ДНК-метилтрансфера́зы (ДНК-метилазы, англ. DNA methyltransferase, DNA MTase, DNMT) — группа ферментов, катализирующих метилирование нуклеотидных остатков в составе ДНК. Активность метилтрансфераз, заключающаяся в переносе метильных (CH3—) групп на азотистое основание цитозин в составе ДНК, ведет к изменению свойств ДНК, при этом изменяется активность, функции соответствующих генов, а также пространственная структура нуклеиновой кислоты (конформация).
Альфа-галактозида́за, мелибиаза (melibiase) — фермент группы гликозил-гидролаз, способный отщеплять терминальные нередуцирующие остатки α-D-галактозы от α-D-галактозидов, как правило, с сохранением их оптической конфигурации, в частности, от галактозных олигосахаридов, галактоманнанов и галактолипидов.
Семе́йство GH1 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 5300 белков, содержащих домены семейства GH1, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано 22 ферментативных активности:
- β-глюкозидазная
- β-галактозидазная
- β-маннозидазная
- β-глюкуронидазная
- β-ксилозидазная
- β-D-фукозидазная
- флоризин-гидролазная
- экзо-β-1,4-глюканазная
- 6-фосфо-β-галактозидазная
- 6-фосфо-β-глюкозидазная
- стриктозидин-β-глюкозидазная
- лактазная
- амигдалин-β-глюкозидазная
- пруназин-β-глюкозидазная
- раукаффрицин-β-глюкозидазная
- тиоглюкозидазная
- β-примеверозидазная
- изофлавоноид-7-O-апиозил-β-глюкозидазная
- ABA-специфичная β-глюкозидазная
- DIMBOA β-глюкозидазная
- β-глюкозидазная
- гидроксиизоурат-гидролазная
Семе́йство GH27 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 550 белков, содержащих домены семейства GH27, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано пять энзиматических активностей: α-галактозидазная, α-N-ацетилгалактозаминидазная, β-L-арабинопиранозидазная, изомальтодекстраназная и галактан:галактан галактотрансферазная (К.Ф.3.2.1.-). Вместе с семействами GH31 и GH36 семейство GH27 образует клан GH-D. В пределах семейства GH27 выделяют шесть подсемейств: GH27a-GH27f.
Протеинкина́зы — подкласс ферментов киназ (фосфотрансфераз). Протеинкиназы модифицируют другие белки путём фосфорилирования остатков аминокислот, имеющих гидроксильные группы или гетероциклической аминогруппы гистидина.
Эндо-α-N-ацетилгалактозаминида́зы – бактериальные гликозил-гидролазы, способные гидролизовать α-O-гликозидную связь между галактозил-β1,3-N-ацетил-D-галактозамином и серином или треонином в разнообразных гликопротеинах животного происхождения. При этом аномерная конфигурация субстрата сохраняется у продукта реакции. Молекула эндо-α-N-ацетилгалактозаминидазы Bifidobacterium longum и Streptococcus pneumoniae состоит из восьми доменов. Каталитический домен на основании своего строения отнесён к семейству GH101 гликозил-гидролаз.
Убиквитинлигаза — фермент-лигаза, ковалентно присоединяющий убиквитин к белку-мишени изопептидной связью. Убиквитинлигазы являются частью системы убиквитинопосредованного распада белка в протеасомах. Известно, что протеасома расщепляет не любые белки, а только те, которые были «помечены» убиквитином. Убиквитинлигазы специфично узнают белки-субстраты и участвуют в их полиубиквитинировании, которое, в конечном счёте, приводит к деградации последних в протеасомах. Кроме этого, убиквитинлигазы осуществляют и другие модификации белков убиквитином, такие как моноубиквитинирование и мультиубиквитинирование, которые имеют регуляторное значение. В геноме человека обнаружено более 500 генов убиквитинлигаз.
Семе́йство GH36 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 1100 белков, содержащих домены семейства GH36, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано четыре энзиматические активности: α-галактозидазная, α-N-ацетилгалактозаминидазная, стахиозосинтазная и раффинозосинтазная. Вместе с семействами GH27 и GH31 семейство GH36 образует клан GH-D. В пределах семейства GH36 выделяют 11 основных подсемейств, которые было предложено рассматривать как самостоятельные семейства GH36A-GH36K в виду отсутствия монофилетического происхождения у генов белков этого семейства.
Семе́йство GH31 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 2000 белков, содержащих домены семейства GH31, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано 11 энзиматических активностей: глюкоамилазная, изомальтазная, α-глюкозидазная, α-маннозидазная, сахаразная, α-1,3-глюкозидазная, α-1,4-глюканлиазная, α-ксилозидазная, олигосахарид альфа-1,4-глюкозилтрансферазная, 6-α-глюкозилтрансферазная, 3-α-изомальтозилтрансферазная. Вместе с семействами GH27 и GH36 семейство GH31 образует клан GH-D. В пределах семейства GH31 выделяют 38 подсемейств (I-XXXVIII). Для белков этого семейства характерна консервативная доменная структура: наряду с каталитическим доменом GH31 обычно присутствуют ещё 3 дополнительных домена, образующие эволюционно консервативный модуль. Некоторые белки хордовых животных имеют два и более таких модуля, расположенных тандемно.
Семе́йство GH97 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 100 белков, содержащих домены семейства GH97, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано две ферментативные активности: α-глюкозидазная и α-галактозидазная. В пределах семейства GH97 выделяют пять основных подсемейств (GH97a-GH97e). Для белков этого семейства характерна консервативная доменная структура: наряду с центральным каталитическим доменом GH97 обычно присутствуют ещё 2 дополнительных домена, образующие эволюционно консервативный модуль. Необычным свойством этого семейства является то, что среди его представителей имеются ферменты как обращающие (inverting), так и сохраняющие (retaining) путём двойного обращения оптическую конфигурацию субстрата у продукта реакции гидролиза.
Семе́йство GH4 гликози́л-гидрола́з – семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 600 белков, содержащих домены семейства GH4, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано пять энзиматических активностей: α-глюкозидазная, α-галактозидазная, 6-фосфо-β-глюкозидазная, мальтоза-6-фосфат-глюкозидазная и α-глюкуронидазная. Необычным свойством этого семейства является то, что его представители используют в качестве кофактора НАД+.
Семе́йство GH110 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 30 белков, содержащих домены семейства GH110, все они принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано две энзиматические активности: α-галактозидазная и α-1,3-галактозидазная. Необычным свойством α-галактозидаз этого семейства является то, что они способны отщеплять остатки α-D-галактозы с обращением их оптической конфигурации.
Семе́йство GH57 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 500 белков, содержащих домены семейства GH57, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано пять энзиматических активностей: α-амилазная, α-галактозидазная, пуллуназная, амило-1,4->1,6-глюканотрансферазная и 4-α-глюканотрансферазная.
Семе́йство GH114 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 100 белков, содержащих домены семейства GH114, большинство из них принадлежат бактериям. У белков этого семейства описана только одна энзиматическая активность: эндо-α-1,4-полигалактозаминидазная. У большинства белков этот домен является единственным. Эволюционно это семейство доменов наиболее близко к семейству COG2342.
Суперсемейство белков — это наиболее крупная единица группировки белков, для которых может быть предположено наличие общего эволюционного предка. Обычно суперсемейство объединяется по принципу сходства вторичных и третичных структур белков, входящих в него и по принципу сходства механизма действия белков, несмотря на то, что сходства аминокислотных последовательностей в пределах суперсемейства может не наблюдаться и чаще всего не наблюдается. Суперсемейства обычно содержат несколько семейств белков, которые проявляют сходство аминокислотных последовательностей внутри семейств, но не между семействами. Термин «клан белков» часто применяется по отношению к суперсемействам протеаз, на основании классификации MEROPS.
Семейство белков — это группа эволюционно связанных белков, обладающих гомологичной аминокислотной последовательностью. Этот термин почти синонимичен термину «семейство генов», поскольку, если белки имеют гомологичные аминокислотные последовательности, то и кодирующие их гены также должны проявлять значительную степень гомологии в нуклеотидных последовательностях ДНК. Этот термин не следует путать с термином «семейство» в таксономии видов живых организмов.
Pfam — база данных семейств белковых доменов. Каждое семейство в ней представлено множественным выравниванием фрагментов белковых последовательностей и скрытой марковской моделью (HMM). На март 2021 года в Pfam содержалось 19 179 записей (семейств), объединённых в 645 кланов.
MADS-box (MADS-бокс) — консервативная последовательность нуклеотидов, кодирующая MADS-домен, при помощи которого белки связываются с ДНК. MADS-домен белков связывается с ДНК, в которой есть последовательность CC[A/T]6GG, коротко обозначаемая как CArG-box. Большинство белков, содержащих этот домен, являются транскрипционными факторами и влияют на экспрессию генов. Разные исследователи приводят разные данные относительно длины MADS-box, но обычно она составляет около 168—180 пар оснований, то есть закодированный в ней MADS-домен состоит из 56—60 аминокислот. Существуют данные, согласно которым MADS-домен эволюционировал из последовательности белка топоизомераза второго типа, который, как полагают, был у общего предка всех ныне живущих эукариот.
Рецепторные тирозинкиназы, рецепторы с тирозинкиназной активностью — метаботропные клеточные рецепторы, представляют собой трансмембранные белки, которые состоят из каталитического внутриклеточного домена, участвующего в фосфорилировании субстратов (тирозинкиназа), трансмембранного и внешнего домена (связывающего) с высоким сродством к лигандам: гормонам (инсулин), цитокинам и полипептидным факторам роста. Из 90 уникальных генов тирозинкиназы, идентифицированных в геноме человека, 58 кодируют рецепторные тирозинкиназы.
Рибонуклеазы поджелудочной железы — это пиримидин-специфичные эндонуклеазы, обнаруживаемые в большом количестве в поджелудочной железе некоторых млекопитающих и некоторых рептилий.