Штамм — чистая культура бактерий, грибов, и иных микроорганизмов, а также вирусов и прионов, выделенная из определённого источника и идентифицированная по тестам современной классификации. Поскольку многие микроорганизмы размножаются бинарным делением или митозом, без участия полового процесса, по существу, виды у таких микроорганизмов состоят из клональных линий, генетически и морфологически идентичных исходной клетке. Штамм не является таксономической категорией, один и тот же штамм не может быть выделен второй раз из того же источника в другое время.
Бакте́рии — домен прокариотических микроорганизмов. Бактерии обычно достигают нескольких микрометров в длину, их клетки могут иметь разнообразную форму: от шарообразной до палочковидной и спиралевидной. Бактерии — одна из первых форм жизни на Земле и встречаются почти во всех земных местообитаниях. Они населяют почву, пресные и морские водоёмы, кислые горячие источники, радиоактивные отходы и глубинные слои земной коры. Бактерии часто являются симбионтами и паразитами растений и животных. Большинство бактерий к настоящему времени не описано, и представители лишь половины отделов бактерий могут быть выращены в лаборатории. Бактерии изучает наука бактериология — раздел микробиологии.
Бактерии группы кишечной палочки (БГКП), также колиморфные или колиформные бактерии — условно выделяемая по морфологическим и культуральным признакам группа бактерий семейства энтеробактерий, используемая санитарной микробиологией в качестве маркера фекальной контаминации; относятся к группе так называемых санитарно-показательных микроорганизмов. К бактериям группы кишечных палочек относят представителей родов Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, которые объединены в одно семейство Enterobacteriaceae благодаря общности морфологических и культуральных свойств. Колиморфные бактерии различаются ферментативными свойствами и антигенной структурой.
Пекарские дрожжи — вид одноклеточных микроскопических грибков (дрожжей) из класса сахаромицетов, широко используемый в производстве алкогольной и хлебопекарной продукции, а также в научных исследованиях. В 1996 году пекарские дрожжи стали первыми эукариотами, чей геном был полностью секвенирован.
Чумна́я па́лочка — вид грамотрицательных бактерий из семейства Yersiniaceae. Инфекционный агент бубонной чумы, также может вызывать чумную пневмонию и септическую чуму. Все три формы без современного лечения практически всегда заканчиваются летальным исходом и ответственны за высокий уровень смертности в эпидемиях, имевших место в истории человечества, таких как «Юстинианова чума» и «чёрная смерть», в ходе которой погибла треть населения Европы за промежуток с 1347 по 1353 годы.
Пробио́тики — живые микроорганизмы, приносящие пользу хозяину при введении в адекватных количествах. По другому определению это микроорганизмы, использующиеся в терапевтических целях, а также пищевые продукты и биологически активные добавки, содержащие живые микрокультуры.
Франсуа́ Жако́б — французский микробиолог и генетик, нобелевский лауреат (1965). Член Французской академии (1996), иностранный член Национальной академии наук США (1969) и Лондонского королевского общества (1973).
Конъюга́ция — однонаправленный перенос части генетического материала при непосредственном контакте двух бактериальных клеток. Открыт в 1946 году Джошуа Ледербергом и Эдвардом Татумом. Явление конъюгации было открыто и хорошо изучено у кишечной палочки, но в дальнейшем конъюгация была описана у множества как грамположительных, так и грамотрицательных бактерий. Посредством конъюгации бактерии обмениваются генетическим материалом, поддерживая своё генетическое разнообразие.
Сенна́я па́лочка — вид грамположительных спорообразующих факультативно аэробных почвенных бактерий. Первоначально были описаны в 1835 Эренбергом как Vibrio subtilis, в 1872 были переименованы Коном в Bacillus subtilis. Название «сенная палочка» вид получил из-за того, что накопительные культуры этого микроорганизма получают из сенного экстракта.
Гемофильная палочка, палочка Пфайффера, (ошибочно «палочка инфлюэнцы») — вид грамотрицательных неподвижных патогенных бактерий семейства Pasteurellaceae, возбудитель бактериальной пневмонии и других гемофильных инфекционных болезней человека. Первоначально ошибочно описана в 1892 году немецким бактериологом Рихардом Пфайффером как возбудитель «инфлюэнцы» (гриппа).
Моде́льные органи́змы — организмы, используемые в качестве моделей для изучения тех или иных свойств, процессов или явлений живой природы. Модельные организмы интенсивно изучаются, причём одна из причин этого — надежда на то, что открытые при их изучении закономерности окажутся свойственны и другим более или менее похожим организмам, в том числе и человеку. Часто модельные организмы используются в тех случаях, когда проведение соответствующих исследований на человеке невозможно по техническим или этическим причинам. Использование модельных организмов основано на том, что все живые организмы имеют общее происхождение и сохраняют много общего в механизмах хранения и реализации наследственной информации, метаболизме и др.
Ричард Ленски — американский эволюционный биолог. Доктор философии (1982), заслуженный профессор Университета штата Мичиган. Член Национальной АН США (2006) и Американского философского общества (2018). Макартуровский стипендиат (1996).
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Коли-инфекция — группа инфекционных болезней, вызываемых патогенными серотипами кишечных палочек. Наиболее часто эти бактерии вызывают острые кишечные расстройства, а у детей раннего возраста и у ослабленных лиц могут также явиться причиной поражения мочевыводящих путей, иногда - развития холецистита, менингита, сепсиса. Различают энтеропатогенную, энтеротоксигенную, энтероинвазивную, энтерогеморрагическую, энтероадгезивную инфекцию и другие инфекции. Наиболее частые возбудители диареи путешественников.
Escherichia coli O104:H4 — высоко патогенный энтерогеморрагический штамм кишечной палочки, до 2011 года редкий в Европе. Инфицирование этим штаммом вызывает гемолитико-уремический синдром. В мае—июне 2011 года штамм вызвал пищевые отравления в Германии, а также в ряде других стран.
Биоплёнка — множество (конгломерат) микроорганизмов, расположенных на какой-либо поверхности, клетки которых прикреплены друг к другу. Обычно клетки погружены в выделяемое ими внеклеточное полимерное вещество — слизь. Развитие биоплёнки, а иногда и саму биоплёнку также называют биообрастанием. Термин «биоплёнка» определяется по-разному, но в целом можно сказать, что биоплёнка — обладающее пространственной и метаболической структурой сообщество (колония) микроорганизмов, расположенных на поверхности раздела сред и погружённых во внеклеточный полимерный матрикс. Обычно биоплёнки образуются в контакте с жидкостями при наличии необходимых для роста веществ. Поверхность, к которой прикреплена биоплёнка, может быть как неживой (камни), так и поверхностью живого организма. Считается, что 95-99% всех микроорганизмов в естественной среде существует в виде биоплёнки.
Устойчивость к противомикробным препаратам возникает, когда микробы развивают механизмы, которые защищают их от воздействия противомикробных препаратов. Антибио́тикорезисте́нтность — это частный случай устойчивости к противомикробным препаратам, когда бактерии становятся устойчивыми к антибиотикам. Устойчивые микробы труднее лечить, требуются более высокие дозы или альтернативные лекарства, которые могут оказаться более токсичными. Эти подходы также могут быть более дорогими.
Карл Циммер — американский научно-популярный писатель и блогер, основной областью которого является изучение эволюции и паразитов. Автор нескольких книг и научных эссе, в таких изданиях как The New York Times, Discover и National Geographic. Является научным сотрудником колледжа Морзе при Йельском университете.
Пангено́м, также супрагеном — совокупность всех генов рассматриваемой группы организмов, для которой возможно генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами. Пангеном объединяет набор генов всех штаммов, составляющих кладу: вид, род или таксон более высокого порядка. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей.