
Клади́стика — направление филогенетической систематики. Характерные особенности кладистической практики состоят в использовании так называемого кладистического анализа, строгом понимании монофилии и требовании взаимно-однозначного соответствия между реконструированной филогенией и иерархической классификацией. Кладистический анализ — основа большинства принятых в настоящее время биологических классификаций, построенных с учётом родственных отношений между живыми организмами.

Молекулярная филогенетика — способ установления родственных связей между живыми организмами на основании изучения структуры полимерных макромолекул — ДНК, РНК и белков. Результатом молекулярно-филогенетического анализа является построение филогенетического дерева живых организмов.

Tapejara — род птерозавров из семейства тапеярид, обитавших в нижнемеловую эпоху,, включает единственный вид — Tapejara wellnhoferi. Ископаемые остатки были найдены в бразильской формации Сантана. Птерозавр отличался наличием большого костного гребня на голове.

Джунгариптериды — семейство птерозавров из надсемейства Azhdarchoidea.

Feilongus (лат.) — род птерозавров из подсемейства Moganopterinae семейства ктенохазматид, живших в течение барремского — аптского веков. Ископаемые остатки найдены в нижнемеловых отложениях формаций Исянь в Бэйпяо и Jiufotang.

Archaeopterodactyloidea — клада птерозавров, живших с верхнеюрской по конец нижнемеловой эпох в Африке, Азии и Европе. Название дал Александр Келлнер в 1996 году для группы, к которой относились германодактиль, птеродактиль, Ctenochasmatidae и Gallodactylidae. В 2003 году Келлнер определил кладу как узловой таксон, состоящий из последнего общего предка птеродактиля, ктенохазмы и галлодактиля, а также всех их потомков. И хотя филогенетические исследования, базирующиеся на анализе Анвина 2003 года, не объясняют происхождение археоптеродактилоидов от общего предка, филогенетические исследования, основанные на анализах других учёных — Келлнера и Брайана Андреса, объясняют происхождение этой группы от птеродактилей.

Novialoidea (лат.) — клада птерозавров, живших с конца нижней юры до окончания мела. Их ископаемые остатки были найдены на всех континентах, кроме Антарктиды.

Pterosauromorpha (лат.) — клада вымерших архозавров в составе группы орнитодир, представленная птерозаврами и их ближайшими родственниками. Первые представители возникли в позднем триасе, около 235 млн лет назад, тогда как последние вымерли в ходе мел-палеогенового вымирания 66 млн лет назад, уничтожившего также нептичьих динозавров и множество других групп животных.

Преонда́ктиль — род базальных птерозавров, живших в позднетриасовую эпоху на территории современной Италии. Включает единственный известный вид Preondactylus buffarini, найденный Нандо Буффарини в 1982 году недалеко от городка Удине, в преонской долине итальянских Альп.

Колобори́нх — род птерозавров семейства орнитохейрид, известный из нижнемеловых отложений Англии и, возможно, из аптской эпохи Бразилии и Техаса, в зависимости от того, какие виды причислять к данному роду.

Чаояноптери́ды (лат. Chaoyangopteridae) — семейство птерозавров из надсемейства Azhdarchoidea.
Alamodactylus (лат.) — род птерозавров, известных из позднего мелового периода Техаса, США. Включает единственный известный вид — Alamodactylus byrdi.

Анурогнатиды — семейство мелких птерозавров, с короткими хвостами или бесхвостых, которые жили в Европе, Азии и Северной Америке в течение юрского периода.

Jeholopterus (лат.) — род птерозавров семейства анурогнатид, чьи окаменелые останки обнаружены в юрских слоях формации Tiaojishan, Внутренняя Монголия, Китай. Образец сохранил остатки кожи и волосоподобных структур — пикнофибр.

Германода́ктиль — род птерозавров из семейства Germanodactylidae, живших во времена позднеюрской эпохи на территории современных Англии и Германии. Впервые найден в Зольнхофенских известняках. Ископаемые образцы этого вида долгое время относили к птеродактилям. Отличительной особенностью является гребень на голове.

Santanadactylus — род птерозавров, ископаемые остатки которых впервые найдены в свите Ромуальдо формации Сантана, датируемой альбским ярусом мелового периода на территории Бразилии.

Птеранодонтиды — семейство крупных птерозавров, обитавших на территории Северной Америки в меловом периоде. Название таксону дал в 1876 году Отниэл Чарлз Марш. У птеранодонтид имелся длинный характерный гребень, выступающий из затылочной части головы. Эффектно-хохлатый никтозавр иногда включается в это семейство, хотя обычно помещается в собственное — Nyctosauridae.
Boreopterus (лат.) — род птерозавров, найденных в нижнемеловых отложениях формации Исянь на территории Китая.

Altmuehlopterus (лат.) — род птерозавров из семейства Germanodactylidae, живших во времена верхнеюрской эпохи на территории современной Германии. Ископаемые образцы этого вида долгое время относили к птеродактилям. Отличительной особенностью является гребень на голове.

Лудодактиль — род птеродактилоидных птерозавров, известных из нижнемеловых отложений геологической формации Крато бассейна Арарипе, штат Сеара (Бразилия). Типовым и единственным видом является Ludodactylus sibbicki.