Дзюсан или Дзюсан-Ко (яп. 十三湖 дзю:сан-ко) — солоноватое лагунное озеро западного побережья полуострова Цугару на севере японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Аомори. Относится к водосборному бассейну Японского моря, сообщаясь с ним через пролив шириной 250 м на северо-западе. В 1959 году через пролив был перекинут деревянный мост, в 1979 заменён на бетонный.
Сакаи (яп. 境水道 сакаи-суйдо:) — пролив между полуостровами Симане и Юмигахама на острове Хонсю, соединяет озеро Накауми и Японское море. Старое название пролива — Накаэносето (яп. 中江瀬戸 накаэносэто).
Бисан (яп. 備讃瀬戸 бисан-сэто) — пролив между островами Сикоку и Хонсю в центральной части Внутреннего Японского моря, соединяет плёсы Бинго-Нада и Харима-Нада.
Амакуса-Нада (яп. 天草灘 амакуса-нада) — море (залив) в составе Восточно-Китайского моря, расположенное в Японии у острова Кюсю, к западу от островов Амакуса (Амакуса-Симодзима).
Симо́сима или Ама́куса-Симо́сима (яп. 下島 симосима, «нижний остров») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 571—574,95 км². Население — 71523 человек (2015). Высочайшая точка — гора Кадояма.
Камисима или Амакуса-Камисима (яп. 上島 Камисима, «верхний остров») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 225 км². Население — 26317 человек (2015). Высочайшая точка острова и всего архипелага — гора Кура-Таке.
Нагасима (яп. 長島 нагасима, «длинный остров») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кагосима. Его площадь составляет 90,63 км². Население — 8304 человек (2020). Длина береговой линии составляет 82 км. Высочайшая точка — гора Ятаке.
Ояно (яп. 大矢野島 О:яно) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото.
Cисидзима (яп. 獅子島 Сисидзима, «остров сиси») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кагосима. Остров лежит в заливе Яцусиро, к северо-востоку от островов Нагасима, Сёурадзима и Икарадзима.
Госёура или Госёноура (яп. 御所浦島 госё:ура, «залив императорской резиденции») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 12,4 (12,36) км². Население — 1539 человек (2020). Высочайшая точка — гора Карасугатоге (яп. 烏ヶ峠, 442,4 м). Длина береговой линии составляет 25,7 км.
Сендзокудзодзо-Сима (яп. 千束蔵々島 сэндзокудзо:дзо-сима) или Ивадзима (яп. 維和島 ивадзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 6,40 км². Население — 1083 человек (2020), 1790 (2005). Высочайшая точка — гора Такаяма . Длина береговой линии составляет 17,2 км.
Макисима (яп. 牧島 макисима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 5,63 км². Население — 267 человек (2020). Высочайшая точка — 167,6 м. Длина береговой линии составляет 24,8 км
Гесудзима (яп. 下須島 гэсудзима или гэсусима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 4,52 км². Население — 1025 человек (2015). Высочайшая точка — гора Кобира-яма . Длина береговой линии составляет 34,2 км.
Икарадзима или Икара-сима (яп. 伊唐島 икарадзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 3,71 км². Население — 263 человек (2015).
Хиносима (яп. 樋島 Хиносима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 3,46 км². Население — 1140 человек (2015). Высочайшая точка — 232,8 м. Длина береговой линии составляет 12,2 км.
Убусима (яп. 産島 Убусима) — необитаемый остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 1,94 км². Высочайшая точка — 261,6 м(260 м). Длина береговой линии составляет 5,7 км
Йокоурадзима или Йокоура-Сима (яп. 横浦島 ёкоура-дзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 1,09 км². Население — 512 человек (2020). Высочайшая точка — гора Бенкей . Длина береговой линии составляет 5,3 км.
Тобасе (яп. 戸馳島 тобасэ-дзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 6,92-6,96 км². Население — 1103 человек (2020), 1741 (1996). Длина береговой линии составляет 16,5 км.
Нагаура или Нагаура-Сима (яп. 永浦島 нагаурадзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 0,79 км². Население — 151 человек (2015). Длина береговой линии составляет 8,4 км. Высочайшая точка — 41 м.
Хикосима или Хико-Сима (яп. 彦島 хикосима) — остров на юге Японии, расположенный в префектуре Ямагути (префектура). Остров лежит в проливе Каммон у западной оконечности Хонсю, находится на южной оконечности города Симоносеки, к которому относится административно.