На территории Ульяновской области находятся следующие особо охраняемые природные территории (ООПТ): 1 национальный парк, 16 заказников, 125 памятников природы областного значения и ряд ООПТ местного значения. На территории области находится также частично охранная зона заповедника Приволжская лесостепь.
Красноярский — остров в Мелекесском районе Ульяновской области. Занесён в соответствующий кадастр как ООПТ Ульяновской области «Остров „Борок“» — зоологический, комплексный памятник природы.

Гора Алеутас — урочище, расположенное в 2 км к северу от бывшего посёлка Прохладного на междуречье рек Куралы и Бердянки близ отметки 284,9 м, в 10,5 км к юго-востоку от села Перовка, в Соль-Илецком районе Оренбургской области. Памятник природы регионального значения.

Медве́жье — бессточное солёное озеро в России, расположенное в Петуховском районе Курганской области, в междуречье Тобола и Ишима. Площадь поверхности — 63,88 км². Высота над уровнем моря — 111 м. Охраняется как памятник природы и входит в состав Петуховского заказника.
Якутовский солёный источник — родник на левом берегу реки Казлаир. Расположен в Куюргазинском районе Башкортостана (Россия), в 2,5 км к северу от села Якутово. Дебет источника составляет 0,5 л/с, минерализация воды достигает 13 г/л.
Куселяровские серные (сероводородные) источники — памятник природы в Башкортостане, Салаватский район.

Алга — минеральный источник в Давлекановском районе Башкортостана, гидрологический памятник природы. В 2014 году реорганизован в состав природного парка Аслы-Куль.

Исток Урала — родник у подножия горы Нажимтау у южноуральского хребта Уй-Таш на высоте 637 м над уровнем моря, в 12 км от села Вознесенка Учалинского района Республики Башкортостан.
Заельцовский бор — лесной массив, бор, расположенный в Заельцовском районе Новосибирска.

Крыктытау — горный хребет Южного Урала, расположенный на восточной части Башкортостана Российской Федерации.

Боло́та Каре́лии — участки ландшафта, характеризующиеся обильным увлажнением и торфянной почвой на территории Республики Карелия.
Три Ива́на (Карасозе́рский) — родник в Медвежьегорском районе Республики Карелия, гидрологический памятник природы регионального значения. Площадь охраняемой зоны 125 га.

Родники́ горы́ Весёлой или Худяковские родники — родники природной питьевой воды, расположены в Иркутской области, южнее деревни Худякова. Земли Ангарского лесничества, Ушаковского участкового лесничества, Худяковская дача. Взяты под охрану как памятник природы. Охраняемая площадь 0,5 га, площадь охранной зоны 3,5 га.

Вашиндаройский водопад — гидрологический памятник природы, расположенный в Шатойском районе Чечни. Находится в 300 метрах к юго-западу от окраины села Вашендарой в долине реки Варанды. Высота водопада — 10,5 метров, ширина — 2-3 метра.
Минеральные источники Чанты-Аргуна — памятник природы, расположенный в Шатойском районе Чечни в 0,5 км севернее селения Зоны на надпойменной террасе правого берега реки Чанты-Аргун у автодороги Грозный — Шатой.
Минеральный источник Мелчхи — памятник природы, расположенный в Гудермесском районе Чечни в 2,5 км к югу от перекрёстка федеральной трассы М-29 с дорогой ведущей в село Мелчхи. Источник выходит из обнажения мощного пласта верхнечокракского песчаника в верховье короткой и неглубокой балки. Вода гидрокарбонатно-сульфатно-натриевая, температура +72-75 °C. Дебит 200 м³ в сутки.

Харачойский водопад — гидрологический памятник природы, расположенный в Веденском районе Чечни на северо-западной окраине горного селения Харачой. В известняковой пещере располагается источник со значительным дебитом. Вода течёт по неглубокой канавке, промытой в плотном известняке. В народе водопад называется «Девичья коса». Рядом с источником расположен памятник известному абреку Зелимхану Харачоевскому.
Чанты-Аргунский пресный источник — гидрологический памятник природы, расположенный в Шатойском районе Чечни на правом берегу реки Чанты-Аргун у дороги Грозный — Шатой в 2 км к югу от села Зоны. Источник выбивается из-под скалы. Известен с давних времён. Вода холодная и приятная на вкус. Источник, имеющий большой дебит, даёт начало ручью, впадающему в реку Чанты-Аргун. Источник благоустроен и находится в хорошем состоянии.

Урочище Белые ключи — самый крупный водораздельный лесной массив Илекского района, расположен в 12 км на северо-восток от с. Сладкова. Представляет собой нагорно-байрачную дубраву, расположенную на склонах и по вершинам логов. Склоны сложены песками и галечниками юры. Этот лесной массив — один из самых южных водораздельных дубрав Общего Сырта.