Барка — река в России, протекает по Щетинскому сельском поселении Череповецкого района Вологодской и Пошехонском району Ярославской области. Длина реки составляет 14 км.
Бодье — река в России, протекает по Череповецкому району Вологодской области. Исток находится в лесной болотистой местности между деревнями Поповское, Красново, Новинка и Думново. Населённых пунктов на реке нет. Устье реки находится в 9,8 км по левому берегу реки Сарка. Длина реки составляет 12 км.
Вая — река в России, протекает по Ярославской области. Исток реки находится на водоразделе Чеснавы и Волги, к востоку от деревни Ванинское. Длина реки составляет 18 км. Площадь водосборного бассейна — 84,2 км².
Вожерка — река в России, протекает по Ярославской области. Исток реки находится менее чем в 1 км к западу от деревни Устимово, течёт на север, затем северо-восток через деревни Чудимово, Демидково, Ворошилки, Колотово, Стряпково. Устье реки находится в 72 км от устья Ухр по левому берегу. Длина реки составляет 27 км. Площадь водосборного бассейна — 139 км².
Глухая Репа — река в Вологодской и Ярославской областях России.
Дектярка — река в России, протекает по Рыбинскому району Ярославской области. Длина реки составляет 10 км.
Ега — река в России, протекает по Пошехонскому району Ярославской области. Длина реки составляет 17 км. Площадь водосборного бассейна — 55,4 км².
Искра — река в России, протекает в основном в Вологодской области и только устье находится в Ярославской, значительная часть реки находится на территории Дарвинского заповедника. Длина реки — 22 км.
Ишмик — река в России, протекает в Череповецком районе Вологодской области. Устье реки находится в 33 км по правому берегу реки Маткома на территории Пошехонского района Ярославской области у урочища Ишмик. Длина реки составляет 18 км. Протекает к югу от деревни Шумарово преимущественно на восток. Населенных пунктов на реке нет. В районе реки находится Ишмиковское болото.
Кибрик — река в России, протекает в Грязовецком районе Вологодской области и Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 14 км по левому берегу реки Кема. Длина реки составляет 11 км.
Кудаша — река в России, протекает в Брейтовском районе Ярославской области. Длина реки составляет 26 км. Площадь водосборного бассейна — 86,1 км².
Людинка — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 39 км по правому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 15 км.

Маткома — река в России, протекает по границе Пошехонского района Ярославской и Череповецкого района Вологодской областей. Берёт своё начало в болотах. Устье реки находится на северо-востоке Рыбинского водохранилища между сёлами Малафеево и Гаютино. Длина реки составляет 48 км, площадь водосборного бассейна — 324 км². Правый приток — река Барка.
Мачевка — река в России, протекает по Череповецкому району Вологодской области. Исток реки находится к северу от деревни Мачево. Протекает у деревни Старики. Устье реки находится в 42 км по правому берегу реки Большой Юг, между деревнями Байново и Верховье. Длина реки составляет 11 км.
Нотелга — река в России, протекает по Вологодскому району Вологодской области и по границе с Ярославской областью. Исток реки образуется слиянием у нежилой деревни Павлово ручьёв Чёрного и Котел в. Река течёт на юго-восток по лесной ненаселённой местности. В 7,8 км от устья, по левому берегу реки впадает река Янгосорка. Ниже устья Янгосорки граница областей проходит по реке — правый берег Ярославская, левый — Вологодская область. Устье реки находится в 12 км по правому берегу реки Сегжи, у деревни Леушкино, расположенной на левом, вологодском берегу.
Репа — река в России, протекает в основном в Ярославской области. Длина реки — 47 км, площадь ещё водосборного бассейна — 423 км².
Тулша — река в России, протекает в Вологодской и Ярославской областях. Исток находится в Череповецком районе Вологодской области около деревни Гурлево. Протекает между деревнями Суковатка и Избная, после чего попадает на территорию Ярославской области. Течёт в ненаселённой лесной местности, принимает левые притоки Великий и Кубря. Далее протекает мимо деревень Мерлево, Овсянниково, Щипцово.
Ухто́ма — река Вологодской и Ярославской областях России, левый приток Согожи, впадает на 29 км от устья. Длина реки составляет 92 км. Площадь водосборного бассейна — 994 км². Река образуется слиянием Полыгалки и Рыбинки на территории Грязовецкого района Вологодской области. Среднее течение проходит по Первомайскому району Ярославской области, перед устьем река втекает на территорию Пошехонского района. Высота истока — 154 м над уровнем моря.
Кема — река в России, протекает по Первомайскому району Ярославской области. Длина реки составляет 22 км. Площадь водосборного бассейна — 134 км².
Чёбсара — река в России, протекает в Вологодском и Шекснинском районах Вологодской области. Устье реки находится в 20 км по правому берегу реки Угла. Длина реки составляет 21 км.