
Мо́йка, — сквозной проток в южной (левой) части дельты Невы. Представляет собой впадающий в Большую Неву правый рукав реки Фонтанки, вытекающий из неё по южной границе Летнего сада и Марсова поля.

Канал Грибое́дова — канал в Санкт-Петербурге, берущий начало от реки Мойки у Марсова поля и впадающий в Фонтанку у Мало-Калинкина моста. Длина канала составляет 5,1 км, ширина — 32 м, глубина — до 3,5 м, средний расход воды — 3,1—3,4 м³/с. Топоним также используется как обиходное наименование набережной канала Грибоедова.

Пря́жка — река в Санкт-Петербурге, вытекает из реки Мойки, впадает через бывший Сальнобуянский канал в Большую Неву. Длина — 1,32 км.
Общая протяжённость всех водотоков на территории Санкт-Петербурга достигает 282 км, а их водная поверхность составляет около 7 % всей площади города. Основная водная магистраль города — река Нева, которая впадает в Невскую губу Финского залива, относящегося к Балтийскому морю. В черте города есть множество рек, рукавов, протоков и каналов.

Не́вская губа́ — восточная часть Финского залива. В вершину Невской губы несколькими рукавами впадает река Нева. В дельте Невы находится город Санкт-Петербург.

Зи́мняя кана́вка — канал в Центральном районе Санкт-Петербурга, соединяющий Неву и Мойку в районе Зимнего дворца.

Морски́е воро́та — муниципальный округ № 31 в составе Кировского района Санкт-Петербурга.

Кра́сненькая — река, расположенная в юго-западной части Санкт-Петербурга в историческом районе Автово.

Ма́сляный канал — проезд в Василеостровском районе Санкт-Петербурга. Проходит от 23-й до Кожевенной линии.

Сальнобуя́нский кана́л — бывший канал в Санкт-Петербурге. Длина русла 255 м, ширина около 30 м.
Сельдяно́й канал — ныне засыпанный тупиковый канал в Санкт-Петербурге, находился в южной части Гутуевского острова.

Смоле́нка — река в Санкт-Петербурге. Берёт начало в Малой Неве и впадает в Финский залив. Река разделяет Васильевский остров и остров Декабристов и протекает по территориям муниципальных округов Васильевский, Морской и Остров Декабристов. Длина составляет приблизительно 3,7 км. Русло реки достаточно извилистое.

Площадь Труда́ — площадь в Адмиралтейском районе Санкт-Петербурга.

Тарака́новка — река на западе Санкт-Петербурга, приток Екатерингофки. Движение маломерных судов по реке запрещено.

Морской канал — искусственный фарватер в Невской губе, проходящий от устья реки Большая Нева до острова Котлин. Предназначен для прохода судов в морской порт Санкт-Петербурга. По каналу возможно движение судов с осадкой не более 11 метров, длиной не более 320 метров и шириной не более 42 метров. На берегу рейда Лесного мола в порту Санкт-Петербурга расположен «Задний створный маяк Санкт-Петербургского морского канала-Встречный» — четвёртый по высоте «традиционный» маяк в мире, самый высокий маяк в России — 73 метра и самый высокий створный маяк в мире.

«Большой порт Санкт-Петербург» — российский морской порт в восточной части Балтийского моря. Располагается в Санкт-Петербурге на побережье Невской губы в устье Невы. В порту имеется пассажирский терминал. Помимо причалов в восточной части Невской губы, имеются грузовые районы в Ломоносове, Бронке и Кронштадте. Площадь акватории порта составляет 617 км², протяжённость причальной линии — 22 км.

Бы́чий остров — остров в дельте Невы на территории Санкт-Петербурга, ограниченный Средней Невкой, Гребным каналом и Финским заливом.

Набережная Крю́кова канала — набережная в Санкт-Петербурге. Проходит от площади Труда до набережной реки Фонтанки. Набережная проходит по обеим сторонам канала: по нечётной стороне от набережной реки Мойки до набережной реки Фонтанки, по чётной — от площади Труда до набережной реки Мойки, от набережной реки Мойки до улицы Декабристов, от Театральной площади до проспекта Римского-Корсакова, от Садовой улицы до набережной реки Фонтанки.

Гребно́й канал — спортивное сооружение в Петроградском районе Санкт-Петербурга на Крестовском острове. Создан в русле реки Винновка, прежде являвшейся коротким протоком в устье Средней Невки.
Батарейная — бывшая протока Санкт-Петербурга, протекавшая по территории нынешнего Гутуевского острова. Большей частью засыпана в XX веке.