Folding@Home — проект распределённых вычислений для проведения компьютерного моделирования свёртывания молекул белка. Проект запущен 1 октября 2000 года учёными из Стэнфордского университета. По состоянию на июль 2008 года — это был крупнейший проект распределённых вычислений, как по мощности, так и по числу участников. В 2017 году крупнейшим проектом распределённых вычислений стал Биткойн, обогнав Folding@Home.
Сворачивание, или фолдинг — одна из функций текстового редактора, позволяющая скрывать определённый фрагмент редактируемого кода или текста, оставляя лишь одну строку. В качестве таких фрагментов обычно выступают логически цельные фрагменты кода программы, например, функция, класс, цикл и т. п., или фрагменты текста, например, абзац, глава, секция.
Хроматин — нуклеопротеид, составляющий основу хромосом. Состоит из ДНК и белков. Хроматин находится внутри ядра клеток эукариот и архей, имеющих гистоны. В более широком смысле хроматином иногда называют также и вещество нуклеоида у бактерий.
Белки́ — высокомолекулярные органические вещества, состоящие из альфа-аминокислот, соединённых в цепочку пептидной связью. В живых организмах аминокислотный состав белков определяется генетическим кодом, при синтезе в большинстве случаев используется 20 стандартных аминокислот. Множество их комбинаций определяет большое разнообразие свойств молекул белков. Кроме того, аминокислотные остатки в составе белка часто подвергаются посттрансляционным модификациям, которые могут возникать и до того, как белок начинает выполнять свою функцию, и во время его «работы» в клетке. Часто в живых организмах несколько молекул разных белков образуют сложные комплексы, например, фотосинтетический комплекс и другие комплексы.
Денатурация белков — изменение нативной конформации белковой молекулы под действием различных дестабилизирующих факторов. Аминокислотная последовательность белка не изменяется. Приводит к потере белками их естественных свойств.
Доме́н белка́ — элемент третичной структуры белка, представляющий собой достаточно стабильную и независимую подструктуру белка, фолдинг которой проходит независимо от остальных частей. В состав домена обычно входит несколько элементов вторичной структуры. Сходные по структуре домены встречаются не только в родственных белках, но и в совершенно разных белках.
Это слово может иметь следующие значения:
- Сворачивание — одна из функций текстового редактора.
- В биологической химии:
- Фолдинг белка — процесс формирования пространственной структуры белка.
- Денатурация белков — процесс разрушения пространственной структуры белков.
В биохимии и молекулярной биологии фо́лдингом белка называют процесс спонтанного сворачивания полипептидной цепи в уникальную нативную пространственную структуру.
Шаперо́ны — класс белков, главная функция которых состоит в восстановлении правильной нативной третичной или четвертичной структуры белков, а также образование и диссоциация белковых комплексов.
Рибонуклеа́за А — фермент, относящийся к группе эндонуклеаз, который гидролизует фосфодиэфирные связи в одноцепочечных РНК.
Секре́ция — процесс выделения химических соединений из клетки. В отличие от собственно выделения, при секреции у вещества может быть определённая функция . Секрет — жидкость, выделяемая клетками и содержащая биологически активные вещества. Органы, выделяющие секрет, называются железами.
Парадо́кс Левинта́ля — известный парадокс, который сформулировал в 1968 году американский молекулярный биолог Сайрус Левинталь: «промежуток времени, за который полипептид приходит к своему скрученному состоянию, на много порядков меньше, чем если бы полипептид просто перебирал все возможные конфигурации».
Третичная структура — пространственное строение всей молекулы белка или другой макромолекулы, состоящей из единственной цепи.
Фолдит — онлайн-головоломка о фолдинге белка. Игра является частью исследовательского проекта и разработана в Вашингтонском университете. Предмет игры — наилучшим образом свернуть структуру выбранных протеинов; лучшие пользовательские решения анализируются учёными, которые могут с их помощью найти решение реальных научных проблем, связанных с поиском вакцин и биологическими инновациями. Много технических терминов в игре заменены на более понятные для людей без соответствующей подготовки, для того чтобы сделать её доступной для всех. Большинство из лучших игроков «Фолдита» не имеют биохимического образования.
POEM@Home — проект добровольных вычислений, построенный на платформе BOINC. Запущен Технологическим институтом Карлсруэ. Основной целью проекта является моделирование сворачивания белков, базирующееся на догме Анфинсена, с использованием пакета SIMONA с открытым исходным кодом. По состоянию на 15 декабря 2013 года в нём приняли участие 43 516 пользователей из 168 стран, обеспечивая интегральную производительность в 648 терафлопс. В проекте имеются расчетные модули с поддержкой технологии OpenCL, позволяющие запуск соответствующих задач фолдинга с использованием GPU.
Суперсемейство белков — это наиболее крупная единица группировки белков, для которых может быть предположено наличие общего эволюционного предка. Обычно суперсемейство объединяется по принципу сходства вторичных и третичных структур белков, входящих в него и по принципу сходства механизма действия белков, несмотря на то, что сходства аминокислотных последовательностей в пределах суперсемейства может не наблюдаться и чаще всего не наблюдается. Суперсемейства обычно содержат несколько семейств белков, которые проявляют сходство аминокислотных последовательностей внутри семейств, но не между семействами. Термин «клан белков» часто применяется по отношению к суперсемействам протеаз, на основании классификации MEROPS.
Алексей Витальевич Финкельштейн — советский и российский учёный, работающий в области молекулярной биологии и белковой инженерии, доктор физико-математических наук, профессор Московского государственного университета, член-корреспондент РАН.
Олег Борисович Птицын — советский и российский учёный, работавший в области физики полимеров, физики белка, молекулярной биологии и белковой инженерии, доктор физико-математических наук, профессор Московского физико-технического института и Института биофизики АН СССР, член Европейской академии наук, член Нью-Йоркской академии наук.
Тиоредоксиновая укладка — белковая укладка, общая для ферментов, катализирующих образование дисульфидной связи и изомеризацию. Укладка названа в честь канонического примера тиоредоксина и обнаруживается как в прокариотических, так и в эукариотических белках. Это пример складки альфа / бета белка, который обладает оксидоредуктазной активностью. Пространственная топология складки состоит из четырёхцепочечного антипараллельного бета-листа, заключённого между тремя альфа-спиралями.
