Вая — река в России, протекает по Ярославской области. Исток реки находится на водоразделе Чеснавы и Волги, к востоку от деревни Ванинское. Длина реки составляет 18 км. Площадь водосборного бассейна — 84,2 км².
Верекса — река в России, протекает по Ярославской области. Исток реки находится в болоте урочище Балохонское к югу от деревни Малые Новинки. Река течёт в южном направлении. Правые притоки — Шимаровка, Пречиста. Устье реки находится в 79 км по левому берегу реки Сить. Длина реки составляет 54 км. Площадь водосборного бассейна — 219 км².
Воля — река в России, протекает по Рыбинскому району Ярославской области. Исток реки находится к югу от деревни Кузнецово, река течёт на север, а после деревни Кузнецово поворачивает на северо-запад, протеккает через Большое Погорелово, вблизи Милюшино и около деревни Костино впадает в водохранилище. Устье реки находится по левому берегу Рыбинского водохранилища, ниже (южнее) устья реки Ухра и выше (севернее) устья ручья Татьянка. Длина реки составляет 12 км.
Имая — река в России, протекает по Череповецкому району Вологодской области. Устье реки находится по правому берегу реки Судебка. Длина реки, вместе с притоком Емковка и участком Судебки от устья до впадения Имаи, составляет 23 км.
Ко́нгора — река в России, протекает в Пошехонском районе Ярославской области. Длина реки составляет 39 км. Площадь водосборного бассейна — 238 км².
Людинка — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 39 км по правому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 15 км.
Маткома — река в России, протекает по границе Пошехонского района Ярославской и Череповецкого района Вологодской областей. Берёт своё начало в болотах. Устье реки находится на северо-востоке Рыбинского водохранилища между сёлами Малафеево и Гаютино. Длина реки составляет 48 км, площадь водосборного бассейна — 324 км². Правый приток — река Барка.
Нотелга — река в России, протекает по Вологодскому району Вологодской области и по границе с Ярославской областью. Исток реки образуется слиянием у нежилой деревни Павлово ручьёв Чёрного и Котел в. Река течёт на юго-восток по лесной ненаселённой местности. В 7,8 км от устья, по левому берегу реки впадает река Янгосорка. Ниже устья Янгосорки граница областей проходит по реке — правый берег Ярославская, левый — Вологодская область. Устье реки находится в 12 км по правому берегу реки Сегжи, у деревни Леушкино, расположенной на левом, вологодском берегу.
Печевка — река в России, протекает по Пошехонскому району Ярославской области. Длина реки составляет 21 км. Площадь водосборного бассейна — 67,1 км².
Сёбла (Себла) — река в Ярославской и Тверской областях. Впадает в Рыбинское водохранилище.
Со́га — река в Ярославской области России, впадает в залив реки Согожа Рыбинского водохранилища в 12 км от устья по левому берегу. До строительства водохранилища впадала в Согожу. Длина реки составляет 64 км. Площадь водосборного бассейна — 579 км².
Томша — река в России, протекает по территории Пошехонского района Ярославской области. Устье реки находится в 9,2 км по левому берегу реки Сога. Длина реки составляет 12 км.
Цыня — река в России, протекает в по территории Первомайского и Пошехонского районов Ярославской области. Устье реки находится в 53 км по левому берегу реки Сога. Длина реки составляет 11 км.
Чимсора — река в России, протекает по территории Ягницкого сельского поселения Череповецкого района Вологодской области, большей частью по территории Дарвинского заповедника. Длина реки составляет 21 км.
Шелекша — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 37 км по левому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 38 км.
Шипинка — река в России, протекает по Брейтовскому району Ярославской области. Длина реки — 21 км, площадь водосборного бассейна — 76 км².
Инопаш — ручей в России, левый (последний) приток Шексны, протекает в Рыбинском районе Ярославской области. Длина водотока 22 км, площадь водосбора 61,8 км².
Иней — река в России, протекает в Пошехонском районе Ярославской области. Длина реки — 18 км, площадь водосборного бассейна — 82,9 км².
Барыня, ручей Векса, ручей Солоницкий — река в России, протекает, главным образом, по Ярославской области по территории Некрасовского и Ярославского районов. Устье и последние несколько сот метров течения находятся в Нерехтском районе Костромской области. Устье реки находится в 25 км от устья реки Солоницы по левому берегу. Длина реки — 14 км, площадь водосборного бассейна — 42,8 км².
Павловка (Саха) — река в России, протекает в Арефинском сельском поселении Рыбинского района Ярославской области. На топокарте названа Саха. Устье реки находится в 31 км по левому берегу реки Ухра. Длина реки составляет 12 км. Название Саха совпадает с правым притоком Ухры, протекающей восточнее и впадающей в Ухру в 9 км выше по течению. Истоки одноименных рек близки. На плане Генерального межевания Рыбинского уезда 1792 года имеется деревня Павлова, стоящая в устье реки по левому берегу. Высота истока — 144,5 м над уровнем моря.
— исток, 
— устье
