Зеравшан, Зарафшан — река в Таджикистане и Узбекистане. В древности являлась притоком Амударьи, в настоящее время не доходит до неё из-за разбора воды на орошение, разделяясь на рукава в Бухарском и Каракульском оазисах. Зеравшан орошает земли с богатой культурной историей.
Шахдара́, также Джаушангоз, Джавшангоз — река на юго-западе Памира в Таджикистане, левый приток Гунта. Протекает главным образом между Шугнанским и Шахдаринским хребтами. Питание преимущественно снеговое и ледниковое. Обычно не замерзает.
Барта́нг — правый приток реки Пяндж, протекающий по афганской провинции Бадахшан и таджикской Горно-Бадахшанской автономной области. Длина реки — 528 км. Площадь бассейна 24 700 км². Питание реки в основном ледниковое и снеговое. Максимальный сток наблюдается в августе. Среднегодовой расход воды в устье — 128 м³/с.
Исфара́ — река бассейна Сырдарьи в Баткенской области Кыргызстана, Согдийской области Таджикистана и Ферганской области Узбекистана. В верхнем течении носит название Ак-суу (Аксу), в среднем течении — Каравшин, Каравшан.
Барвоз — джамоат в Рошткалинском районе Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана.
Язгуле́м — река в Республике Таджикистан, правый приток Пянджа в Ванчском районе, на западе Горно-Бадахшанской автономной области.
Санза́р, Сангзар — река в Джизакской области Узбекистана, крупнейшая река области вместе с Зааминсу.
Кокча — река в Афганистане расположенная в провинциях Бадахшана и Тахара. Левый приток Пянджа. Образуется от слияния Яхшиндара и Мунджана питающихся на северных склонах Гиндукуша. Крупнейший приток Вардудж (правый).
Зеравшан — посёлок городского типа в Согдийской области Таджикистана, входит в Айнинский район.
Фандарья — река в Таджикистане, левый приток реки Зеравшан. Длина — 24 километра, площадь бассейна — 3230 км², расход воды — 62,6 м³/с.
Ягноб (тадж. Яғноб) — правый приток Фандарьи на севере Таджикистана.
Маргузо́р — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 2139,2 метров над уровнем моря. Длина — 2,65 км, средняя ширина — 0,423 км. Наибольшая глубина — 46,7 м. Общая площадь акватории озера 1,16 км². Площадь водосбора — 178 км².
Изшор, Гушор или Хушьёр — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 1771 метров над уровнем моря.
Шинг — река, протекающая по территории Пенджикентского района Согдийской области Таджикистана. Правый и самый крупный приток реки Могиендарья впадающий в него в 22 км от устья. На реке расположены семь озёр, шесть из которых считаются завальными и входят в систему Маргузорских озёр. В Зеравшанской долине река Шинг считается одним из экологически чистых источников воды.
Кштут — река, протекающая по территории Пенджикентского района Согдийской области Таджикистана. Левый приток реки Зеравшан впадающий в него в 627 км от устья. Основные притоки — Сарымат, Негнот (левые) и Дарьяуреч (правый).
Зерабад — река протекающая по территории Айнинского района Согдийской области Таджикистана. Левый приток реки Зеравшан впадающий в него в 674 км от устья. Берёт начало на северных склонах Зеравшанского хребта на высотах более 2000 метров над уровнем моря. В устьевой части протекает по восточной окраине одноимённого посёлка.
Мадм — река протекающая по территории Айнинского района Согдийской области Таджикистана. Левый приток реки Зеравшан впадающий в него в 660 км от устья. Берёт начало на северных склонах Зеравшанского хребта. В среднем течении перед одноимённым посёлком река разбивается на рукава, затем за посёлком вновь сливается в единое русло.
Вашан — река протекающая по территории Айнинского района Согдийской области Таджикистана. Левый приток реки Зеравшан впадающий в него в 653 км от устья. Берёт начало на северных склонах Зеравшанского хребта. В среднем течении пересекает одноимённый посёлок.
Лангар — река протекающая по территории Айнинского района Согдийской области Таджикистана. Правый приток реки Зеравшан впадающий в него в 650,7 км от устья. Берёт начало на южных склонах Туркестанского хребта в 1 км на юго-западе от перевала Гуралаш. В устьевой части пересекает восточную часть посёлка Урметан.
Риват — река протекающая по территории Айнинского района Согдийской области Таджикистана. Левый приток реки Зеравшан впадающий в него в 643 км от устья. Притоки с названиями — Тангисой, Мустегарсой. Берёт начало на северных склонах Зеравшанского хребта в 1,3 км на северо-востоке от высоты 4526,7 м. В среднем течении пересекает одноимённый посёлок.
— исток, 
— устье