Плазми́ды — небольшие молекулы ДНК, физически обособленные от хромосом и способные к автономной репликации. Главным образом плазмиды встречаются у бактерий, а также у некоторых архей и эукариот. Чаще всего плазмиды представляют собой двухцепочечные кольцевые молекулы. Несмотря на способность к размножению, плазмиды, как и вирусы, не рассматриваются в качестве живых организмов.
Полимера́зная цепна́я реа́кция (ПЦР) — метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты в биологическом материале (пробе).
Амплификация, в молекулярной биологии — процесс образования дополнительных копий участков хромосомной ДНК, как правило, содержащих определённые гены либо сегменты структурного гетерохроматина. Амплификация может быть ответом клеток на селективное воздействие. Амплификация — один из механизмов активации онкогенов в процессе развития опухоли, например, онкогена N-myc при развитии нейробластомы. Также амплификация — накопление копий определенной нуклеотидной последовательности во время ПЦР — полимеразной цепной реакции.
Реплика́ция ДНК — процесс создания двух дочерних молекул ДНК на основе родительской молекулы ДНК. Репликацию ДНК осуществляет сложный комплекс, состоящий из 15—20 различных белков-ферментов, называемый реплисомой. С помощью специальных ферментов двойная спираль материнской ДНК расплетается на две нити, на каждой образовавшейся нити достраивается вторая нить, образуя две идентичных дочерних молекулы ДНК, которые затем скручиваются в отдельные спирали. В ходе последующего деления материнской клетки каждая дочерняя клетка получает по одной копии молекулы ДНК, которая является идентичной ДНК исходной материнской клетки. Этот процесс обеспечивает точную передачу генетической информации из поколения в поколение.
Транскри́пция — происходящий во всех живых клетках процесс синтеза РНК с использованием ДНК в качестве матрицы; перенос генетической информации с ДНК на РНК.
ДНК-полимераза — фермент, участвующий в репликации ДНК. Ферменты этого класса катализируют полимеризацию дезоксирибонуклеотидов вдоль цепочки нуклеотидов ДНК, которую фермент «читает» и использует в качестве шаблона. Тип нового нуклеотида определяется по принципу комплементарности с шаблоном, с которого ведётся считывание. Собираемая молекула комплементарна шаблонной моноспирали и идентична второму компоненту двойной спирали.
Экзонуклеазы — белки из группы нуклеаз, отщепляющие концевые мононуклеотиды от полинуклеотидной цепи путём гидролиза фосфодиэфирных связей между нуклеотидами.
Праймер — короткий фрагмент нуклеиновой кислоты (олигонуклеотид), комплементарный ДНК- или РНК-мишени; служит затравкой для синтеза комплементарной цепи с помощью ДНК-полимеразы. Затравка необходима ДНК-полимеразам для инициации синтеза новой цепи, с 3'-конца праймера. ДНК-полимераза последовательно добавляет к 3'-концу праймера нуклеотиды, комплементарные матричной цепи.
Фрагменты Оказаки — относительно короткие фрагменты ДНК, которые образуются на отстающей цепи в процессе репликации ДНК. Длина фрагментов Оказаки у E. coli составляет около 1000—2000 нуклеотидов, а у эукариот — обычно 100—200 нуклеотидов.
В молекулярной биологии процессивность — это способность фермента осуществлять последовательность химических реакций, без высвобождения субстрата. Наиболее часто о процессивности говорят для ДНК-полимераз, где процессивность может выражаться как среднее количество нуклеотидов, присоединяемое ферментом ДНК-полимеразой за один акт связывания/диссоциации с матрицей. ДНК-полимеразы, которые осуществляют репликацию ДНК, как правило, имеют высокую процессивность, в то время как те, которые осуществляют репарацию ДНК, имеют низкую процессивность.
DnaG — это праймаза, которая синтезирует праймер рибонуклеиновой природы. Основная функция фермента DnaG — синтез праймеров фрагментов Оказаки у E. coli.
Пререпликацио́нный ко́мплекс — комплекс белков, который образуется на стадии инициации репликации ДНК. Белки, которые принимают участие в пререпликационном комплексе, строго необходимы для репликации.
Классификация вирусов по Балтимору — способ классификации вирусов в группы в зависимости от типа геномной нуклеиновой кислоты и способа её репликации. Предложена американским учёным Дэвидом Балтимором в 1971 году.
Гепаднавирусы — семейство вирусов, вызывающих заболевания печени у человека и животных.
Репликация по типу катящегося кольца — процесс однонаправленной репликации нуклеиновой кислоты, в ходе которого быстро синтезируются множественные копии кольцевых молекул ДНК или РНК, например, плазмид, геномов бактериофагов и кольцевых РНК вироидов. Некоторые вирусы эукариот также подвергают свой геном репликации по такому механизму.
ДНК-полимераза альфа или ДНК-полимераза α — эукариотический ферментативный комплекс, который участвует в репликации ДНК. ДНК-полимераза α является частью комплекса из четырёх субъединиц, две из которых представляют собой собственно полимеразу, а две — эукариотическую праймазу.
Кинетопла́ст — сеть молекул кольцевых ДНК (кДНК), находящаяся в гигантских митохондриях и содержащая множество копий митохондриального генома. Чаще всего кинетопласт имеет форму диска, хотя из этого правила известны и исключения. Кинетопласт имеется только у простейших класса кинетопластиды. Вариации структуры кинетопласта могут отражать филогенетические связи внутри кинетопластид. Кинетопласт обычно находится вблизи базального тельца жгутика, поэтому, вероятно, прочно связан с цитоскелетом. Кинетопласт можно легко визуализировать в клетках при помощи окрашивания DAPI.
РНК-зависимая РНК-полимераза, или РНК репликаза — фермент, катализирующий репликацию РНК. Использование РНК в качестве матрицы принципиально отличает РНК репликазу от более распространенной среди современных живых организмов ДНК-зависимой РНК-полимеразы, которая катализирует транскрипцию.
Рибонуклеаза H — является семейством ферментов, которые катализируют расщепление РНК и гибридные молекулы РНК / ДНК, которые образуются во время репликации и репарации и которые могут привести к нестабильности ДНК. Члены семейства РНКазы H можно встретить почти во всех организмах, от бактерий и археи до эукариот.
Репликация ДНК в бактериальных клетках — это процесс, посредством которого прокариотическая клетка дублирует свою ДНК, передавая одну из копий своим дочерним клеткам. Хотя зачастую этот процесс изучается в модельном организме E.coli, другие бактерии имеют схожие механизмы. Репликация является двунаправленной и начинается с точки Origin репликации (OriC) и продолжается до тех пор, пока весь репликон не будет дуплеципрован.
