Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.
Городня́ — река на юге Москвы, второй по длине и расходу воды правый приток Москвы-реки в черте города. Образует Царицынские, Борисовские и ряд более мелких прудов.
Жа́бенка — река в Тимирязевском районе Северного административного округа Москвы, правый приток Лихоборки. Своё название получила от слова «жаба». Речное русло частично заключено в подземный коллектор. Вода Жабенки загрязнена нефтепродуктами и солями тяжёлых металлов. Левым притоком реки является Коптевский ручей, правым — Фермерский ручей.
Чёрный ручей — малая река в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы, левый приток Серебрянки. Водоток трансформирован и частично убран в подземный коллектор. Название ручья связано с характером воды — грязной, тёмной от торфа.
Жу́жа — река в районах Нагатино-Садовники и Нагатинский Затон Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Речное русло канализировано более чем на 90 %. Правым притоком реки является ручей Савкин овраг.
Кровя́нка — водоток в Гагаринском и Донском районах Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чуры. Речное русло в 1955—1961 годах было частично заключено в подземный коллектор.
Ра́стань — ручей в районе Нагатино-Садовники Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Водосборный бассейн застроен, река протекает в подземном коллекторе.
Шмелёвка — малая река в Южном административном округе Москвы, правый приток Городни. Частично заключена в подземный коллектор, по степени техногенной трансформации относится ко II классу — на поверхности находится около 50—90 % водотока, русло умеренно трансформировано. Долина реки в 1991 году была объявлена памятником природы.
Тепляко́вский овра́г — ручей на юге Москвы, в районе Чертаново Южное Южного административного округа, правый приток Городни. Частично протекает в подземном коллекторе. Поверхностный водоток сохранился в приустьевом участке на протяжении 500 метров, в верхнем и среднем течении засыпан.
Бояко́в овра́г (Буяков овраг) — ручей в Южном административном округе Москвы, правый приток реки Городни. Своё название получил от фамилии Буяков.
Богоя́вленский руче́й — малая река в районе Марфино Северо-восточного административного округа Москвы, нижний правый приток реки Лихоборки. Заключён в подземный коллектор диаметром 1,5 метра.
Дани́ловский ручей (Дани́ловка, Худе́ница) — малая река Южного административного округа Москвы в бывшей Даниловской слободе, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от Данилова монастыря, вдоль которого проходил водоток. Гидроним «Худеница» возник по урочищу, которое располагалось на этой территории. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.
Завья́ловский ручей — малая река Южного административного округа Москвы, левый приток Битцы. Внутри МКАД заключён в подземный коллектор. Ниже кольцевой автодороги проходит в открытом русле к востоку от Курской железной дороги. Название ручья происходит от фамилии Завьялов.
Лю́берка — река в Юго-Восточном административном округе Москвы и в городе Люберцы, правый приток Пехорки. В середине 1960-х годов по руслу Люберки вне территории Москвы проложили подземный коллектор, а с 2005 года река заключена в коллектор на территории города. В открытом течении сохранилась в Котельниках, где частично запружена. Вероятно, своё название получила по деревне Люберцы. Гидроним Либерица упоминается в документах с 1624 года, на картах XVII века известен как Либерка.
Руза́ев овраг — малая река в районе Ясенево Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Битцы. Частично заключена в подземный коллектор, речное русло трансформировано, местами засыпано и застроено. В 2017 году постановлением Правительства Москвы от 5 декабря 2017 года № 961-ПП Рузаев овраг с прудом, общей площадью 0,88 га, включили в состав природного комплекса ЮЗАО Москвы. Название антропонимическое.
Сре́дний ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, верхний левый приток Плинтовки. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Название отражает положение реки по отношению к Лесному ручью — второму притоку Плинтовки.
Плинто́вка — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Своё название получила от географического термина «плинтовка», который означает «участок пахотной земли на болоте». Речное русло заключено в подземный коллектор. По сообщению диггеров, вода Плинтовки сильно загрязнена нефтепродуктами. Питание реки осуществляется за счёт её притоков — Лесного и Среднего ручьёв.
Я́сный овра́г — малая река в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Речное русло заключено в подземный коллектор. Происхождение названия не установлено.
Ю́жный Октя́брьский руче́й — малая река в районе Хорошёво-Мнёвники Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки.
Хохло́вка — малая река в Нижегородском районе Юго-Восточного административного округа Москвы, правый приток Нищенки. Своё название получила от деревни Хохловки и исторической местности Калитники. По состоянию на начало 2018 года речное русло убрано в подземный коллектор.
— исток, 
— устье
Река Городня и Сеньковский овраг