Бакте́рии — домен прокариотических микроорганизмов. Бактерии обычно достигают нескольких микрометров в длину, их клетки могут иметь разнообразную форму: от шарообразной до палочковидной и спиралевидной. Бактерии — одна из первых форм жизни на Земле и встречаются почти во всех земных местообитаниях. Они населяют почву, пресные и морские водоёмы, кислые горячие источники, радиоактивные отходы и глубинные слои земной коры. Бактерии часто являются симбионтами и паразитами растений и животных. Большинство бактерий к настоящему времени не описано, и представители лишь половины отделов бактерий могут быть выращены в лаборатории. Бактерии изучает наука бактериология — раздел микробиологии.
Архе́и — домен живых организмов. Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра, а также каких-либо мембранных органелл.
16S рРНК — один из трёх основных типов рРНК, образующих основу рибосом прокариот. Цифры в названии рРНК равны значению константы седиментации. Соответственно, для данной молекулы это значение равно 16S. Всего в прокариотических микроорганизмах обнаружено три типа рРНК: 23S и 5S в большой субъединице рибосомы (50S), 16S в малой субъединице рибосомы (30S). Аналогично, константы двух других молекул рРНК равны 23 и 5 S соответственно. Эукариотическим аналогом 16S рРНК является 18S рРНК.
Анаммо́кс (сокр. от англ. anaerobic ammonium oxidation — анаэробное окисление аммония) — один из ключевых микробных процессов в круговороте азота. Бактерии, осуществляющие этот процесс, были открыты в 1999 году, и в своё время описание этого процесса стало большим сюрпризом для научного сообщества. Уравнение процесса:
- NH4+ + NO2− → N2 + 2H2O.
Трансформа́ция — процесс поглощения бактериальной клеткой молекулы ДНК из внешней среды. Для того, чтобы быть способной к трансформации, клетка должна быть компетентной, то есть молекулы ДНК должны иметь возможность проникнуть в неё через клеточные покровы. Трансформация активно используется в молекулярной биологии и генетической инженерии.
Кренархео́ты — тип в составе домена архей, включающий единственный класс Thermoprotei Reysenbach 2002. Тип выделен на основании анализа последовательностей 16S рРНК.
Klebsiella pneumoniae — вид грамотрицательных факультативно-анаэробных палочковидных капсульных неподвижных бактерий, относящийся к роду клебсиелл. Встречается повсеместно в окружающей среде, в том числе в почве и поверхностных водах.
Протеобактерии — наиболее многочисленная группа бактерий — 1534 вида или примерно треть от всех известных видов бактерий.
Deinococcus radiodurans (лат.) — грамположительный, экстремофильный кокк рода Deinococcus. Является одной из самых устойчивых бактерий к действию ионизирующего излучения. Впервые был выделен из консервированного мяса, подвергнутого действию гамма-излучения с целью изучения возможности стерилизации. Описан в 1960 году под названием Micrococcus radiodurans, переведён во вновь созданный род Deinococcus в 1981 году. Разрабатываются способы использования Deinococcus radiodurans в биоочистке радиоактивно неблагополучных сточных вод.
Планктомице́ты — тип грамотрицательных бактерий, отличающихся уникальной клеточной структурой, а именно наличием сложной системы замкнутых мембран. В частности, у некоторых представителей нуклеоид находится в ядерном тельце, окружённом двойной мембраной. Некоторые виды осуществляют анаммокс — процесс анаэробного окисления аммиака, в ходе которого образуется элементарный азот).
Ротавирусы — род вирусов с двунитевой сегментированной РНК, принадлежащий к семейству реовирусов (Reoviridae), возбудители ротавирусной инфекции.
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Methanopyrus kandleri (лат.) — вид метанообразующих архей из типа эвриархеот, выделенный в собственный класс Methanopyri.
Устойчивость к противомикробным препаратам возникает, когда микробы развивают механизмы, которые защищают их от воздействия противомикробных препаратов. Антибио́тикорезисте́нтность — это частный случай устойчивости к противомикробным препаратам, когда бактерии становятся устойчивыми к антибиотикам. Устойчивые микробы труднее лечить, требуются более высокие дозы или альтернативные лекарства, которые могут оказаться более токсичными. Эти подходы также могут быть более дорогими.
Thaumarchaeota — тип архей, содержащий по всего 3 культивируемых вида и около 20 кандидатов (Candidatus). Все открытые на данный момент представители являются хемолитотрофами и окисляют аммиак. Они могут играть важную роль в биохимическом круговороте веществ, в частности круговороте азота.
Микробиота кишечника — микроорганизмы, которые живут в желудочно-кишечном тракте в симбиозе с носителем.
Ацетогены — прокариоты, которые выделяют ацетат (CH3COO−) в качестве конечного продукта анаэробного дыхания или гомоацетатного брожения. Однако обычно этот термин используется в более узком смысле: только в отношении бактерий и архей, которые одновременно осуществляют анаэробное дыхание и фиксацию углерода в восстановительном ацетил-КоА-пути (путь Вуда — Льюнгдаля). Этот процесс известен как ацетогенез. Ацетогенов следует отличать от уксуснокислых бактерий, которые выделяют ацетат, получающийся в результате неполного аэробного окисления этилового спирта до уксусной кислоты.
Thioploca (лат.) — род гамма-протеобактерий из порядка Thiotrichales. Нитчатые серные бактерии, которые встречаются на глубине до 3000 метров у западного побережья Южной Америки, а также встречаются в пресноводных водоемах по всему миру. Большая вакуоль занимает более 80 % объёма их клеток и запасает растворенный нитрат. Также бактерия ассимилирует сульфиды и накапливает элементную серу внутри клеток, которые используются для получения энергии путём окисления сульфида и серы нитратом. Концентрация нитрата в вакуоли чрезвычайно высока, хотя осадочные породы, в которых они живут, содержат относительно мало азота. Поскольку данный тип бактерий использует как соединения серы, так и азота, они могут обеспечить важную связь между циклами азота и серы. Отличительной особенностью сероокисляющих бактерий рода Thioploca является слизистый чехол, который они используют в качестве туннеля для перемещения между восстановленным сульфидосодержащим осадком и придонной водой, содержащей нитрат.
Acidobacteria (лат.) — тип бактерий. Представители типа широко распространены и имеют разнообразный метаболизм, особенно много их обнаруживается в почве. Однако лишь немногих представителей удалось культивировать.
Thiomargarita (лат.) — род бактерий семейства Thiotrichaceae, по состоянию на 2022 год включающий четыре вида: Thiomargarita namibiensis, Candidatus Thiomargarita nelsonii, Ca. Thiomargarita joergensii и Ca. Thiomargarita magnifica. Представители рода являются серными бактериями, содержащими вакуоли. До открытия Ca. Thiomargarita magnifica бактерии вида Thiomargarita namibiensis считались крупнейшими из известных науке бактерий: диаметр их клеток, как правило, составляет 0,1—0,3 мм, клетки имеют шаровидную форму и видны невооружённым глазом. В 2022 году в мангровых зарослях Гваделупы была описана бактерия Ca. Thiomargarita magnifica, клетки которой могут достигать в длину до 2 см.
