Ретрови́русы — семейство РНК-содержащих вирусов, заражающих преимущественно позвоночных. Наиболее известный и активно изучаемый представитель — вирус иммунодефицита человека.
Мимивирус — род вирусов, включающий в себя единственный вид Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV), хозяевами которого являются амёбы рода Acanthamoeba.
Герпесви́русы — большое семейство ДНК-содержащих вирусов, вызывающее разнообразные болезни не только у человека и других млекопитающих, но и у птиц, рептилий, амфибий, рыб. Герпесвирусами болеет большинство населения нашей планеты.
Коро́навирусы — подсемейство вирусов из семейства Coronaviridae, объединяющее оболочечные РНК-содержащие плеоморфные вирусы, вызывающие широкий спектр заболеваний различной тяжести у животных, включая человека. В большинстве случаев коронавирусные инфекции протекают в лёгкой форме, однако в XXI веке происходили вспышки тяжёлых заболеваний, вызываемых бетакоронавирусами MERS-CoV и SARS-CoV, а также SARS-CoV-2. Это вирусы с (+)одноцепочечной РНК-геном и нуклеокапсидом спиральной симметрии. Размер генома коронавирусов варьируется от приблизительно 27 до 34 килобаз, самый большой среди известных РНК-вирусов.
Поксви́русы или вирусы оспы — семейство вирусов животных, объединяющее самые крупные ДНК-содержащие вирусы, вирионы которых имеют кирпичеобразную или овоидную форму; включает виды, патогенные для человека, например, возбудителей оспы, пустулезного дерматита.
Mononegavirales (лат.) — порядок вирусов, содержащих одноцепочечную (−)РНК. Выделен в 1990 году, первым среди порядков вирусов, в составе 3 семейств, в дальнейшем объём порядка был увеличен.
Pandoravirus (лат.) — род вирусов из монотипного семейства Pandoraviridae. Включает 6 видов. Один из крупнейших известных вирусов.
Колимовирусы — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.
Парвовирусы — семейство самых мелких ДНК-содержащих сферических вирусов, лишенных липопротеидной оболочки. Вирионы имеют диаметр 18—26 нм и содержат 60 капсомеров, тип симметрии икосаэдрический Т1. Геном вируса содержит одноцепочечную ДНК, обычно имеющую две открытые рамки трансляции. Рамка считывания, расположенная на 5’-конце генома, кодирует неструктурные белки, а вирионные белки закодированы ближе к 3’-концу генома. На концах генома формируются шпилечные структуры.
Вирофа́ги — группа вирусов, которые могут размножаться в клетках только в присутствии другого вируса (вируса-хозяина), однако имеющих более сложные геномы и вирионы, чем другие вирусы-сателлиты. Вирофаги имеют икосаэдрические капсиды, их геномы представлены двуцепочечными молекулами ДНК. Первые представители этой группы вирусов описаны в 2008 году, и к концу 2016 года было известно 18 геномов вирофагов, два из которых почти полностью секвенированы. Вирофаги обнаружены в самых разных местообитаниях — в глубоководных районах океанов и на суше; один вирофаг был выделен из жидкости для контактных линз, поэтому, возможно, вирофаги взаимодействуют и с организмом человека.
Tupanvirus (лат.) — род ДНК-содержащих вирусов из семейства Mimiviridae. Представители рода являются одними из крупнейших известных вирусов. Род описан в феврале 2018 года бразильско-французской группой микробиологов. Включает два вида. По состоянию на март 2020 года род не зарегистрирован в Международном комитете по таксономии вирусов.
Kaumoebavirus (лат.) — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к другому гигантскому вирусу, Faustovirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Он имеет икосаэдрический капсид размером около 250 нм, а его геном представлен молекулой ДНК, состоящей из около 350 тысяч пар оснований и содержащей 465 предсказанных генов, кодирующих белки.
Pacmanvirus A23 (лат.), также известный как Pacmanvirus — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к двум другим гигантским вирусам, Faustovirus и Kaumoebavirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Свое название эти вирусы получили за форму капсида, наблюдаемую при негативном окрашивании в электронный микроскоп: он похож на главного героя одноимённой видеоигры Pac-Man.
Medusavirus — гигантский вирус, поражающий амёбу Acanthamoeba castellanii. Имеет икосаэдрический капсид с необычными придатками, имеющими сферические наконечники. Морфологически и филогенетически Medusavirus сильно отличается от остальных гигантских вирусов, поэтому предлагается выделить его в отдельное семейство Medusaviridae.
Duplodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, по состоянию на 2023 год включающий единственное царство Heunggongvirae. Выделение данного реалма было предложено в 2019 году.
Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Anelloviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих вирусов неясного систематического положения. Представители семейства инфицируют позвоночных и имеют капсид без оболочки с икосаэдрическим типом симметрии. Геном представлен одноцепочечной молекулой ДНК отрицательной полярности длиной от 2 до 4 тысяч нуклеотидов, замкнутой в кольцо. Репликация происходит по механизму катящегося кольца с участием ДНК-полимеразы клетки-хозяина. В семейство входит примерно 200 видов вирусов.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
Pseudoviridae — семейство вирусов, включающее три рода.
