
В Эстонии насчитывается около 7000 рек и ручьёв, из них 423 длиной более километра, из них 10 длиной более 100 км.

Пи́рита , ранее также Бриги́товка — река на территории Эстонии. Впадает в Финский залив Балтийского моря. Одна из самых больших рек уезда Харьюмаа.

Пы́лтсамаа — река в центральной части Эстонии.

Казари — река на территории западной Эстонии. Впадает в залив Матсалуский залив Балтийского моря.

Кейла — река на северо-западе Эстонии, берущая начало в болоте Лоосалу, находящемся в Рапласком уезде к югу от Юуру, и впадающая в Финский залив в малом посёлке Кейла-Йоа. Длина реки — 111,8 км, площадь водосборного бассейна — 669,3 км². Кейла — самая длинная река Финского залива. Основными притоками являются Атла и Майдла.

Вы́ханду — самая длинная река Эстонии. Река берёт своё начало в окрестностях деревушки Саверна, пересекает озеро Йыкси и впадает в Тёплое озеро недалеко от деревни Выыпсу. Длина реки Выханду составляет 162 километра, а площадь бассейна 1420 км². Выше по течению от озера Вагула река также носит имя Пюхайыги, а вниз по течению — Воо.

Я́гала — река, протекающая по территории Эстонии, своё начало берёт с западного склона возвышенности Пандивере, впадает в Финский залив.

А́хья — река в Эстонии, является крупнейшим правым притоком реки Эмайыги. Длина реки 103,4 км, площадь бассейна 1074,3 км², высота истока 87 метров. Другое название: Ая (Aya); в верхнем течении: ручей Тиллеоя, река Тилле, в среднем течении: река Таэваскоя.

Ы́хне — река в Эстонии. 3,5 км реки протекает по территории Латвии.

Халлисте — река в юго-западной части Эстонии.

А́мме — река в Эстонии.

Па́ндивере — одна из четырёх крупнейших возвышенностей в северной и центральной части Эстонии. Расположена на волнистой равнине высотой до 166 м. Названа по одноимённой деревне Пандивере волости Вяйке-Маарья уезда Ляэне-Вирумаа, расположенного в северо-восточной части Эстонии.

Ра́удна — река в Эстонии. Длина реки составляет 62,9 км, площадь бассейна равна, по разным данным, 1140 или 1124,9 или 1122,5 км². Падение — 24 м. Средний расход воды — 9,5 м³/с.

Ку́ллавере — река на востоке Эстонии в уезде Йыгевамаа. Одна из крупнейших рек в районе северо-западного побережья Чудского озера.

Кя́ру — река в Эстонии. Длина — 58,7 км, с ответвлениями — 72,4 км, площадь водосборного бассейна — 315,5 км².

Пе́дели, Пе́деле — река в Эстонии и Латвии.

Пе́эли, Пи́йли, Пе́лльупите, Пи́льупите — река в Эстонии и Латвии.

Ве́лизе — река на западе материковой части Эстонии, течёт по территории волостей Мярьямаа, Рапла и Кехтна в уезде Рапламаа, а также волости Ляэнеранна в уезде Пярнумаа. Левый приток нижнего течения реки Вигала.

Элва — река на юго-востоке Эстонии, течёт по территории уездов Пылвамаа, Валгамаа и Тартумаа. Правый приток верхнего течения Суур-Эмайыги (Эмайыги).

Педья — железнодорожная станция в поселке Педья в волости Йыгева уезда Йыгевамаа (Эстония), на линии Тапа — Тарту. Находится в 55,3 км от Тапа, 57,2 км от Тарту и в 132,9 км от Таллина.