология, гематология и цитопатология.