Глутаматдегидрогена́за, также L-глутамат: NAD-оксидоредуктаза — фермент, из семейства оксидоредуктаз аминокислот, катализирующий обратимую реакцию превращения L-глутаминовой кислоты в α-кетоглутаровую. Фермент присутствует как в прокариотических организмах, так и в эукариотических митохондриях.
Гликозил-гидролазы катализируют гидролиз гликозидных связей в молекулах углеводов, приводя к появлению двух более мелких молекул углеводов. Эти ферменты встречаются в клетках почти всех живых организмов. Гликозидазы выполняют множество разнообразных функций: деградация биомассы, участие в антибактериальной защите организма, развитие патогенеза, клеточный биосинтез. Гликозидазы вместе с гликозилтрансферазами образуют основу биологического аппарата синтеза и разрушения гликозидных связей.
ДНК-метилтрансфера́зы (ДНК-метилазы, англ. DNA methyltransferase, DNA MTase, DNMT) — группа ферментов, катализирующих метилирование нуклеотидных остатков в составе ДНК. Активность метилтрансфераз, заключающаяся в переносе метильных (CH3—) групп на азотистое основание цитозин в составе ДНК, ведет к изменению свойств ДНК, при этом изменяется активность, функции соответствующих генов, а также пространственная структура нуклеиновой кислоты (конформация).
Альфа-галактозида́за, мелибиаза (melibiase) — фермент группы гликозил-гидролаз, способный отщеплять терминальные нередуцирующие остатки α-D-галактозы от α-D-галактозидов, как правило, с сохранением их оптической конфигурации, в частности, от галактозных олигосахаридов, галактоманнанов и галактолипидов.
Нейраминида́за — фермент, относящийся к гликозил-гидролазам. Номенклатурное название — экзо-α-сиалидаза. Также употребимы названия: α-нейраминидаза, N-ацилнейраминидатгликогидролаза, сиалидаза. Катализируемые реакции: гидролиз α-2→3-, α-2→6-, α-2→8-кетозидных связей концевых остатков сиаловой кислоты в олигосахаридах, гликопротеинах, гликолипидах и синтетических соединениях.
Семе́йство GH1 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 5300 белков, содержащих домены семейства GH1, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано 22 ферментативных активности:
- β-глюкозидазная
- β-галактозидазная
- β-маннозидазная
- β-глюкуронидазная
- β-ксилозидазная
- β-D-фукозидазная
- флоризин-гидролазная
- экзо-β-1,4-глюканазная
- 6-фосфо-β-галактозидазная
- 6-фосфо-β-глюкозидазная
- стриктозидин-β-глюкозидазная
- лактазная
- амигдалин-β-глюкозидазная
- пруназин-β-глюкозидазная
- раукаффрицин-β-глюкозидазная
- тиоглюкозидазная
- β-примеверозидазная
- изофлавоноид-7-O-апиозил-β-глюкозидазная
- ABA-специфичная β-глюкозидазная
- DIMBOA β-глюкозидазная
- β-глюкозидазная
- гидроксиизоурат-гидролазная
Семе́йство GH27 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 550 белков, содержащих домены семейства GH27, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано пять энзиматических активностей: α-галактозидазная, α-N-ацетилгалактозаминидазная, β-L-арабинопиранозидазная, изомальтодекстраназная и галактан:галактан галактотрансферазная (К.Ф.3.2.1.-). Вместе с семействами GH31 и GH36 семейство GH27 образует клан GH-D. В пределах семейства GH27 выделяют шесть подсемейств: GH27a-GH27f.
Амила́за — фермент, гликозил-гидролаза, расщепляющий крахмал до олигосахаридов, относится к ферментам пищеварения. Расщепляет α-1,4-гликозидную связь. Амилаза присутствует в слюне человека и некоторых млекопитающих, где фермент начинает химический процесс переваривания пищи. Продукты с высоким содержанием крахмала и низким содержанием сахара, такие как рис и картофель, могут приобретать сладковатый вкус при длительном пережёвывании за счёт превращения амилазой крахмала в сахар. Поджелудочная железа и слюнные железы выделяют амилазу, расщепляющую крахмал до ди- и трисахаридов, которые, в свою очередь, превращаются другими ферментами в глюкозу, источник энергии для организма.
Протеинкина́зы — подкласс ферментов киназ (фосфотрансфераз). Протеинкиназы модифицируют другие белки путём фосфорилирования остатков аминокислот, имеющих гидроксильные группы или гетероциклической аминогруппы гистидина.
Эндо-α-N-ацетилгалактозаминида́зы – бактериальные гликозил-гидролазы, способные гидролизовать α-O-гликозидную связь между галактозил-β1,3-N-ацетил-D-галактозамином и серином или треонином в разнообразных гликопротеинах животного происхождения. При этом аномерная конфигурация субстрата сохраняется у продукта реакции. Молекула эндо-α-N-ацетилгалактозаминидазы Bifidobacterium longum и Streptococcus pneumoniae состоит из восьми доменов. Каталитический домен на основании своего строения отнесён к семейству GH101 гликозил-гидролаз.
Сериновые протеазы, также сериновые эндопептидазы — группа ферментов, катализирующих процесс деградации (протеолиз) белков на составлющие их молекулы α-аминокислот посредством гидролиза пептидной связи. Основное отличие от других протеаз — наличие в своём активном центре аминокислоты серина.
Семе́йство GH36 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 1100 белков, содержащих домены семейства GH36, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано четыре энзиматические активности: α-галактозидазная, α-N-ацетилгалактозаминидазная, стахиозосинтазная и раффинозосинтазная. Вместе с семействами GH27 и GH31 семейство GH36 образует клан GH-D. В пределах семейства GH36 выделяют 11 основных подсемейств, которые было предложено рассматривать как самостоятельные семейства GH36A-GH36K в виду отсутствия монофилетического происхождения у генов белков этого семейства.
Семе́йство GH31 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 2000 белков, содержащих домены семейства GH31, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано 11 энзиматических активностей: глюкоамилазная, изомальтазная, α-глюкозидазная, α-маннозидазная, сахаразная, α-1,3-глюкозидазная, α-1,4-глюканлиазная, α-ксилозидазная, олигосахарид альфа-1,4-глюкозилтрансферазная, 6-α-глюкозилтрансферазная, 3-α-изомальтозилтрансферазная. Вместе с семействами GH27 и GH36 семейство GH31 образует клан GH-D. В пределах семейства GH31 выделяют 38 подсемейств (I-XXXVIII). Для белков этого семейства характерна консервативная доменная структура: наряду с каталитическим доменом GH31 обычно присутствуют ещё 3 дополнительных домена, образующие эволюционно консервативный модуль. Некоторые белки хордовых животных имеют два и более таких модуля, расположенных тандемно.
Семе́йство GH97 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 100 белков, содержащих домены семейства GH97, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано две ферментативные активности: α-глюкозидазная и α-галактозидазная. В пределах семейства GH97 выделяют пять основных подсемейств (GH97a-GH97e). Для белков этого семейства характерна консервативная доменная структура: наряду с центральным каталитическим доменом GH97 обычно присутствуют ещё 2 дополнительных домена, образующие эволюционно консервативный модуль. Необычным свойством этого семейства является то, что среди его представителей имеются ферменты как обращающие (inverting), так и сохраняющие (retaining) путём двойного обращения оптическую конфигурацию субстрата у продукта реакции гидролиза.
Семе́йство GH4 гликози́л-гидрола́з – семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно более 600 белков, содержащих домены семейства GH4, большинство из них принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано пять энзиматических активностей: α-глюкозидазная, α-галактозидазная, 6-фосфо-β-глюкозидазная, мальтоза-6-фосфат-глюкозидазная и α-глюкуронидазная. Необычным свойством этого семейства является то, что его представители используют в качестве кофактора НАД+.
Семе́йство GH110 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 30 белков, содержащих домены семейства GH110, все они принадлежит бактериям. У белков этого семейства описано две энзиматические активности: α-галактозидазная и α-1,3-галактозидазная. Необычным свойством α-галактозидаз этого семейства является то, что они способны отщеплять остатки α-D-галактозы с обращением их оптической конфигурации.
Семе́йство GH101 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 100 белков, содержащих домены семейства GH101, все они принадлежат бактериям. У белков этого семейства описана только одна энзиматическая активность: эндо-α-N-ацетилгалактозаминидазная. В пределах семейства GH101 выделяют 6 подсемейств (GH101a-GH101f). Для белков этого семейства характерна консервативная доменная структура: наряду с каталитическим доменом GH101 обычно присутствуют ещё 4 дополнительных домена, образующие эволюционно консервативный модуль. Может также иметься несколько дополнительных доменов.
Семе́йство GH114 гликози́л-гидрола́з — семейство каталитических доменов белков, обладающих гликозил-гидролазными активностями. Также включает гомологичные им домены, возможно не обладающие такими активностями. Всего известно около 100 белков, содержащих домены семейства GH114, большинство из них принадлежат бактериям. У белков этого семейства описана только одна энзиматическая активность: эндо-α-1,4-полигалактозаминидазная. У большинства белков этот домен является единственным. Эволюционно это семейство доменов наиболее близко к семейству COG2342.
Ферредокси́ны — группа небольших растворимых белков, содержащих железосерные кластеры и являющихся подвижными переносчиками электронов в ряде метаболических процессов. Обычно они переносят один или два электрона за счёт изменения окисленности атомов железа.
Фукозилтрансферазы — ферменты, переносящие L-фукозу с субстрата-донора ГДФ-фукозы на субстрат-акцептор. Акцептором может быть другой сахарид, такой как остаток N-ацетилглюкозамина полисахаридной цепи, что приводит к N-гликозилированию, либо белок, что приводит к O-гликозилированию под действием O-фукозилтрансферазы. У млекопитающих существует несколько фукозилтрансфераз, большинство из которых локализуются на мембранах аппарата Гольджи. O-Фукозилтрансферазы находятся на эндоплазматическом ретикулуме (ЭР).