Изомери́я — явление, заключающееся в существовании химических соединений — изомеров, — одинаковых по атомному составу и молекулярной массе, но различающихся по строению или расположению атомов в пространстве и, вследствие этого, по свойствам.

Эфедри́н — психоактивный ядовитый алкалоид-адреномиметик, содержащийся в различных видах эфедры, в том числе в эфедре хвощовой, растущей в горных районах Средней Азии и Западной Сибири, и лат. Ephedra monosperma, растущей в Забайкалье.

Конфигурация — постоянная геометрия молекулы, которая является результатом пространственного расположения её химических связей и атомов. Способность одного и того же набора атомов образовывать две и более разные молекулы разной конфигурации носит название стереоизомерия. Лекарственные средства одинакового химического состава, но разной конфигурации обладают разными физиологическими активностями, включая фармакологический эффект, токсикологию и метаболизм.
Гидри́рование (гидрогениза́ция) — химическая реакция, включающая присоединение водорода к органическому веществу. В ходе данной реакции молекула водорода присоединяется к двойной или тройной связи молекулы. Если в результате гидрирования происходит разрыв связи углерод — углерод или углерод — гетероатом, то такой процесс называется гидрогенолизом.

SMILES — система правил (спецификация) однозначного описания состава и структуры молекулы химического вещества с использованием строки символов ASCII. Название в английском языке является омонимом к слову smiles (улы́бки), однако пишется только заглавными буквами. В русском языке однозначного аналога не имеет, рекомендуется употребление на языке оригинала. Произносится как «смайлз».

Ко́мплексные соедине́ния или координацио́нные соедине́ния — это соединения, которые образуются в результате присоединения к данному иону, называемому комплексообразователем, нейтральных молекул или других ионов, называемых лигандами. Теория комплексных соединений была предложена в 1893 г. А. Вернером.

Циклоалка́ны (также полиметиленовые углеводороды, нафтены, цикланы, или циклопарафины) — циклические насыщенные углеводороды, относятся к насыщенным карбоциклическим соединениям. Могут содержать боковые цепи, содержащие углеводородные (алкильные) заместители, соединенные с циклом. Все атомы углерода циклоалканов находятся в sp3-гибридизированном состоянии. Моноциклические (содержащие один цикл) циклоалканы образуют гомологические ряды с общей формулой CnH2n. Простейшим циклоалканом является циклопропан(цикло-С3H6). По числу атомов углерода в цикле циклоалканы делят на малые – циклопропан и циклобутан, обычные – циклопентан, циклогексан и циклогептан, средние – от циклооктана (8 атомов углерода) до циклододекана (12 атомов углерода), большие – с 13 и более атомами в карбоцикле.

Декалин, декагидронафталин, пергидронафталин, бицикло-[4.4.0]-декан, C10H18 — алициклический углеводород; бесцветная, сильно пахнущая жидкость.

Азобензол C6H5N=NC6H5 — простейшее ароматическое азосоединение.
Трансжиры́ — разновидность ненасыщенных жиров, находящихся в транс-конфигурации, то есть имеющих расположение углеводородных заместителей по разные стороны двойной связи «углерод-углерод».

Циперметри́н — (R,S)-a-циано-3-феноксибензил (1RS)-цис-транс-3-(2,2-дихлорвинил)-2,2-диметилциклопропанкарбоксилат относится к пиретроидам второго поколения.

Пентены (амилены) — общее название для непредельных углеводородов гомологического ряда алкенов с химической формулой С5Н10.

Дифтордиазин — неорганическое соединение, фторпроизводное диимида с формулой N2F2, бесцветный газ, имеет два цис-транс изомера.
Циклоалке́ны — ненасыщенные моноциклические углеводороды, имеющие ровно одну двойную связь между двумя атомами углерода цикла. Общая формула CnH2n − 2. Название образуется из названия соответствующего циклоалкана с заменой суффикса -ан на -ен.
Гексе́ны — общее название для изомерных органических соединений состава C6H12, относящихся к алкенам.

Реакция Прилежаева — взаимодействие алкенов с надкислотами с образованием оксиранов (эпоксидов). Открыта российским и советским химиком органиком Н. А. Прилежаевым в 1909 г.

Цис-транс-изомерия или геометрическая изомерия — один из видов стереоизомерии: заключается в возможности расположения заместителей по одну или по разные стороны плоскости двойной связи или неароматического цикла. Все геометрические изомеры относятся к диастереомерам, так как не являются зеркальными отражениями друг друга. Цис- и транс-изомеры встречаются как среди органических соединений, так и среди неорганических. Понятия цис и транс не используются в случае конформеров, двух геометрических форм, легко переходящих друг в друга, вместо них используются обозначения «син» и «анти».

Циклооктен — восьмичленный (восьмиуглеродный) циклоалкен, самый маленький среди циклоалкенов, который может существовать в цис- и транс-формах. Его цис-изомер может принимать различные стереоконформации, наиболее устойчивый из цис-конформеров имеет форму ленты, наиболее устойчивый транс-конформер имеет форму кресла.
Тест Курнакова, также известный как реакция Курнакова, представляет собой химический тест, который различает пары цис- и транс-изомеров [PtA2X2] (A = NH3, X = галоген или псевдогалогенид). При обработке тиомочевиной транс-дигалогениды дают менее растворимые белые продукты, тогда как цис-дигалогениды дают более растворимые жёлтые продукты. Этот тест до сих пор используется для анализа образцов лекарственного препарата цисплатин, но он представляет, в основном, педагогический интерес, так как демонстрирует транс-эффект.
Полипролиновая спираль — это тип вторичной структуры белка, который встречается в последовательностях аминокислот, содержащих повторяющиеся остатки пролина. Левозакрученная спираль полипролина II образуется, когда все последовательные аминокислотные остатки принимают двугранные углы основной цепи примерно и имеют транс- изомеры своих пептидных связей. Эта конформация PPII также характерна для белков и полипептидов с другими аминокислотами, кроме пролина. Аналогичным образом, более компактная правозакрученная спираль полипролина I образуется, когда все последовательные остатки принимают двугранные углы основной цепи примерно и имеют цис- изомеры своих пептидных связей. Из двадцати обычных встречающихся в природе аминокислот только пролин, вероятно, принимает цис- изомер пептидной связи, особенно пептидную связь X-Про; стерические и электронные факторы в значительной степени благоприятствуют транс- изомеру в большинстве других пептидных связей. Однако пептидные связи, которые заменяют пролин другой N- замещенной аминокислотой, также могут принимать цис- изомер.