Изомери́я — явление, заключающееся в существовании химических соединений — изомеров, — одинаковых по атомному составу и молекулярной массе, но различающихся по строению или расположению атомов в пространстве и, вследствие этого, по свойствам.

Алке́ны — ациклические непредельные углеводороды, содержащие одну двойную связь между атомами углерода, образующие гомологический ряд с общей формулой CnH2n.

Органи́ческие соедине́ния, органические вещества́ — класс химических веществ, объединяющий почти все химические соединения, в состав которых входят атомы углерода, связанные с атомами других химических элементов. Изучаются в органической химии, и на начальном этапе её развития к органическим относили только соединения углерода растительного и животного происхождения. В силу этих исторических причин ряд углеродсодержащих соединений традиционно не относят к органическим, а рассматривают как неорганические соединения — например, монооксид углерода, диоксид углерода, циановодород, сероуглерод, карбонилы металлов, карбонаты, цианиды, роданиды. Условно можно считать, что структурным прототипом органических соединений являются углеводороды. Органические соединения, наряду с углеродом (C), чаще всего содержат водород (H), кислород (O), азот (N), значительно реже — серу (S), фосфор (P), галогены, бор (B) и некоторые металлы.

Алкадиены, или просто диены — класс углеводородов, содержащих две двойных связи углерод-углерод.

SMILES — система правил (спецификация) однозначного описания состава и структуры молекулы химического вещества с использованием строки символов ASCII. Название в английском языке является омонимом к слову smiles (улы́бки), однако пишется только заглавными буквами. В русском языке однозначного аналога не имеет, рекомендуется употребление на языке оригинала. Произносится как «смайлз».

Конформа́ция молекулы — пространственное расположение атомов в молекуле определённой конфигурации, обусловленное поворотом вокруг одной или нескольких одинарных сигма-связей. В некоторых случаях в конформационные преобразования включают и пирамидальные инверсии и другие политопные перегруппировки неорганических и элементоорганических соединений.

Циклоалка́ны (также полиметиленовые углеводороды, нафтены, цикланы, или циклопарафины) — циклические насыщенные углеводороды, относятся к насыщенным карбоциклическим соединениям. Могут содержать боковые цепи, содержащие углеводородные (алкильные) заместители, соединенные с циклом. Все атомы углерода циклоалканов находятся в sp3-гибридизированном состоянии. Моноциклические (содержащие один цикл) циклоалканы образуют гомологические ряды с общей формулой CnH2n. Простейшим циклоалканом является циклопропан(цикло-С3H6). По числу атомов углерода в цикле циклоалканы делят на малые – циклопропан и циклобутан, обычные – циклопентан, циклогексан и циклогептан, средние – от циклооктана (8 атомов углерода) до циклододекана (12 атомов углерода), большие – с 13 и более атомами в карбоцикле.
Непреде́льные (ненасы́щенные) углеводоро́ды — углеводороды, в молекулах которых имеются кратные — двойные (C=C) или тройные (CΞC) —связи. Способны легко присоединять водород по этим связям с образованием предельных (насыщенных) углеводородов — алканов.
Алифатические соединения в органической химии — соединения, не содержащие ароматических связей. Алифатические соединения могут представлять собой открытые цепи или замкнутые. Иногда к алифатическим соединениям относят только ациклические, а алициклические выделяют в отдельный класс.

Пентены (амилены) — общее название для непредельных углеводородов гомологического ряда алкенов с химической формулой С5Н10.

Реакция Ди́льса — А́льдера — реакция [4+2]-циклоприсоединения диенофилов и сопряжённых диенов с образованием шестичленного цикла.

Жасмон (3-метил-2-(2-пентенил)-2-циклопентен-1-он), C11H16O — циклический кетон, относящийся к терпеноидам. Состоит из двух изомеров: цис-жасмон (природный, формула I) и транс-жасмон (формула II).
Алициклические соединения — органические соединения, молекулы которых содержат насыщенные или ненасыщенные неароматические циклы, состоящие из атомов углерода. Алициклические соединения вместе с ароматическими соединениями, не содержащими гетероатомов в цикле, составляют класс изоциклических или карбоциклических соединений. Алициклические соединения классифицируют по числу атомов в кольце, по числу колец, по наличию или отсутствию кратных связей. В алициклических соединениях различают изомерию циклов, изомерию боковых цепей и расположение их в циклах, стереоизомерию. Алициклические соединения — важные модели для развития конформационного анализа. Входят в состав нефти, эфирных масел, стеринов, стероидов, антибиотиков и других веществ природного происхождения. Применяют в качестве компонентов топлива, инсектицидов, лекарственных средств, полупродуктов в производстве синтетических волокон.
Кумулены (от названия кумулена — бутатриена H2C=C=C=CH2) — ненасыщенные органические соединения общей формулы RR1C(=C)nR2R3, содержащие систему кумулированных двойных связей углерод-углерод. В номенклатуре IUPAC к кумуленам относят соединения, содержащие три или более кумулированных двойных связей (n 3), для соединений с двумя кумулированными двойными связями рекомендовано название аллены. Получены также циклические кумулены. В природе кумулены (бутатриены) обнаружены в растениях семейства Астровых.

Диастереомеры — стереоизомеры, не являющиеся зеркальными отражениями друг друга. Диастереомерия возникает, когда соединение имеет несколько стереоцентров. Если два стереоизомера имеют противоположные конфигурации всех соответствующих стереоцентров, то они являются энантиомерами. Однако, если конфигурация различается лишь у некоторых стереоцентров, то такие стереизомеры являются диастереомерами. Если диастереомеры отличаются конфигурацией лишь одного стереоцентра, то они называются эпимерами.
Правило Бредта — в органической химии правило, утверждающее, что бициклические мостиковые структуры с двойной связью у мостикового атома углерода не могут существовать. Считалось, что исключения из правила могут составлять только циклы достаточно большого размера, в которых подобная двойная связь может реализоваться. Однако в 2024 году были обнаружено, что могут существовать и относительно маленькие молекулы нарушающие правило.

Борорганические соединения — соединения бора, углерода и некоторых других элементов. Такими элементами могут быть водород, галогены, сера, азот и так далее. В борорганических соединениях, в отличие от карбидов бора, бор связан с органическим остатком.
Гексе́ны — общее название для изомерных органических соединений состава C6H12, относящихся к алкенам.

Цис-транс-изомерия или геометрическая изомерия — один из видов стереоизомерии: заключается в возможности расположения заместителей по одну или по разные стороны плоскости двойной связи или неароматического цикла. Все геометрические изомеры относятся к диастереомерам, так как не являются зеркальными отражениями друг друга. Цис- и транс-изомеры встречаются как среди органических соединений, так и среди неорганических. Понятия цис и транс не используются в случае конформеров, двух геометрических форм, легко переходящих друг в друга, вместо них используются обозначения «син» и «анти».

Циклооктен — восьмичленный (восьмиуглеродный) циклоалкен, самый маленький среди циклоалкенов, который может существовать в цис- и транс-формах. Его цис-изомер может принимать различные стереоконформации, наиболее устойчивый из цис-конформеров имеет форму ленты, наиболее устойчивый транс-конформер имеет форму кресла.