Мо́гза (Мо́кза) — река в европейской части России, протекает по территории Большесельского, Борисоглебского и Ростовского районов Ярославской области, впадает в реку Устье.
У́рдома — река в Тутаевском районе Ярославской области России. Длина реки — 37 км, площадь водосборного бассейна — 357 км². Средний расход воды — 2,72 м³/с. В систему Урдомы входит 39 рек, общая длина которых составляет 182 км.
Барка — река в России, протекает по Щетинскому сельском поселении Череповецкого района Вологодской и Пошехонском району Ярославской области. Длина реки составляет 14 км.
Глухая Репа — река в Вологодской и Ярославской областях России.
Искра — река в России, протекает в основном в Вологодской области и только устье находится в Ярославской, значительная часть реки находится на территории Дарвинского заповедника. Длина реки — 22 км.
Кибрик — река в России, протекает в Грязовецком районе Вологодской области и Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 14 км по левому берегу реки Кема. Длина реки составляет 11 км.
Колоденка — река в России, протекает по территории Череповецкого района Вологодской области. Длина реки — 36 км, площадь водосборного бассейна — 202 км².
Копша — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 31 км по левому берегу реки Ухтома, выше деревни Душилово. Длина реки составляет 19 км.
Людинка — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 39 км по правому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 15 км.
Маткома — река в России, протекает по границе Пошехонского района Ярославской и Череповецкого района Вологодской областей. Берёт своё начало в болотах. Устье реки находится на северо-востоке Рыбинского водохранилища между сёлами Малафеево и Гаютино. Длина реки составляет 48 км, площадь водосборного бассейна — 324 км². Правый приток — река Барка.
Нотелга — река в России, протекает по Вологодскому району Вологодской области и по границе с Ярославской областью. Исток реки образуется слиянием у нежилой деревни Павлово ручьёв Чёрного и Котел в. Река течёт на юго-восток по лесной ненаселённой местности. В 7,8 км от устья, по левому берегу реки впадает река Янгосорка. Ниже устья Янгосорки граница областей проходит по реке — правый берег Ярославская, левый — Вологодская область. Устье реки находится в 12 км по правому берегу реки Сегжи, у деревни Леушкино, расположенной на левом, вологодском берегу.
Полыгалка — река в России, протекает в Грязовецком районе Вологодской области. Исток реки находится к северо-востоку от села Куземкино. Течёт по лесной болотистой, ненаселённой местности в основном на юг. Устье реки находится в 85 км по правому берегу реки Ухтома, Полыгалка и впадающая слева Рыбинка, соединяясь образуют Ухтому. Длина реки составляет 15 км.
Репа — река в России, протекает в основном в Ярославской области. Длина реки — 47 км, площадь ещё водосборного бассейна — 423 км².
Сёбла (Себла) — река в Ярославской и Тверской областях. Впадает в Рыбинское водохранилище.
Тулша — река в России, протекает в Вологодской и Ярославской областях. Исток находится в Череповецком районе Вологодской области около деревни Гурлево. Протекает между деревнями Суковатка и Избная, после чего попадает на территорию Ярославской области. Течёт в ненаселённой лесной местности, принимает левые притоки Великий и Кубря. Далее протекает мимо деревень Мерлево, Овсянниково, Щипцово.
Тютешь — река в России, протекает по Грязовецкому району Вологодской области и Первомайском районе Ярославской области. Длина реки — 10 км.
Шелекша — река в России, протекает в Первомайском районе Ярославской области. Устье реки находится в 37 км по левому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 38 км.
Вя́зьма — река в Тверской области России. Протекает по территории Старицкого и Калининского районов.
Кема — река в России, протекает по Первомайскому району Ярославской области. Длина реки составляет 22 км. Площадь водосборного бассейна — 134 км².
Ламь (Лама) — река в Тверской и Ярославской областях России.