В пределах МКАД находятся около 150 малых рек и ручьёв, а также около 240 открытых водоёмов. Большинство малых рек в черте города заключены в коллекторы.
Черта́новка — река на юге Москвы. По одним источникам — значительный левый приток реки Городни. Согласно другому источнику — приток Москвы-реки. Также имеются сведения, что река вначале была притоком Городни, но затем её воды были отведены непосредственно в реку Москву. Образует Верхний и Малый Чертановские пруды.
Городня́ — река на юге Москвы, второй по длине и расходу воды правый приток Москвы-реки в черте города. Образует Царицынские, Борисовские и ряд более мелких прудов.
Оча́ковка — река на юго-западе Москвы, левый приток Раменки.
Я́звенка — водоток в Москве и Московской области, правый приток Городни. На территории города протекает по границе районов Бирюлёво Восточное, Орехово-Борисово Южное и Орехово-Борисово Северное Южного административного округа. Речное русло в некоторых местах искусственно трансформировано, река частично заключена в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом течении более чем на 90%.
Ра́менка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, крупнейший правый приток Сетуни. Частично заключена в подземный коллектор. Часть долины реки от Парка 50-летия Октября до улицы Раменки и от Мичуринского проспекта до устья в 1991 году получила статус особо охраняемой природной территории и была объявлена памятником природы. На берегах реки находились деревни Раменки, Матвеевское, Гладышево и Каменная Плотина, село Воронцово, сельцо Шатилово, а также группы курганов вятичей. Вода Раменки загрязнена хлоридами и нефтепродуктами.
Саморо́динка — малая река в районах Проспект Вернадского и Тропарёво-Никулино Западного административного округа, Обручевский Юго-Западного административного округа Москвы, правый приток Очаковки. Частично заключена в подземный коллектор, русло сильно трансформировано. В истоках Самородинки, у станции метро «Беляево», находилась деревня Беляево, на правом берегу возле устья — деревня Никольское. Долина Самородинки в 1991 году была объявлена памятником природы.
Со́сенка — река в России, протекает на новых территориях города Москвы, до 1 июля 2012 года — в Ленинском районе Московской области. Впадает в реку Десну в 24 км от её устья по левому берегу. Длина реки составляет 20 км, площадь водосборного бассейна — 107 км².
Кировоградские пруды — комплекс из трёх прудов на реке Городне в районе Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы. Являются верхнерусловыми прудами в бассейне реки Городни.
Цари́цынские пруды — комплекс прудов в районе Орехово-Борисово Северное города Москвы.
Пушкин овраг — река, протекающая на юге Москвы, левый приток реки Городни. Длина составляет примерно 4 км, большая часть в подземном коллекторе. Площадь бассейна — 6 км². Протекает вдоль Днепропетровской улицы и Днепропетровского проезда, пересекает Павелецкое направление Московской железной дороги, Котляковское кладбище и улицу Бехтерева, после пересечения последней впадает в Городню. Близ с устья образует каскад из трёх прудов. По левую сторону расположены Беляевский овраг, городище и сохранившиеся части Аршиновского парка.
Шмелёвка — малая река в Южном административном округе Москвы, правый приток Городни. Частично заключена в подземный коллектор, по степени техногенной трансформации относится ко II классу — на поверхности находится около 50—90 % водотока, русло умеренно трансформировано. Долина реки в 1991 году была объявлена памятником природы.
Студенец — ручей в центре Москвы, левый приток реки Москвы, частично сохранился в открытом русле.
Тепляко́вский овра́г — ручей на юге Москвы, в районе Чертаново Южное Южного административного округа, правый приток Городни. Частично протекает в подземном коллекторе. Поверхностный водоток сохранился в приустьевом участке на протяжении 500 метров, в верхнем и среднем течении засыпан.
Коровий Враг — ручей в Московской области и Москве, левый приток Лихоборки, частично сохранился в открытом русле.
Оле́ний руче́й — ручей в парке «Сокольники» города Москвы, правый приток Яузы, частично заключён в коллектор.
Богаты́рский ручей — ручей в Москве, на территории национального парка Лосиный Остров, левый приток Яузы. Протекает в основном в открытом русле.
Беля́евский овраг — малая река на юге Москвы, в районе Царицыно Южного административного округа, левый приток Пушкина оврага (Котляковки). Верховья полностью засыпаны.
Бояко́в овра́г (Буяков овраг) — ручей в Южном административном округе Москвы, правый приток реки Городни. Своё название получил от фамилии Буяков.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
