Унга — река в Карелии, правый приток Онды. Протекает по Муезерскому району. Вытекает из озера Нижнего Энинъярви на высоте 139,6 м, протекает через озера: Кюнжипаули, Большое Пуглозеро, Малое Пуглозеро. Впадает в реку Онду на уровне 129 м. Длина реки — 27 км, площадь водосборного бассейна — 284 км². В Унге встречается большое количество водных и прибрежных видов растений, охраняемых в России и в Карелии. Проложены водные туристические маршруты на каяках.
Вара — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 4 км от устья реки Термант по правому берегу. Длина реки составляет 11 км.
Лабийоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Мануноя — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 300 м по левому берегу реки Войдомы. Длина реки составляет 14 км.
Пай — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 8 км от устья реки Термант по правому берегу. Длина реки составляет 11 км.
Пе́нинга — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Термант — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Длина реки составляет 10 км, площадь водосборного бассейна — 46,2 км².
Тяжа — река в России, протекает по территории Муезерского района Карелии. Впадает на высоте 170,7 м над уровнем моря в Воттозеро в 11 км от деревни Гимолы. Длина реки — 25 км, площадь водосборного бассейна — 78,6 км².
Хихнийоки — река в России, протекает по территории Питкярантского района Карелии. Берёт своё начало из озера Хихнияярви, устье реки находится в 4,4 км по правому берегу реки Сумерианйоки. Длина реки — 12 км.
Шаверка — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 25 км от устья Хаапайоки по левому берегу. Длина реки составляет 17 км, площадь водосборного бассейна — 290 км².
Юдозерка — река в России, протекает по территории Суоярвского и Муезерского районов Карелии. Устье реки находится в 3 км от устья Болы по левому берегу. Длина реки — 12 км.
Кумша — река в России, протекает по территории Муезерского района Карелии. Впадает в озеро Чирку. Длина реки — 14 км.
Хяме — короткая протока в России, протекает по территории Калевальского и Муезерского районов Карелии. Соединяет озеро Нюк с рекой Чирко-Кемь. Исток — озеро Нюк, устье находится в 64 км по левому берегу реки Чирко-Кемь, длина реки — 11 км. Площадь водосборного бассейна — 3310 км². Высота истока — 134,3 м над уровнем моря.
Муезе́рка — река в России, приток Чирко-Кеми.
Кайдодеги, в верховьях Акан — река в России, протекает по территориям Муезерского городского поселения и Ледмозерского сельского поселения Муезерского района Карелии. Длина реки — 24 км.
Сидра, в верховьях — Люли, — река в России, протекает по Карелии. Длина реки составляет 43 км, площадь водосборного бассейна 195 км².
Аминдомаоя — река в России, протекает в Республике Карелия.
Рокжозеро — река в России, протекает по Муезерскому району Республики Карелии. Устье реки находится в 104 км по правому берегу реки Онда. Длина реки — 48 км, площадь водосборного бассейна — 396 км².
Сула — река в России, протекает в Муезерском районе Карелии Берёт своё начало из Лексозера, протекает через Каргиозеро. На берегу этого озера расположен единственный населённый пункт вблизи реки — Кимоваара. Сула впадает в одноимённое озеро. Длина Сулы составляет 21 км, площадь водосборного бассейна 3760 км².
Перти — река в России, протекает на юге Муезерском районе Карелии. Берёт своё начало из одноимённого озера. Длина реки Перти составляет 13 км. Хотя река протекает вдали от населённых пунктов, через неё переброшены несколько деревянных мостов. Река впадает в озеро Алинен-Айттоярви, расположенное на российско-финской границе, через которое протекает Койтайоки.
