Вы́тегра — река в Вытегорском районе Вологодской области, часть Волго-Балтийского водного пути.
Верхняя Охтома, в верховьях Охтома — река в России, протекает в Карелии и Архангельской области. Впадает в озеро Нельмозеро, из которого вытекает Нижняя Охтома, правый приток Илексы. Длина реки — 25 км, площадь водосборного бассейна — 190 км². Протекает вдали от населённых пунктов.
Ве́рхняя — река в России, протекает по территории Онежского района Архангельской области.
Выжига — река в России, протекает по Онежскому району Архангельской области. Устье реки находится в 53 км по левому берегу реки Илекса. Длина реки составляет 15 км, площадь водосборного бассейна — 113 км².
Ельга — река в России, протекает по Онежскому району Архангельской области. Устье реки находится в 5,5 км по левому берегу реки Нижняя Охтома, впадающей в реку Илекса. Длина Ельги составляет 20 км, площадь водосборного бассейна — 137 км².
Кукурека — река в Вытегорском районе Вологодской области России, впадает в озеро Большое.
Мегеда — река в России, протекает в Архангельской области и Республике Карелия. Впадает в озеро Новгудозеро, из которого вытекает Новгуда — приток Илексы.
Ме́льничная — река в России, протекает в Онежском районе Архангельской области. Впадает в реку Илексу. Длина реки составляет 22 км.
Не́локса — река на северо-западе России, протекает по территории Онежского района Архангельской области.
Нижняя Колонжа — река в России, протекает по Пудожскому району Карелии. Устье реки находится в Колонжозере, через которое протекает Илекса, в 6 км по правому берегу Илексы. Длина реки составляет 20 км, площадь водосборного бассейна — 90,6 км².
Нижняя Охтома — река в России, протекает по территории Онежского района Архангельской области, недалеко от его границы с Пудожским районом Карелии.
Новгуда — река в России, протекает по Пудожскому району Карелии.
Оло́ва — река на северо-западе России, левый приток Илексы, протекает по территории Онежского района Архангельской области.
Педажрека (Медал) — река в Вытегорском районе Вологодской области России, правый приток Мегры.
Саменжа — река в Вытегорском районе Вологодской области России, левый приток Андомы.
Северная Тухта — река в Вытегорском районе Вологодской области России, правый приток Андомы.
Тунуда — река на северо-западе России, правый приток Илексы. Протекает по Онежскому району Архангельской области, по территории Водлозерского национального парка.
Ухта — река на северо-западе России, левый приток Илексы, протекает по территории Онежского района Архангельской области. Одна из немногих рек Архангельской области, относящихся к бассейну Атлантического океана. Вытекает из Ухтозера. Устье реки находится в 112 км по левому берегу реки Илекса. Длина реки составляет 19 км, площадь водосборного бассейна — 125 км².
Чусрека́ — река в России, протекает в Онежском районе Архангельской области. Устье реки находится в 98 км по левому берегу реки Илекса. Длина реки составляет 63 км, площадь водосборного бассейна — 724 км². В 8 км от устья, по левому берегу реки впадает река Пеможа. В 37 км от устья, по правому берегу реки впадает река Большой Енгиш.
Илекса — река в Вытегорском районе Вологодской области России. Река берёт начало из Иготозера, впадает в озеро Матенжское. Длина реки составляет 34 км.
